W wyniku problemów wewnętrznych i wędrówki ludów cesarstwo zachodniorzymskie upadło w 456 r. Na mapie świata pozostało zatem tylko cesarstwo wschodnie ze stolicą w Konstantynopolu. Jego władcą w latach 527-565 był Justynian I Wielki. Okres jego panowania zajmuje szczególne miejsce w historii Kościoła, wówczas bowiem nastąpił szczyt rozwoju cezaropapizmu.
Cezaropapizm to termin pochodzący od dwóch łacińskich słów – caesar i papa, oznaczający skupienie pełni władzy nad państwem i nad Kościołem w rękach jednej osoby – monarchy. Inaczej mówiąc, świecki władca był równocześnie zwierzchnikiem Kościoła i mógł ingerować w jego wewnętrzne sprawy, w tym decydować o kwestiach teologicznych.
Samej genezy doktryny cezaropapizmu należy szukać w charakterze władzy cesarskiej w Rzymie – od 12 p.n.e. cesarze nosili tytuł pontifex maximus, czyli „najwyższy kapłan”. Władcy nie wyrzekli się go, kiedy Teodozjusz I Wielki w 380 r. uznał chrześcijaństwo za religię państwową. W VIII w. cesarz Leon III napisał wprost w liście do papieża Grzegorza II: „jestem cesarzem i kapłanem”. Cesarza bizantyńscy kierowali się tą zasadą w swoim panowaniu nie tylko ingerując w sprawy administracji Kościoła, ale również wydając edykty dogmatyczne (m.in cesarz Zenon i Henotikon, 482 r.) czy zwołując synody (np. Justynian II – Synod Trullański, 692 r.). W Kościele wschodnim cezaropapizm ostatecznie ugruntował się przez wielką schizmę wschodnią w 1054 r. i przetrwał do upadku Cesarstwa Wschodniorzymskiego w roku 1453. Nie było to jednak zjawisko ograniczone wyłącznie do Bizancjum – w Kościele zachodnim cezaropapizm charakteryzował m.in. okres panowania Karola Wielkiego oraz rządy władców Świętego Cesarstwa Rzymskiego Narodu Niemieckiego.
Justynian I Wielki jako władca Bizancjum dążył do przywrócenia potęgi i zasięgu terytorialnego cesarstwa rzymskiego, z jedną prawowitą wiarą chrześcijańską. Był wszechstronnie wykształcony nawet w teologii. Realizując zasadę jedności wiary występował surowo przeciw poganom, heretykom i Żydom. Wprowadził przymusową chrystianizację – każdy poganin musiał poddać się katechizacji i przyjąć chrzest, inaczej podlegał karze konfiskaty majątku. Z kolei jeśli chrześcijanin powracał do pogaństwa, to był karany śmiercią. Justynian Wielki likwidował także resztki pogańskich instytucji m.in. zamknął w 529 r. zamknął Akademię Platońską w Atenach. Żydzi, chociaż mogli oficjalnie wyznawać swoją religię, byli szykanowani. Z kolei heretykom zamknięto dostęp do wszelkich urzędów i godności państwowych. Podsumowując, każdy miał być w cesarstwie wschodnim chrześcijaninem.
Justynian brał także bezpośredni udział w ustalaniu doktryny Kościoła (w tym przepisów liturgicznych), a swoje decyzje w tej dziedzinie narzucał biskupom i laikom w imię jedności wiary. Oficjalnie jednak cesarz uznawał prymat papieża w nauczaniu. Niemniej zwoływanie soborów zaliczono do praw cesarza; Justynian zwołał Sobór konstantynopolitański II w 553r.
Za Justyniana ściśle także określono strukturę i procedurę synodów lokalnych i prowincjonalnych. Biskupi uzyskali nowe przywileje, powierzone im zostały również funkcje państwowe m.in. mieli udział w sądownictwie. Ponadto w trosce o wysoki poziom duchowieństwa Justynian określił szczegółowo sposób przyjmowania kandydatów do tego stanu oraz ich wykształcenie i tryb życia. Najwięcej przepisów i obostrzeń dotyczyło jednak mnichów i zakonów.
Wyrazem świetności Kościoła pod rządami Justyniana miała być świątynia Mądrości Bożej (Hagia Sophia) w Konstantynopolu. Została zbudowana w 537 r. Uważano ją za syntezę Królestwa Bożego, Kościoła i Cesarstwa.
Justynian I Wielki zajmował się jednak nie tylko Kościołem. Przeprowadził także reformy wewnętrzne w cesarstwie (reformę finansów, scentralizował aparat państwowy). Na jego polecenie opracowano także tzw. Kodeks Justyniana (Corpus Iuris Civilis). Czas jego panowania charakteryzowały się rozwojem kultury, zwłaszcza piśmiennictwa i budownictwa.