Akcja powieści została umieszczona w połowie XX wieku. Jej bohaterem jest dziewięcioletni chłopiec o imieniu Thomas odznaczający się dużą wrażliwością i inteligencją. Wraz z rodziną mieszka w Amsterdamie. Państwo Klopperowie uchodzą raczej za zwyczajnych obywateli, jednak wraz z rozwojem fabuły okazuje się, że w ich rodzinie jednak nie wszystko jest na swoim miejscu.
Tata chłopca jest człowiekiem głęboko wierzącym w Boga, opierającym się w życiu na twardych, surowych zasadach pochodzących ze Starego Testamentu. Uważa, że Bóg jest raczej surowym Sędzią niż miłosiernym Ojcem. Wzorując się na takim obrazie Stwórcy Klopper próbuje ten model wprowadzić w obrębie swojej rodziny. Niestety dotyczy to także metod wychowania dzieci, do którego często używa skórzanego pasa, by wymierzać kary. W pewnym momencie Thomas buntuje się przeciw takiemu traktowaniu. Swoje razy przyjmuje bez zająknięcia, jednak odważnie staje w obronie matki. W jego wyobraźni gdy ojciec bije matkę, Anioły z rozpaczy zakrywają oczy, a z nieba zaczyna padać deszcz. Wszelkie przemyślenia i wizje dotyczące obserwacji rzeczywistości, relacji z Jezusem Chrystusem chłopiec zapisuje w specjalnym zeszycie, który zatytułował „Książka wszystkich rzeczy”.
Pomimo bardzo młodego wieku Thomas przeżywa w życiu wiele dorosłych emocji związanych z nietypowymi znajomościami (bohater zaprzyjaźnia się ze starszą panią Van Amersfoort) lub rozkwitającym pierwszym uczuciem miłosnym (Tomas zakochuje się w Elizie, która, pomimo braku kilku palców, wydaje się mu być najlepszą istotą na świecie, jaką mógł poznać).