Już od okresu wczesnego średniowiecza, różnice dzielące kościół we wschodniej i zachodniej części cesarstwa powiększały się. Jednak przy całej zaistniałej sytuacji jedność chrześcijańska została utrzymana.
Na zachodzie językiem kultury, piśmiennictwa oraz literatury była łacina, w Bizancjum za sprawą wpływów greckich, - greka. