Epokę nowożytną w historii Kościoła katolickiego liczy się od wystąpienia Marcina Lutra w 1517 r. do wybuchu pierwszej wojny światowej w 1914 r. Do najważniejszych wydarzeń, nurtów i doktryn tego blisko 400-letniego okresu zalicza się:
1) Reformację – reformacja początkowo była pomyślana jako ruch odnowy Kościoła katolickiego, ale w efekcie doprowadziła do narodzin wyznań protestanckich. Jej inicjatorem był Marcin Luter, który w 1517 r. przedstawił 95 tez przeciwko nadużyciom w Kościele. Wśród najważniejszych doktryn religijnych powstałych w wyniku reformacji wymienia się: luteranizm , kalwinizm, anglikanizm, anabaptyzm i antytrynitaryzm. Szacuje się, że reformacja oderwała od Kościoła katolickiego ok. 1/3 ówczesnej Europy.
2) Sobór Trydencki – był odpowiedzią na potrzebę reformy Kościoła w związku z rozwijającą się od 1517 r. reformacją. Odbywał się w 3 sesjach w latach: 1545-47, 1551-52 i 1562-63. Wyjaśnił i doprecyzował naukę Kościoła katolickiego, odnowił jego dyscyplinę oraz potępił powstające doktryny protestanckie. Uznawany jest za początek okresu kontrreformacji.
3) Kontrreformację – był to prąd w Kościele katolickim zwalczający reformację w celu odbudowy własnej potęgi oraz politycznych, gospodarczych i kulturalnych wpływów. Czołową rolę w polemice antyprotestanckiej odegrał zakon jezuitów. Jedną z broni papiestwa do walki z heretykami stanowiła inkwizycja. W ramach kontrreformacji ujednolicono liturgię rzymską, podniesiono poziom wykształcenia duchownych i wprowadzono szkolnictwo parafialne. Zawdzięcza się jej także się styl barokowy w budownictwie i sztuce sakralnej. Ukształtowany w czasie kontrreformacji styl pobożności utrzymał się do XX w.
4) Kwietyzm – to nurt obecny w Kościele katolickim w XVII – XVIII w., kładący nacisk na osiągnięcie mistycznie pojętego spokoju (łac. quietus) wewnętrznego i uznający za podstawę życia religijnego modlitwę, kontemplację i całkowitą bierność. Za jego twórcę uważa się hiszpańskiego księdza Miguela de Molinos. Kwietyzm został potępiony przez papieży Innocentego XI w 1687 r. i Innocentego XII w 1699 r.
5) Jansenizm – był nurtem teologicznym oraz pobożnościowym we francuskim i niderlandzkim katolicyzmie. Został zapoczątkowany przez biskupa Ypres, Kornela Ottona Jansena, a jego rozwój przypadł na przełom XVII-XVIII w. Opierał się na pesymistycznej wizji natury ludzkiej, podkreślając skażenie człowieka przez grzech pierworodny i konieczność surowej ascezy. Ośrodkiem jansenizmu stało się opactwo francuskie Port-Royal.
6) Gallikanizm – był to nurt polityczny-religijny obecny w katolicyzmie francuskim od XIII w. do XIX w., którego zwolennicy dążyli do ograniczenia uprawnień papieży na rzecz zwiększenia prerogatyw króla i uformowania autonomicznego Kościoła katolickiego we Francji. Doktryna gallikanizmu została zawarta w „Czterech artykułach gallikańskich” z XVII w. przygotowanych przez biskupa Jakuba Bossueta.
7) Febronianizm – był to prąd obecny w niemieckim Kościele katolickim w XVII –XVIII wieku, którego zwolennicy postulowali wzmocnienie władzy lokalnych biskupów kosztem władzy papieża i bronili instytucji Kościoła narodowego. Febronianizm dotarł także do Francji, Hiszpanii, Portugalii oraz do Austrii, gdzie stał się podstawą polityki religijnej Józefa II (józefinizm).
8) Ultramontanizm – katolickie przekonanie o wyższości władzy papieskiej nad władzą świecką i o konieczności podporządkowania polityki Kościołów lokalnych w różnych krajach decyzjom samego Watykanu. Zwolennicy ultramontanizmu sprzeciwiali się jakiejkolwiek ingerencji państwa w wewnętrzne sprawy Kościoła i występowali przeciw takim ruchom, jak febronianizm, gallikanizm i jansenizm.
9) Sobór Watykański I (Vaticanum I; 1869-1870) – był dwudziestym soborem powszechnym Kościoła katolickiego. Uchwalono na nim dogmat o nieomylności papieża w sprawach wiary i moralności. Uznano również, że z dzieł stworzenia można z całą pewnością poznać Boga. Uczestnicy soboru przeciwstawili panteizmowi, materializmowi oraz racjonalizmowi naukę opartą na Objawieniu.
10) Chrześcijańską Demokrację (chadecja) – to ruch społeczno-polityczny powstały w Europie w 2. połowie XIX w. jako odpowiedź myśli katolickiej na rosnące wpływy socjalizmu. W swoich założeniach odwoływał się do społecznej doktryny Kościoła katolickiego i personalizmu. Jego zwolennicy dużą rolę przypisywali także przestrzeganiu etyki chrześcijańskiej. Status partii politycznej jako pierwsze uzyskało ugrupowanie Centrum w Niemczech. Działało w parlamencie pruskim od 1852 jako Frakcja Katolicka. Od II połowy XX w. chadecja stała się bardziej samodzielna względem Kościoła.
11) Modernizm katolicki – nurt w teologii katolickiej powstały na przełomie XIX/XX w. w Anglii, Francji, w Włoszech i w Niemczech. Jego zwolennicy popierali nowoczesną krytykę biblijną (opartą wyłącznie na tekście Pisma św.), przyjmowali historyczny rozwój chrześcijaństwa (uznając, że dogmaty katolickie mają historyczny i ewolucyjny charakter) i byli sympatykami postępu w nauce oraz w filozofii. Modernizm katolicki został zdefiniowany przez Piusa X jako „heretycki system teologiczny w łonie katolicyzmu” i potępiony w 1907 r. dekretem Lamentabili i encykliką Pascendi dominici gregis. Do wyszukiwania i demaskowania modernistów powołano sekretną organizację Sodalitium Pianum (pol. Solidacja Piusowa).