Kościół we Francji w przeddzień wybuchu rewolucji był potęgą. Charakteryzował się ogromną liczbą świątyń, sporym majątkiem (należało do niego ok. 10% ziemi uprawnej w państwie) oraz licznym duchowieństwem (ok. 130 tysięcy księży, zakonnic i zakonników). Jeden ksiądz przypadał wówczas na 386 osób. Samo społeczeństwo francuskie było społeczeństwem zdecydowanie katolickim; protestanci stanowili zaledwie 2,5% ludności, a Żydzi niecałe 0,25%. Ponadto kler francuski był zwolniony z większości podatków na rzecz państwa oraz posiadał własne sądownictwo, czyli był sądzony przez własnych sędziów, trzymających się tylko prawa kanonicznego.
Dodatkowym ułatwieniem dla działalności Kościoła był fakt, że we Francji religia katolicka była religią panującą i miała wsparcie ze strony władzy państwowej. Od 1685 r. tylko księża katoliccy prowadzili akta stanu cywilnego i nikt nie miał prawa porzucić katolicyzmu pod groźbą surowych kar. Należy również pamiętać, że we Francji od XIII-XIX w. obecny był gallikanizm, czyli nurt polityczny-religijny, którego zwolennicy dążyli do ograniczenia uprawnień papieży na rzecz zwiększenia prerogatyw króla i uformowania autonomicznego Kościoła katolickiego w swoim kraju. Cel udało się poniekąd spełnić w 1516 r., kiedy to został podpisany konkordat Francji i Stolicy Apostolskiej, który przyznawał królom prawo mianowania wszystkich biskupów, opatów i przeorów. Kościół stanowił zatem wraz z monarchią jedność nierozerwalną – monarcha miał decydujący wpływ na skład duchowieństwa wyższego, ono zaś zyskując od niego nowe przywileje, czuło się mocniej związane z dworem królewskim niż z biskupem Rzymu.
Opieka państwa, silne podstawy materialne, nieograniczona swoboda działania, słabość prawna przeciwników – trudno sobie wyobrazić lepszą sytuację Kościoła. Rewolucja sprawiła jednak, że z tej potęgi pozostało bardzo niewiele. Wśród przyczyn jej wybuchu wymienia się: kryzys finansowy monarchii, ucisk fiskalny (podwyższenie podatków), niechęć do absolutyzmu i przywilejów stanowych (we Francji rozróżniano trzy stanu: duchowieństwo, szlachtę i tzw. trzeci stan, czyli resztę ludzi wolnych w miastach i na wsiach), rozprzestrzeniające się idee oświecenia i bardzo złe zbiory w 1788 r., które spowodowały klęskę głodu. Panujący wówczas Ludwik XIV nie potrafił zaradzić problemom i potrzebom społeczeństwa. Zwołał Stany Generalne, które dały początek rewolucji francuskiej.
Stany Generalne zaczęły swe posiedzenie 4 maja 1789 r. mszą świętą i uroczystą procesją z Najświętszym Sakramentem. Składały się z przedstawicieli wszystkich trzech stanów. Duchowieństwo reprezentowało 296 deputowanych, przy czym większość stanowili księża parafialni. Stało się tak, gdyż król w swoim rozporządzeniu zalecił wybór pasterzy, będących blisko ludu i znających jego problemy.
Niższe duchowieństwo przybyło do Wersalu z nadzieją nie tylko na reformę państwa, ale także na reformę Kościoła we Francji. Skromnych księży kuła bowiem w oczy zachłanność i bogactwo hierarchów oraz ich niski poziom pastoralny i teologiczny. Domagali się m.in. ograniczenia władzy biskupów , likwidacji części klasztorów i ograniczenia sum pieniędzy, wysyłanych do Stolicy Apostolskiej. Natomiast król miał wyznaczony zupełnie inny cel: chciał ustalić nowe podatki, aby pokryły one deficyt budżetowy, który wynosił 400 milionów franków.
W konsekwencji po uroczystym otwarciu posiedzenia stan trzeci, wspomagany przez kanonika z Chartres, Emmanuela Josepha Sieyesa, zdobył się na pierwszy czyn rewolucyjny i 17 czerwca 1989 r. ogłosił się Zgromadzeniem Narodowym, ponieważ reprezentował aż 96% społeczeństwa francuskiego. Bezpośrednią przyczyną takiego obrotu sprawy był fakt, że król nie chciał pozwolić na wspólne obrady stanu trzeciego z pozostałymi stanami. Zgromadzenie Narodowe uzyskało poparcie większości deputowanych duchownych – Kościół nie był zatem przeciwny rewolucji, ale był uczestnikiem zmian, a nawet po części ich autorem. Wówczas władca zgodził się na wspólne działanie stanów. Jednak kiedy Zgromadzenie Narodowe ogłosiło się 9 lipca Zgromadzeniem Konstytucyjnym (Konstytuantą) i za cel postawiło sobie uchwalenie nowego ustroju politycznego, Ludwik XIV ściągnął pod Wersal, który był miejscem obrad, wojsko. Rozpoczęły się demonstracje w Paryżu, a 14 lipca zdobyto Bastylię, która była symbolem absolutyzmu królewskiego. Rozruchy przeniosły się prawie do wszystkich miast oraz buntu chłopów na wsiach.
