Atanazy urodził się około 295 r. w Aleksandrii (Egipt). Tam otrzymał wszechstronne wykształcenie w szkole teologicznej – znany był ze swojej wielkiej wiedzy w naukach klasycznych, potrafił także czytać i pisać w języku koptyjskim. Z pochodzenia był Grekiem; jego imię znaczy „nieśmiertelny”. W młodości stał się świadkiem krwawych prześladowań Dioklecjana i Galeriusza – podziwiał męczenników oddających życie za Chrystusa. Przez jakiś czas przebywał w odosobnieniu na pustyni egipskiej, gdzie spotkał św. Antoniego Pustelnika. Atanazy spisał jego żywot (Żywot św. Antoniego), a dzieło to dało podwaliny pod koncepcję życia zakonnego.
Za rządów św. Aleksandra Atanazy w 319 r. został wyświęcony na diakona i pełnił przy biskupie urząd jego sekretarza. Zasłynął z polemiki powadzonej z Ariuszem, którego błędy poddał szczegółowej analizie i krytyce. Został zaproszony na Sobór Nicejski w 325 r., gdzie występował jako gorliwy obrońca bóstwa Jezusa Chrystusa. Przyczynił się do uznania poglądów ariańskich za herezję (arianie uznawali, że Chrystus nie jest Bogiem, tylko Bogu podobnym).
W 328 r. Atanazy został wybrany biskupem aleksandryjskim. Był to ciężki okres dla Kościoła, gdyż cesarz Konstantyn odwołał z wygnania Ariusza i jawnie zaczął sprzyjać jego zwolennikom. Aby umocnić swoich wiernych i uniemożliwić rozprzestrzenienie się herezji, Atanazy rozpoczął uciążliwą wizytację od Assuanu po Tebaidę. Zwolennicy Ariusza działali jednak przeciwko biskupowi Aleksandrii, m.in. oskarżając go przed cesarzem, że objął stolicę aleksandryjską, nie mając jeszcze wieku kanonicznego. Atanazy zmuszony był udać się zatem w 332 r. do Nikomedii, gdzie wtedy urzędował cesarz. Zbił wszystkie zarzuty przeciwników i władca żegnał go z wielkimi honorami.
Niemniej Ariusz zdołał w tym czasie pozyskać bardzo wielu biskupów na Wschodzie. Sześćdziesięciu z nich zebrało się na synodzie w Tyrze w 335 r. Pod ich wpływem cesarz skazał Atanazego na banicję (jak później się okazało pierwszą z pięciu) do Trewiru w Galii. Dopiero śmierć Konstantyna w 337 r. przywróciła udręczonemu obrońcy Kościoła wolność.
Arianie jednak nie ustawali w swoich oskarżeniach względem Atanazego i jeszcze niejednokrotnie musiał on udowadniać swoją niewinność. Co więcej, korzystając z poparcia cesarza ariańskiego, Konstansa I, wymogli oni depozycję Atanazego w 338 r. (na jego miejsce wszedł biskup ariański, Grzegorz), który musiał ratować się ucieczką. Udał się wówczas do Rzymu, a synod zwołany w Sardyce w 340 r. ogłosił jego niewinność. Papież Juliusz I wystosował list do biskupów Egiptu, Grzegorza obłożył klątwą i zdjął z urzędu. Cesarz poparł decyzje synodu oraz papieża i wydał zarządzenie namiestnikowi Egiptu, aby Atanazego przyjął z należnymi mu honorami.
Znów niestety Atanazy nie zaznał pokoju albowiem Konstancjusz II przeszedł jawnie na stronę arian i zwołał synody (353 r. - Arles; 355 r.- Mediolan), na których oficjalnie potępiono postanowienia Soboru Nicejskiego I z roku 325 i potępiono również Atanazego. Został usunięty wówczas siłą i przez 6 lat ukrywał się wśród znajomych i mnichów na pustyni, gdzie napisał dwie apologie do cesarza Konstansa II: jedną w obronie Kościoła przeciwko arianom, drugą zaś w obronie własnej oraz Historię arian. Kiedy po śmierci Konstancjusza II w 361 r. tron objął Julian Apostata, to wydał dekret na mocy którego uwolniono z więzień i banicji wszystkich prawowitych biskupów. Atanazy powrócił zatem do Aleksandrii.
Niebawem jednak cesarz zaczął jawnie sprzyjać poganom i prześladować chrześcijan. Ponownie biskup Atanazy musiał ratować się ucieczką. Wrócił do Aleksandrii za czasów
