Po niewoli awiniońskiej (1309-1377) doszło do wielkiej schizmy zachodniej, czyli wewnętrznego rozbicia Kościoła katolickiego. Okres ten charakteryzował się równoczesnymi rządami dwóch, a nawet trzech papieży. Trwał od 1378 do 1416 r.
Kiedy w 1378 r. zmarł papież Grzegorz XI doszło do wyboru dwóch jego następców: przebywającego w Rzymie Urbana VI i antypapieża (drugiego papieża) Klemensa VII, który za swoją rezydencję uważał Awinion we Francji. Śmierć żadnego z nich nie rozwiązała sporu – gdy jeden papież umierał, wybierano od razu jego następcę. Konflikt postanowiono rozwiązać na soborze w Pizie w 1409 r. Próba nie powiodła się i doszło do wyboru kolejnego, czyli trzeciego papieża – Aleksandra V (tzw. papież pizański). Nie został on jednak uznany przez wszystkie kraje. Część nadal opowiadała się za Grzegorzem XII, papieżem rzymskim, bądź za Benedyktem XIII – antypapieżem awiniońskim. Wielka schizma zachodnia została zakończona dopiero na soborze w Konstancji w 1417 r.
Sobór w Konstancji
Sobór w Konstancji był szesnastym soborem powszechny. Został zwołany na życzenie cesarza Zygmunta Luksemburskiego i odbywał się w latach 1414-1418. Oficjalnie zakończył wielką schizmę zachodnią. Wówczas obradujący biskupi najpierw zasugerowali abdykację wszystkim trzem papieżom, którzy uważali się w tamtym czasie za prawowitych: Benedyktowi XIII, (papież awinioński), Grzegorzowi XII (papież rzymski) i Janowi XXIII (papież pizański). Następnie zorganizowano konklawe i 11 listopada wybrano na papieża Marcina V. Wybór ten zakończył schizmę.
Na soborze w Konstancji uchwalono również dekret o wyższości soboru nad papieżem, który stanowił zwycięstwo koncyliarystów (tj. zwolenników poglądu, że sobory powszechne są najwyższą władzą Kościoła). Ponadto zajęto się herezjami Jana Wiklifa i Jana Husa. Ten ostatni został przez sobór potępiony, skazany i spalony. Wyrok śmierci wykonano 6 lipca 1415 r.
Sobór konstancjański przyznał arcybiskupom gnieźnieńskim tytuł prymasów Polski i na pierwszego z nich mianował Mikołaja Trąbę. Zajął się również fałszywymi oskarżenia krzyżaków, którzy zarzucali Polakom, że Ci bronią pogan i sprzymierzają się z nimi przeciw chrześcijanom. Swoją przemowę w tej sprawie wygłosił wówczas profesor Uniwersytetu Krakowskiego i jego rektor, Paweł Włodkowic, który jednoznacznie potępił sposoby nawracania pogan siłą i równocześnie przedstawił możliwość pokojowej współpracy z innowiercami.
Sobór w Bazylei
Sobór w Bazylei został zwołany przez Marcina V. Odbył się jednak już po jego śmierci, kiedy papieżem był Eugeniusz IV. Trwał od 1431 do 1449 r., przy czym w 1437 r. obrady zostały oficjalnie przeniesione do Ferrary w celu zawarcia unii z Grekami. Nie wszyscy biskupi podporządkowali się zarządzeniu papieża i większość z nich pozostała w Bazylei. Aby uzasadnić trwające obrady soboru bez obecności biskupa Rzymu, w 1439 r. ogłoszono prawdy wiary katolickiej, który stanowią swoistą wykładnię koncyliaryzmu:
1. sobór stoi nad papieżem,
2. papieżowi nie wolno soboru przenosić, odroczyć ani rozwiązać,
3. kto tych dwóch prawd wiary nie przyjmuje, jest heretykiem.
Ci, którzy się sprzeciwili przeniesieniu sobory, stali się zatem schizmatykami i wybrali nowego papieża – antypapieża Feliksa V. Abdykował on w 1449 r. Jego rezygnację uważa się za koniec tzw. schizmy bazylejskiej.
W czasie obrad w Bazylei zajmowano się sprawą husytów oraz reformą Kościoła, która wysunęła się na pierwsze miejsce spośród wszystkich zadań soborowych. Do głosu dochodziły koncyliarne poglądy, a dekrety zawężały władzę papieża, m.in. ograniczono możliwość wnoszenia apelacji do Rzymu.