Wielu badaczy podejmowało próby klasyfikacji i uporządkowania tak zróżnicowanego zjawiska, jakim są sekty. Jedną z najbardziej znanych typologii jest typologia zaproponowana przez Stevena Hassana, byłego członka Kościoła Zjednoczeniowego, który dokonał podziału sekt na:
1) Sekty o charakterze religijnym – jest ich najwięcej. Swoje istnienie i działalność opierają na określonej doktrynie religijnej. Odwołują się do chrześcijaństwa, systemów religijnych Wschodu, okultyzmu i innych wierzeń;
2) Sekty o charakterze politycznym – za podstawę swojej działalności przyjmują określoną doktrynę polityczną. Przykładem takiej sekty jest założona w latach 70-tych przez Richarda Butlera Aryan Nation (Rasa Aryjska). Jej członkowie są przekonani o wyższości przedstawicieli białej rasy. Do tej kategorii sekt zaliczane są również siatki terrorystyczne;
3) Sekty o charakterze edukacyjnym lub terapeutycznym – ich działalność polega na prowadzeniu licznych seminariów, warsztatów i szkoleń, w których uczestnictwo kosztuje setki dolarów. Uzależniają swoich klientów, obiecując „oświecenie” czy doświadczenia „jedności ze wszechświatem”;
4) Sekty prowadzące działalność handlową – są organizacjami prowadzącymi działalność handlową opartą na piramidowej strukturze (multi-level marketing). Bazują na ludzkiej chciwości, obiecując swoim zwolennikom przepis na „idealny biznes” i spektakularne korzyści finansowe. W rzeczywistości ciężka praca członków przynosi marne zarobki. Stają się uzależnieni psychicznie i ekonomicznie od sekty.
Inny podział sekt –ze względu na różne oblicza kultu – zaproponował Dieter Rohmann, psychoterapeuta. Wyróżnił w ten sposób:
- ruchy skoncentrowane na guru – należą do nich najczęściej introwertyczni chłopcy lub młodzi mężczyźni w wieku 16–20 lat, szukający w doktrynie sekty wyjaśnienia rzeczywistości;
- fundamentalistyczne kulty chrześcijańskie – przystępują do nich osoby obojga płci w wieku 21–25 lat, motywowani potrzebą znalezienia się we wspólnocie;
- psychokulty i kulty ezoteryczne – największe grono członków stanowią kobiety w wieku 26–30 lat, które czują się obciążone własną sytuacją życiową i licznymi problemami.
Josh McDowell i Don Stewart dokonali natomiast podziału ze względu na pochodzenie. W ten sposób wyodrębnili:
1. Kulty Zachodnie – to przede wszystkim te, które wyodrębniły się z chrześcijaństwa i niekiedy uważają się za jego jedyną prawdziwą reprezentację np. Mormoni, Świadkowie Jehowy, Kościół Zjednoczeniowy;
2. Kulty Wschodnie – budują swoją doktrynę na podstawie jednej z religii Wschodu, tj. hinduizmu, buddyzmu, lub taoizmu. Należą do nich m.in. Medytacja Transcendentalna, Kościół Scjentologiczny, Hare Kryszna.
3. Kulty New Age – mają charakter synkretyczny, łączą bowiem myślenie Wschodu i Zachodu. Przykładem takich kultów są grupy teozoficzne.