Głównym bohaterem powieści jest Jean Baptiste Grenouille. Pochodził z rodziny handlarki rybami, całkowicie znieczulonej na zapachy. Powieść mówi o tym, że chłopiec urodził się gdy jego matka akurat siedziała przy straganie. Wcześniej urodziła już czworo dzieci, jednak wszystkie od razu zmarły. Gdy Jean urodził się żywy, matka pozostawiła go pod stołem i powróciła do swojej pracy przy rybach. Ktoś jednak doniósł władzy o tym dziwnym zajściu policji i kobieta została aresztowana, a jej dziecko przekazano specjalnej mamce pod opiekę. Matka została skazana za zabójstwo dzieci i ścięta publicznie.
Młody Jean był mało przystępnym dzieckiem i raczej trudnym w wychowaniu. Wylądował w domu dla sierot pani Gailard. Gdy dorósł oddano go na nauki do zakładu garbarskiego Grimala, gdzie sprawdzał się jako pracownik i zyskiwał coraz większy szacunek.
Szczególną cechą Jeana było wyczulenie na zapachy – potrafił rozpoznać każdą woń i określić skąd pochodzi. On sam jednak nie wydzielał żadnego zapachu.
Któregoś dnia otrzymał polecenie przetransportowania skór do perfumiarza Giuseppe Baldiniego. Chłopak poprosił pana Baldiniego o stworzenie zapachu stanowiącego mieszankę wszystkich dostępnych w zakładzie substancji. W ten sposób rzemieślnik stworzył perfumy o niezwykłym zapachu, który przypadł mu bardzo do gustu. Postanowił zatrudnić u siebie Grenouille’a, który wiele nauczył się od swojego nowego mistrza, ale wiedza ta nie była dla niego dość satysfakcjonująca. Baldini postanowił wysłać więc ambitnego młodzieńca do Grasse, gdzie znajdowało się serce perfumowego przemysłu. Podczas podróży Jean zorientował się, że ludzkie zapachy zaczynają go przerażać. Postanowił ukryć się w jaskini, w której spędził aż siedem lat – stworzył wówczas jeden z najbardziej niezwykłych zapachów na świecie. Załamany tym, że sam nie ma żadnej woni, postanowił stworzyć i wyjątkowy zapach dla siebie samego.
Po opuszczeniu jaskini spotkał życzliwego badacza i podróżnika, który pomógł mu wrócić do życia społecznego. Tak Jean dotarł do Grasse, gdzie wiedziony kuszącym zapachem trafił do domu Richisa, handlarza pachnideł. Zapach, który tak zaintrygował bohatera pochodził od córki Richisa, Laury. Chłopak zatrudnia się w warsztacie, gdzie dowiaduje się jak tworzyć zapachy z żywych istot. Tak rozpoczyna się mroczny plan Grenouille. Zabijał ludzi po to by ściągać z ich skóry określone wonie. Mieszkańcy miasta żyli w nieustannym strachu, znajdowano kolejne martwe dziewczęta. Morderca obcinał im włosy pozyskując tym sposobem ich zapachy. Nagle wszystkie te straszliwe wydarzenia ustały i po pół roku już nikt nie pamiętał o strachu. Myśl ta jednak ciągle niepokoiła Richisa. Obawiał się, że i jego córka stanie się celem zwyrodnialca. Zabrał córkę do Grenoble by wydać ja za bogatego barona. Główny bohater rzeczywiście za cel obrał sobie młodą Laurę, która wydzielała zapach do złudzenia przypominający mu zapach matki. Podczas jednego z postojów Richisów dokonał swojego zamiaru.
Po powrocie do Grasse Jean został schwytany przez policję, przyznał się do winy i wyznaczono mu termin egzekucji. W sądnym dniu Jean rozpylił w mieście perfumy, które stworzył z zapachów mieszkańców Grasse. To zmieniło nastawienie ludzi do zbrodniarza. Poczuli, że w gruncie rzeczy kochają go. W ten sposób chłopak uniknął kary śmierci, a sam Richis prosił go o przebaczenie oraz zaproponował by został jego adoptowanym synem. Jean postanowił powrócić do Paryża, a w drodze rozmyślał o tym, że przecież nigdy nie będzie naprawdę kochany – ta świadomość mocno go przytłaczała. Grenouille przybył do Paryża, do miejsca, w którym przyszedł na świat. Był gotowy umrzeć, więc rozpylił na sobie zapach, którego użył by pozyskać przychylność mieszkańców Grasse. Wszyscy okoliczni handlarze i kupcy rzucili się na niego, przyciągani niezwykle kuszącą wonią, rozszarpując z chciwością jego ciało.