Zgromadzenie Narodowe nie widziało możliwości stłumienia buntu chłopów siłą, przyjęło zatem 4 sierpnia 1789 r. wniosek o zniesienie ciężarów feudalnych, a także przywilejów podatkowych szlachty i duchowieństwa oraz opłat do Rzymu. Hierarchowie kościelni musieli się także zrzec kumulacji beneficjów. Arcybiskup Paryża osobiście podpisał wszystkie uchwały, chociaż godziły one w postawy ekonomiczne ówczesnego Kościoła.
Do spraw dóbr kościelnych powołano 12 sierpnia specjalną komisję. Ponieważ Francja potrzebowała pieniędzy, to decyzja była prosta: przyjęto upaństwowienie majątków kościelnych, a duchownym wyznaczono stałą pensję. Ustawa z 13 lutego 1790 r. zakazała z kolei składania ślubów wieczystych i zniosła wszystkie zakony o takich ślubach (wyjątek stanowił zakony, które zajmowały się nauczaniem bądź opieką nad chorymi). Zakonników jednak nie pozostawiono samych sobie i pozostawiono im możliwość powrotu do stanu świeckiego oraz uzyskania pensji państwowej bądź zamieszkania w wyznaczonych klasztorach z zapewnionym utrzymaniem aż do śmierci. Decyzja Zgromadzenia była poniekąd realizacją pragnień znacznej części niższego kleru francuskiego, ale wyżsi duchowni byli coraz bardziej zaniepokojeni decyzjami Konstytuanty, która dodatkowo odrzuciła wniosek o uznanie katolicyzmu za religię państwową. Ponadto przy okazji dekretu o prawach człowieka wspomniano, że nikt nie może być niepokojony z powodu swoich przekonań, w tym przekonań religijnych.
12 lipca 1790 r. Konstytuanta ogłosiła Konstytucję cywilną kleru. Ustawa ta wprowadzała nowy podział diecezji we Francji, nowe zasady obsadzania urzędów kościelnych i regulacje dotyczące wynagrodzeń duchownych. Na jej mocy Kościół uczyniono instytucją państwową, a papież nie miał już prawa zatwierdzania biskupów Jednak nowe zasady wbrew pozorom nie były rewolucyjne – były wyrazem gallikańskich tendencji obecnych w Kościele francuskim od XIII w.
Pod koniec 1790 r. Konstytuanta zażądała od wszystkich duchownych francuskich złożenia przysięgi wierności państwu, prawu i królowi oraz zachowania Konstytucji cywilnej kleru. Nie spełnienie wymogu było równoznaczne ze zrzeczeniem się urzędu. Złożenia przysięgi odmówiły aż dwie trzecie duchownych deputowanych. Większość z nich stanowili biskupi. Doszło zatem do schizmy w samym Kościele francuskim – do podziału na Kościół konstytucyjny i niekonstytucyjny. Trwał on do końca rewolucji.
Podczas wyświęcenia nowych biskupów w czasie ceremonii liturgicznej pomijano dwa elementy: odczytanie papieskiej bulli konfirmacyjnej, bo Konstytucja cywilna zabraniała o nią się starać, oraz złożenie przysięgi wierności papieżowi. Wówczas Pius VI w marcu 1791 r. potępił Konstytucję cywilną kleru i ogłosił takie święcenia za bluźnierstwo. Po jego decyzji wielu duchownych odwołało wcześniej złożoną przysięgę. Ponieważ opozycja kleru wzrastała, Konstytuanta rozpoczęła prześladowanie. Papieża i tzw. kapłanów opornych uznano za najgorszych wrogów narodu.
W październiku 1791 r. ukształtowało się nowe zgromadzenie narodowe – Legislatywa. Do głosu doszły ugrupowania radykalne, składające się przede wszystkim z antyklerykalnych mieszczan. Klub jakobinów zaczął rozpowszechniać pogląd, że duchowni, który nie złożył przysięgi, są kontrrewolucjonistami. W listopadzie wydano dekret, który ponownie zobowiązywał wszystkich przedstawicieli kleru do złożenia przysięgi. Osobom, które tego nie zrobią, groziło pozbawienie pensji oraz deportacja. Rozpoczęto represje duchownych; wielu z nich poniosło śmierć. Około 30 tysięcy opuściło kraj. W tym czasie władze państwowe wprowadziły cywilne związki małżeńskie i rozwody (1792 r.). Utworzono Republikę Francuską.
