Miłość
Opowieść o uczuciu Wertera i Lotty może przypominać szereg innych historii, znanych nam głównie z literatury. Mężczyzna zakochał się od pierwszego wejrzenia, ujrzawszy dziewczynę w leśniczówce. Zafascynowała go nie tylko jej zniewalająca uroda, ale także troska i poświęcenie, z jakimi to sprawowała piecze nad schorowanym ojcem i rodzeństwem. Po raz kolejny spotkał ją na balu. Wtedy to zdał sobie sprawę, że kobieta jego snów, podziela jego uczucia, mimo faktu, iż jest przeznaczona innemu.
Werter przeżywa wówczas jedne z najpiękniejszych chwil swojego życia. Przepełniony uczuciem, pisze listy do swego przyjaciela, opisując w nich bezmiar swego oddania Lotcie:
Jeszcze nigdy nie byłem szczęśliwszy, jeszcze nigdy moje odczuwanie natury, każdego kamyczka, każdej trawki, nie było pełniejsze i głębsze.
Miłość zaczyna stanowić sens jego życia. Sytuacja zaczyna się komplikować, gdy po długim czasie nieobecności, na horyzoncie pojawia się narzeczony dziewczyny, Albert. Werterem zaczyna targać zazdrość, jednak nie odnajduje w sobie wystarczających pokładów odwagi, by podjąć jakiegokolwiek działanie. Bez słowa usuwa się w cień. Targany gwałtownymi emocjami, ma problemy z odnalezieniem się w nowych okolicznościach. Wyjeżdża, próbując znaleźć spokój w pracy. Powoli zaczyna docierać do niego, że dziewczyna nigdy nie będzie należeć do niego. Podejmuje decyzję o ostatecznym zakończeniu znajomości. Zaczyna nawet wydawać mu się, że udało uporać mu się z porywami własnego serca.
Jednak wiadomość o ślubie Alberta i Lotty powoduje, że na nowo zaczyna poddawać się uczuciu. Namiętność odżywa w nim na nowo. Z całej duszy zazdrości Albertowi. Powraca do Wahlheim. Staje się częstym gościem w domu Alberta i Lotty. Jego uczucie staje się widoczne, a wizyty zaczynają stawać się kłopotliwe dla całej trójki przyjaciół.
Werter szybko orientuje się, że nie jest szczególnie ciepło widzianym gościem w domu Alberta. Z tego też powodu postanawia popełnić samobójstwo. Jednak nie chce tego uczynić, zanim ostatni raz nie zobaczy ukochanej, zanim nie weźmie jej w ramiona. Lotta odwzajemnia jego pocałunek. Jest to ostatni radosny moment w życiu bohatera. Napisawszy pożegnalny list, Werter strzela sobie w głowę z broni należącej do Alberta.
Uczucie Lotty i Wertera, mimo tego, że jest prawdziwe i niewinne, od samego początku skazane jest na niespełnienie, na klęskę. Kobieta nie jest w stanie złamać słowa, które dała innemu. Werter nie ma w sobie na tyle odwagi, by wziąć sprawę we własne ręce. Oboje cierpią katusze, które w ostatecznym rozrachunku doprowadzają do samobójczej śmierci Wertera i choroby Lotty. Konwenanse, nakazy etyczne i moralne, sprawiają że wielkie uczucie nie ma szans na rozkwit.
Samobójstwo
Książka Goethego dotyka trudnego tematu, samobójstwa. Było ono niemal od zawsze obecne w życiu Wertera. Bohater często rozważał możliwość targnięcia się na własne życie. Pisał o niej w listach, traktował jako przejaw całkowitej wolności, wyraz samowystarczalności:
Jak wszyscy jednakowo wysilają się, by o minutę bodaj przedłużyć swój żywot na ziemi - człowiek taki staje się cichy, stwarza świat własny, wywodząc go z siebie samego i czuje się także szczęśliwym, bowiem jest również człowiekiem. Poza tym, mimo owej niewoli przyrodzonej, żywi on w sercu słodkie uczucie swobody i wie, że opuścić może, gdy zechce, więzienie.
Samotność
Werter jest samotny w świecie, ponieważ sam doprowadził do alienacji. Nie akceptował świata, bo różnił się on od tego, który znał z książek. Nie rozumiał ludzi, potępiał ich działania, gdyż nie byli idealistami jak on. Nie potrafił odnaleźć swojego miejsca w świecie, beznadziejna miłość przesłoniła mu wszystko.
Pogrążył się w cierpieniu, uznał że nikt nie jest w stanie go zrozumieć (znamienne słowa „Moje serce mam tylko ja”). Poprzez swoje irracjonalne zachowania spowodowane obłędem, jaki go dotknął, zraził do siebie przyjaciół. Zamknął się w sobie i w świecie własnych wizji.
Szaleństwo
Obłęd, jaki dotyka Wertera, jest wynikiem rozminięcia się jego wizji świata z tym, jaki jest on w rzeczywistości. Ponadto prowadzi do niego nieszczęśliwa miłość, niemożliwa do spełnienia. Werter nie próbuje walczyć o normalne życie, poddaje się beznadziei i melancholii, która go ogrania, nie szuka nowego celu w życiu. To wszystko wpędza go w obłęd, który kończy samobójcza śmierć.
Przyroda
Przyroda w powieści Goethego pełni ważną rolę, jest odbiciem absolutu, nadaje sens życiu ludzi, odzwierciedla uczucia bohaterów, otacza ich i jest podstawą egzystencji.