Św. Jan od Krzyża urodził się w 1542 r. w Fontiveros, w pobliżu miasta Avila w Hiszpanii. Był dzieckiem Gonzaleza de Yepes i Katarzyny Alvarez. Jego dzieciństwo nie należało do najłatwiejszych – w drugim roku życia został osierocony przez ojca, a parę lat później matka oddała go do przytułku. Szybko musiał nauczyć się dbać sam o siebie i zarabiać na swoje utrzymanie. Próbował różnych zawodów, był m.in. tkaczem, krawcem, malarzem, zakrystianem oraz pielęgniarzem. Zebranymi z trudem pieniędzmi opłacił naukę w kolegium jezuickim w Medinie, gdzie kształcił się w latach 1559-1563. Następnie wstąpił do zakonu karmelitów, gdzie obrał imię Jan od św. Macieja. W 1567 r. otrzymał święcenia kapłańskie.
W dniu swojej Mszy prymicyjnej Jan poznał św. Teresę z Avila, reformatorkę żeńskiej gałęzi Karmelu, i pod jej wpływem postanowił przeprowadzić reformę gałęzi męskiej. Podobnie jak św. Teresa doświadczał on wielkiego oporu ze strony braci zakonników. Był oskarżany o różnego rodzaju dziwactwa i dzielenie wspólnoty. Posypały się napomnienia i nakazy. Gdy Jan nie reagował, został aresztowany w Avila w nocy z dnia 2 na 3 grudnia 1577 roku i wtrącony do więzienia w Toledo. Skazano go na głód i częstą chłostę. Przez dziewięć miesięcy był pozbawiony wolności, ale nie załamał się. To właśnie w zakonnym karcerze powstały jego największe dzieła poświęcone modlitwie.
15 sierpnia 1578 roku Janowi udało się uciec. Kontynuował swoją wcześniejszą działalność reformatorską i otwierał nowe domy karmelitów m.in. w Baeza. Coraz więcej zakonników zaczęło mu sprzyjać; piastował także znaczące urzędy w różnych klasztorach. W 1588 r. odbyła się pierwsza kapituła generalna prowincji zreformowanych, czyli tzw. karmelitów bosych (w odróżnieniu od karmelitów dotychczasowej reguły zwanych trzewiczkowymi).
Kiedy wszystko wydawało się być na jak najlepszej drodze, stronnictwo złagodzonej reguły wzięło górę. Św. Jan został usunięty ze wszystkich urzędów i jako zwykły zakonnik odszedł do Pana w klasztorze w Ubedzie 14 grudnia 1591 roku w wieku zaledwie 49 lat. Jego relikwie spoczywają w kościele karmelitów w Segovii. Beatyfikowany został przez papieża Klemensa X w 1591 r., a kanonizowany w 1726 r. przez Benedykta XIII.
Sławę przyniosła św. Janowi z Krzyża nie tyle reforma karmelitów, co jego działalność pisarska. Pozostały po nim 22 dzieła, w tym kilkanaście utworów poetyckich. Wśród nich najważniejsze są: Noc ciemna, Pieśń Duchowa oraz Droga na górę Karmel, w której Święty omówił kolejne etapy, przez jakie musi przejść człowiek wiary, by dojść do coraz doskonalszego zjednoczenia z Bogiem. Najczęstszym źródłem odniesień była dla niego biblijna Pieśń nad pieśniami.
Święty Jan od Krzyża uważany jest za jednego z największych mistyków Kościoła i jednego z głównych twórców literackiego języka hiszpańskiego. Został zaliczony do grona doktorów Kościoła; nazywany jest także doktorem mistycznym. Ponadto św. Jan miał także uzdolnienia plastyczne – najsłynniejszym rysunkiem, zachowanym do dziś (i przechowywanym jako relikwia) jest szkic Ukrzyżowanego Chrystusa.
Wspomnienie św. Jana od Krzyża obchodzone jest w liturgii 14 grudnia. W ikonografii przedstawiany jest w habicie karmelitańskim. Jego atrybutami są: otwarta księga, krucyfiks, lilia, orzeł u jego stóp.
Patronat
Św. Jan od Krzyża jest patronem karmelitów bosych i poetów hiszpańskich.