Po ścięciu króla (21.01.1793) nastał okres dyktatury jakobinów. Okres ich władzy we Francji charakteryzował się dechrystianizacją życia publicznego i ateizacją kraju. Zaczęto niszczyć symbole religijne i napisy na cmentarzach. Duchowni byli deportowani bądź skazywani na karę śmierci. W 1793 r. wprowadzono również antychrześcijański Kalendarz republikański, w którym nakazano liczenie czasu od I roku Republiki, a nie od narodzin Jezusa Chrystusa. W listopadzie Legislatywa uznała kult Rozumu i Natury za jedynie dozwolony. Z katedry Notre Dame usunięto wszystkie obrazy i rzeźby religijne. Miejsca kultu religijnego (także żydowskiego i protestanckiego) zostały zamknięte; część kościołów zniszczono. Wielu kapłanów w tamtym okresie zrzekało się kapłaństwa, aby uniknąć represji i deportacji. Wszelkie wspólne nabożeństwa były traktowane jako antyrewolucyjne spotkania i były zakazane.
W maju 1794 r. wprowadzono dekret o uznawaniu przez naród francuski Najwyższego Bytu i nieśmiertelności duszy. Nie był on jednak w żadnym stopniu zezwoleniem na przywrócenie publicznego kultu katolickiego. Terror nadal trwał. Wobec rosnącego niezadowolenia ludzi postanowiono jednak zmienić taktykę – Konwent Narodowy (pochodząca z wyborów reprezentacja mieszkańców Paryża; 1792-1795) objął sobie za cel dokonanie rozdziału Kościoła od państwa. Został on osiągnięty dekretem z 21 lutego 1795 roku, który ogłaszał nie tylko rozdział Kościoła od państwa, ale również wolność kultów religijnych we Francji. Duchowni byli zobowiązani do złożenia deklaracji, że podporządkują się prawom Republiki. Zaczęto spontanicznie otwierać kościoły. W tym okresie do Francji powróciło wiele kapłanów emigrantów. Rozpoczęto reorganizację Kościoła.
W 1797 r., kiedy władzę objął Dyrektoriat w nowym składzie, znowu zażądano od duchownych przysięgi – tym razem przysięgi nienawiści do monarchii. Kler po raz kolejny się podzielił, choć tylko mniejszość ją złożyła. Odmawiających zamykano w więzieniach bądź deportowano do Gujany. Promowane były również alternatywne wobec katolicyzmu kulty: teofilantropizm oraz kult dekadowy.
Dopiero po zamachu stanu 9 listopada 1799 r. sytuacja religii katolickiej we Francji uległa znacznej poprawie. Napoleon, chociaż był deistą, zwrócił się bowiem w stronę Kościoła, gdyż widział jego przydatność jako instytucji, która ma wpływ na społeczeństwo. Odszedł zatem od antyreligijności Dyrektoriatu i zaprzestał ścigania duchownych niezaprzysiężonych. Dnia 15 lipca 1801 r. doszło do podpisania konkordatu między papieżem Piusem VIII a rządem francuskim. We wstępie dokumentu uznano religię katolicką za „religię większości francuskich obywateli”, co było formułą kompromisu, gdyż nie chciano uznać jej religią państwową. Z kolei kultowi katolickiemu przyznano charakter publiczny i zapewniono swobodę, ale z obowiązkiem stosowania się do przepisów porządku publicznego. Na mocy konkordatu Stolica Apostolska miała prawo do wprowadzania nowej organizacji diecezji, a uprawnienia do tworzenia parafii i ustanawiania proboszczów przyznano biskupom. Jednak w obu przypadkach decyzje miały być podejmowane w porozumieniu z władzą państwową. Z kolei za mianowanie biskupów odpowiedzialny był Napoleon I, papież wyłącznie zatwierdzał jego wybór. Rząd odmówił zwrócenia Kościołowi jego majątków, które zabrał podczas rewolucji, ale zobowiązał się do uposażenia duchowieństwa. W ten sposób udało się pokonać dziesięcioletnią schizmę w Kościele francuskim. Rozpoczęto odnowę życia kościelnego – Kościoła opartego na państwie.
Kościół nie odzyskał jednak swojej świetności. Przed rewolucją należało do niego 10% ziem, kler liczył 130 tys., a jeden duchowny przypadał na 386 osób. W 1800 r. kler stanowił już tylko 5 tysięcy osób, a co roku wyświęcano zaledwie 40 duchownych. Skonfiskowanych majątków nie oddano.
Obecnie relację między Kościołem, a państwem francuskim reguluje ustawa z 1905 r. o rozdziale Kościoła i państwa. Ów rozdział jest jednak separacją rygorystyczną, wrogą. Francja jest określana jako państwo laickie. Status i organizację Kościołów ustala państwo. Nie ma kościoła wspieranego, finansowanego, narodowego. W sferze publicznej nie ma dostępu do symboliki religijnej, nie ma też finansowania nauki religii w szkołach. Wyjątek stanowią Alzacja i Lotaryngia, które w 1905 r. należały do Niemiec. Na tych terenach obowiązuje konkordat z 1801 r.