W okresie wczesnego średniowiecza różnice pomiędzy Kościołem Łacińskim na zachodzie, a Patriarchatem Konstantynopolu na wschodzie powiększały się. Pierwsze konflikty dzielące kościół dotyczyły kultu obrazów. W zachodniej części cesarstwa kult ten trwał nieprzerwanie. Inaczej wyglądała sytuacja w Bizancjum, gdzie był zwalczany od roku 726, aż do ostatecznego przywrócenia go w roku 843.
Z czasem spór między kościołem wschodnim i zachodnim zaczął dotyczyć kwestii teologicznych, dotyczył poglądów na pochodzenie Ducha Świętego. W zachodniej części cesarstwa przyjmowano, że pochodzi on od Boga Ojca i Syna, a we wschodniej, że tylko od Boga Ojca. Na tym tle w roku 867 doszło po raz pierwszy do zerwania między obydwoma kościołami.
Oprócz tego przyczyną tzw. Schizmy Focjusza były również kwestie jurysdykcyjne i personalne.
Schizma swoją nazwę wzięła od patriarchy Focjusza, który objął swój urząd po pozbawieniu go wcześniejszego patriarchy – Ignacego. Ten ostatni został pozbawiony urzędu przez ówczesnego cesarza bizantyjskiego Michała III w roku 858, najprawdopodobniej ze względu na spięcia Ignacego z rodziną cesarską. W takiej sytuacji Focjusz, który nie posiadał wówczas nawet święceń kapłańskich, otrzymał je w przeciągu kilku dni, a następnie w Boże Narodzenie objął nowy urząd.
Papież Mikołaj I otrzymawszy informacje o całej sytuacji, oddelegował do stolicy Bizancjum swoich wysłanników. Mieli oni tylko jedno zadanie – stwierdzić, która z osób ma prawo do urzędu patriarchy. Po powrocie do Stolicy Apostolskiej legaci papiescy opowiedzieli się po stornie Focjusza. Papież jednak zmienił ich ustalenia i ekskomunikował Focjusza. Decyzje Mikołaja I zostały zignorowane przez władcę bizantyjskiego Michała III jak i przez nowego patriarchę Focjusza.
Prawdziwe powody decyzji dotyczyły zasięgu terytorialnego działalności misyjnej – strefy wpływów wśród chrystianizowanych obszarów. Na terenie Państwa Wielkomorawskiego swoją misję rozpoczęli uczniowie Focjusza – Cyryl i Metody, którzy konkurowali tam z misjami z Bawarii. Ze względu na to, że zakonnicy z Bizancjum posługiwali się językiem słowiańskim, zyskali szybko popularność wśród miejscowej ludności. Za czasów pontyfikatu papieża Mikołaja I ich działania były bojkotowane przez duchowieństwo bawarskie. Spór o podporządkowanie chrystianizowanych terenów papiestwu czy patriarchatowi Konstantynopolu, oprócz obszaru Wielkich Moraw dotyczył również Bułgarii.
Focjusz w roku 867 wysłał listy do reszty patriarchów z informacją, że rzekomo w kościele zachodnim szerzy się powszechnie herezja i ekskomunikował papieża. W tym samym czasie doszło do zmian personalnych – tron w cesarstwie wschodnim przejął Bazylii I Macedończyk, następnie wypędził ze stolicy Focjusza obsadzając na urząd ponownie Ignacego, a w Stolicy Apostolskiej po śmierci Mikołaja I nowym papieżem został Hadrian II.
Nowe władze w papiestwie i Bizancjum – w celu ostatecznego rozwiązania kwestii Focjusza, zwołali sobór w Konstantynopolu. Potwierdzono wówczas oficjalnie prawo do urzędu patriarchy dla Ignacego. Doprowadziło to do względnej stabilizacji w relacjach między kościołem wschodnim i zachodnim.
Focjusz jeszcze raz objął urząd patriarchy stolicy wschodniej w roku 877 po śmierci Ignacego. Następnie w roku 879 zwołał kolejny synod, na którym wycofał ekskomunikę wydaną na papieża.