W efekcie sporu króla Francji Filipa IV z papieżem Bonifacym VIII, a następnie zdobycie przez duchowieństwo francuskie silnej pozycji wśród reszty kardynałów, papiestwo przeniosło siedzibę do Awinionu w roku 1309. Okres ten nazywano niewolą awiniońską, jednak kolejni Biskupowie Rzymu zbudowali tam silny i suwerenny ośrodek swojej władzy. Rezydowali w nim aż do roku 1377.
Awinion wraz z wzniesionym tam zamkiem, stanowiły rezydencje papieską przez prawie siedemdziesiąt lat. W XIV w. – w czasach kryzysu gospodarczego oraz społecznego, ówczesna pozycja Kościoła również doznała znacznego osłabienia. Było to efektem całkowitej bezradności przedstawicieli duchowieństwa wobec klęsk, jakie wówczas dotykały mieszkańców Europy. Ludzie dręczeni licznymi niedostatkami, głodem oraz efektami wojny, reagowali szczególnie krytycznie wobec bogacenia się kleru, handlowania odpustami oraz ogólnej niemoralności jaką charakteryzował się tamten okres.
Główna faza kryzysu w kościele wybuchła w momencie, kiedy papież Grzegorz XI starał się – przy wsparciu cesarza Karola IV Luksemburskiego, powrócić do pierwotnej siedziby – Rzymu. Po śmierci tego pierwszego, w roku 1378 doszło do podziału między kardynałami oraz resztą dostojników kościelnych. W efekcie wybrano dwóch papieży, z czego żaden z nich nie zamierzał rezygnować z tronu papieskiego.
Od tego momentu jeden z papieży rezydował w Rzymie, a drugi w powstałej wcześniej rezydencji w Awinionie. Podział jaki wówczas nastąpił, nazwano wielką schizmą zachodnią. Podczas kolejnych elekcji nie doszło do żadnego rozstrzygnięcia w tej kwestii, dlatego zdecydowano się na zwołanie soboru powszechnego.
Sobór w Konstancji, w latach 1414 – 1418, zakończył schizmę w Kościele. Oprócz biskupów uczestniczyli w nim również teologowie uniwersyteccy oraz delegacje z poszczególnych państw europejskich. Sobór usunął aż trzech papieży i wybrał jedynym biskupem Rzymu – Marcina V.
Poza tym sobór zajął się również innymi kwestiami. Wezwano na niego Jana Husa z Czech. Krytykował on bowiem niemoralność duchowieństwa. Większość jego poglądów została uznana za heretyckie, ponieważ zwrócił się przeciwko świeckiej władzy papieża – kupowaniu odpustów. Po wezwaniu Husa na sobór został osądzony i jako heretyka, w roku 1415, spalono go na stosie.
Ponadto zgromadzenie w Konstancji zobowiązało papieża do zwoływania soborów co pięć lat. Powstał bowiem wówczas pogląd o wyższości władzy soboru nad biskupem Rzymu – zwany koncyliaryzmem. Około połowy XV w. pogląd ten utracił jednak zwolenników, ponieważ na kolejnych soborach władza papieska wykazała się większą skutecznością.