Św. Franciszek urodził się 7 kwietnia 1506 r. na zamku Xavier w Hiszpanii. Pochodził z arystokratycznej rodziny. W 1525 r. rozpoczął studia filozoficzne w Paryżu na Sorbonie, a po uzyskaniu tytułu magistra wykładał przez jakiś czas w College Domans-Beauvais. Tam poznał bł. Piotra Favre i św. Ignacego Loyola, z którymi 15 sierpnia 1534 roku na Montmartre w kaplicy Męczenników złożył śluby zakonne. Taki był początek wspólnoty, która w 1540 r. stała się oficjalnie Towarzystwem Jezusowym.
24 czerwca 1537 roku, Franciszek otrzymał w Rzymie święcenia kapłańskie. W latach 1537-1538 apostołował w Bolonii, a potem przez jakiś prowadził działalność duszpasterską w Wiecznym Mieście. Aż w końcu 7 kwietnia 1541 roku ruszył w świat, aby głosić Słowo Boże w odległych miejscach, na kontynencie azjatyckim. Już nigdy nie powrócił do Europy. Na kratach historii chrześcijaństwa św. Franciszek zapisał się przede wszystkim jako misjonarz Dalekiego Wschodu.
Pierwszy celem misji ewangelizacyjnej św. Franciszka były Indie. Po długiej i uciążliwej podróży dotarł 6 maja 1542 roku do Goa, ówczesnej stolicy portugalskiej kolonii. Najpierw zajął się przebywającymi tam, bez stałej opieki kapłanów, Portugalczykami.