W roku 962 nastąpiła koronacja Ottona I. Od tego momentu władza cesarska znalazła się trwale w posiadaniu królów Niemiec. Jednak aby osiągnąć koronę cesarską, każdy nowy władca musiał wyprawić się do Stolicy Apostolskiej, gdzie koronacji dokonywał papież. Pomimo, że w X w. oraz w pierwszej połowie XI w. przewaga militarna i polityczna cesarstwa nad papiestwem była przygniatająca, nie doprowadziło to do wytworzenia się jednej władzy uniwersalnej.
Na przełomie X i XI w. kościół był jednak silnie uzależniony od władzy świeckiej. Cesarz miał bowiem wpływy na wybór nowego papieża, a poszczególni monarchowie na wybór biskupów. Sam tryb życia duchownych w ówczesnym czasie był świecki – nie wliczając w to zakonników. Mieli rodziny, uczestniczyli w wojnach, a urzędy kościelne często kupowali – symonia.
Taka sytuacja budziła chęć naprawy. W opactwie benedyktyńskim w Cluny, rozpoczął się ruch reformy kościelnej. W X w. powstała sieć klasztorów uznająca przywództwo Cluny, gdzie skupiały się najwybitniejsze jednostki ze stanu duchownego. Po zdobyciu wpływów na dworze papieskim w połowie XI w., za ich sprawą został zmieniony sposób wyboru nowego Ojca Świętego.
Od tego momentu wybór nowego papieża zależał od zgromadzenia kardynałów – konklawe. Ograniczyło to zdecydowanie możliwości kolejnych cesarzy w kwestii wyboru nowego papieża.
Władcy świeccy nie mogli również poprzeć działań Kościoła zmierzających do uniezależnienia wyboru biskupów od monarchów. Na tym tle doszło do tzw. sporu o inwestyturę między papiestwem a cesarstwem. Pierwszą ze stron w konflikcie reprezentował papież Grzegorz VII (1073 – 1084), drugą natomiast król Niemiec (później cesarza) – Henryk IV (1056 – 1106).
W momencie, gdy papież zażądał pełnego zwierzchnictwa w kwestii biskupów, cesarza ogłosił detronizacje Grzegorza VII. Reakcją papieża było rzucenie klątwy na króla Niemiec w roku 1076. W jej efekcie poddani Henryka IV byli zwolnieni z obowiązku wierności wobec swojego władcy.
Przeciw cesarzowi bunt podnieśli możnowładcy, a następnie zależne do tej pory od cesarstwa Polska i Węgry poparły papieża. W tak zaistniałej sytuacji Henryk udał się bez wojska do Włoch i pod zamkiem Canossa w roku 1077 – odbył przed papieżem pokutę, klątwa została zdjęta.
Po odbudowaniu swojej pozycji w Niemczech, Henryk wyprawił się ponownie do Włoch – tym razem jednak zbrojnie. Doprowadził do wygania Grzegorza VII, następnie do wyboru nowego papieża. Otrzymał od niego koronę cesarską w roku 1084.
Spór został jednak rozstrzygnięty ostatecznie dopiero w roku 1122. Na konkordacie w Wormacji, Henryk V oraz papież Kaliksta II ustalili, że biskupów powołuje papież i przekazuje im władzę duchowną, a władza polityczna oraz lenno leżą w kompetencjach cesarza.
W okresie, gdy stopniowo słabła władza cesarska, papiestwo przeżywało czasy rozkwitu. Za papieża Innocentego III (1198 – 1214) oraz jego następców w XIII w., zwierzchnictwo Stolicy Apostolskiej uznawały liczne monarchie ówczesnej Europy. Do Rzymu napływały wówczas masowo daniny – nazywane świętopietrzem.