Idea krucjat przyświecała także niektórym wyprawom na obszarach europejskich, jak na przykład wojny z albigensami czy też poganami. W toku drugiej krucjaty, w roku 1147 część rycerstwa niemieckiego wyruszyła przeciwko Słowianom Połabskim – Obodrytów oraz Wieletów. Ostatecznie ich tereny zostały podbite, a następnie schrystianizowane. Powstało wówczas na tych obszarach księstwo meklemburskie.
Z księstwa saskiego wyodrębniona została Marchia Północna, przekształcona w drugiej połowie XII w. w Marchię Brandenburską. Margrabiowie brandenburscy prowadzili politykę ekspansyjną na obszary chrześcijańskie – polskie i pomorskie, na wschód od Odry oraz w kierunku północnym od ujścia Warty.
Z drugiej strony Polskie wyprawy przeciwko pogańskim Prusom podejmowane w XII w., nie tylko nie dawały rezultatów ale to Prusowie stali się ostatecznie stroną atakującą. Książę Konrad Mazowiecki, nie mając możliwości przeciwstawienia się łupieżczym najazdom na ziemie polskie, sprowadził w roku 1226 Krzyżaków i nadał im ziemie chełmińską.
Podstawowym zadaniem zakonników miało być odpieranie Prusów, a następnie ich przymusowa chrystianizacja. W XIII w. Krzyżakom udało się podbić całe Prusy, zmusić ich do przyjęcia chrztu. Następnie na opanowanych przez siebie terenach utworzyli nowoczesne i świetnie zorganizowane państwo.
W skład zakonu wschodziły trzy grupy członków: rycerze, księża oraz bracia służebni. Władza znajdowała się w rękach rycerzy i była przy tym silnie scentralizowana. Na czele zakonu stał wielki mistrz, który był wybierany przez dostojników tworzących kapitułę generalną. Dwór wielkiego stanowili – wielki komtur, wielki marszałek, wielki szpitalnik oraz skarbnik.
Obszar należący do państwa zakonnego podzielony był na okręgi – komturie, z konturami stojącymi na czele administracji, wojska oraz sądów. Od roku 1236 Krzyżacy uzyskali wyłączenie się biskupstw, znajdujących na terenie ich państwa, spod zwierzchności arcybiskupstwa gnieźnieńskiego.