Problem sekt w Polsce to problem niezwykle złożony przede wszystkim dlatego, że w naszym ustawodawstwie samo pojęcie „sekta” nie funkcjonuje. Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji odmawia czasem rejestracji niektórym związkom wyznaniowym, jeśli zagrażają one bezpieczeństwu publicznemu bądź podstawowym prawom i wolnościom obywateli, jednak trzeba wziąć pod uwagę, że nie wszystkie grupy religijne podejmują kroki, żeby się zarejestrować, chociaż aktywnie pozyskują nowych członków. Ponadto niektóre zarejestrowane związki wyznaniowe są uznawane w świetle opinii publicznej za sekty. Nie ma zatem jakiegoś obowiązującego spisu sekt. Pewne grupy religijne jednak często są w nieoficjalnych wykazach (przygotowywanych chociażby przez duchownych Kościoła katolickiego) wspominane. Należą do nich:
1) Świadkowie Jehowy – wywodzą się z chrześcijaństwa, ale ze względu m.in. na odrzucenie dogmatu o Trójcy Świętej, oryginalny przekład Pisma Świętego oraz używanie imienia Jehowa jako imienia Boga, nie są uznawani przez pozostałe Kościoły chrześcijańskie w tym przez Kościół katolicki. Najwięcej jednak kontrowersji budzi utożsamienie przez nich starotestamentowego zakazu spożywania krwi zwierzęcej z transfuzją krwi ludzkiej. W tym kontekście spotykają się z krytyką większości społeczeństwa. Na ich negatywny wizerunek ma też wpływ niewątpliwie praktyka chodzenia po domach w celu nauczania i nawracania. Świadkowie Jehowy są jednak zarejestrowanym związkiem wyznaniowym w Polsce i – co więcej – trzecim pod względem liczby wiernych związkiem wyznaniowym w Polsce (ok. 130 tys. członków). Odnotowują też najwięcej konwertytów.
2) Bractwo Zakonne Himavanti – zostało założone w Polsce w 1983 r. Nawiązuje do tradycji hinduistycznej, propagując kult boga Śiwy oraz jego małżonki Parvati. Swoje praktyki religijne opiera na tantrze i jodze. Kontrowersje budzi przede wszystkim osoba samego założyciela Bractwa – Ryszarda Matuszewskiego, który został skazany przez sąd za pogróżki pod adresem przeora Jasnej Góry. Był także oskarżany o prześladowania byłych członków Bractwa, a nawet przygotowywanie zamachu na papieża Jana Pawła II. Działalność Bractwa budzi wiele zastrzeżeń, dlatego nigdy nie doszło do jego rejestracji przez MSWiA. Powszechnie określane jest jako sekta o charakterze destrukcyjnym. Łączna liczba świeckich i zakonnych członków Bractwa szacowana jest na ok. 22 tysięcy osób. Nie działa poza granicami kraju.
3) Kościół Scjentologiczny – został założony w 1953 r. w Stanach Zjednoczonych. Jego doktryna opiera się na przekonaniu, że każdy człowiek posiada nieśmiertelną duszę zwaną tetanem, która po śmierci przybiera kolejną formę cielesną (reinkarnacja). Traci ona jednak swoją moc pod wpływem engramów, czyli traumatycznych przeżyć z poprzednich wcieleń, za które odpowiedzialny jest zły władca galaktyki – Xenu. Aby wyzwolić się od engramów należy oczywiście wstąpić do Kościoła scjentologicznego i poddać się jego praktykom. Organizacji tej zarzuca się przestępstwa na tle gospodarczym, stosowanie manipulacji i terroru psychicznego oraz łamanie praw człowieka. Pomimo prób nie została zarejestrowana przez MSWiA. Nie wiadomo zatem ilu zwolenników Kościół Scjentologiczny ma w Polsce.
4) Kościół Zjednoczeniowy Moona – został założony w latach 50-tych XX w. w Korei przez Sun Myung Moona, który – tworząc nową grupę religijną – powoływał się na objawienie, jakie miał otrzymać od Jezusa w 1936 r. Doktryna Kościoła głosi, że jego celem jest zbudowanie Królestwa Bożego na ziemi i w świecie duchowym poprzez zjednoczenie wszystkich wyznań chrześcijańskich. Według wyznawców Kościoła Jezus nie doprowadził bowiem do końca swojej misji, ponieważ nie założył Prawdziwej Rodziny. To zadanie zbawienia ludzkości przejął Sun Myung Moon, który wraz z żoną ustanowił „idealną rodzinę”. Podstawową jednostką we wspólnocie są w efekcie pary małżeńskie, które po przygotowaniu sprawują funkcje duchownych. Wybór i połączenie współmałżonków leży w rękach zwierzchnika Kościoła.
Kościół Zjednoczeniowy działa w Polsce od lat 70-tych XX w. Został zarejestrowany w 1990 r. Parlament Europejski uznał go za organizację parareligijną, która może przyczyniać się do zagrożenia ładu i porządku społecznego. Członków tej wspólnoty podejrzewa się o uczestnictwo w przemycie i handlu narkotykami. Jest obecny w 140 krajach i liczy około 3 miliony członków. Obecnie nie ma danych dotyczących liczebności wiernych w Polsce (szacuje się, że należy do niego kilkaset osób).
5) Wspólnota Niezależnych Zgromadzeń Misyjnych „Rodzina” (The Family International) – została założona w latach 60-tych XX w. przez pastora Davida Berga w Stanach Zjednoczonych. Ma charakter apokaliptyczny – „Rodzina” głosi rychły koniec świata, a swoim wyznawcom obiecuje zbawienie. Jej członkowie uważają założyciela za proroka, a jego pisma za natchnione przez Boga i równoważne z Biblią. Wśród głównych zarzutów odnośnie tej grupy pojawia się problem traktowania usług seksualnych jako „chwytu apostolskiego” (flirty fishing). We wspólnocie istnieje także zwyczaj dzielenia się partnerami seksualnymi, w tym małżonkami (tzw. sharing.). Na Zachodzie oskarża się „Rodzinę” o uprowadzanie, molestowanie i wykorzystywanie seksualne dzieci, propagowanie kazirodztwa i produkcję filmów pornograficznych. W Polsce liczy obecnie około 300 członków.
Za sekty bywają także uznawane: grupa wyznaniowa Ananda Marga (wywodząca się z hinduizmu), wspólnota Rajneesha, Międzynarodowe Towarzystwo Świadomości Kryszny (zarejestrowane przez MSWiA), grupy satanistyczne, Christianie oraz Światowy Kościół Twórcy.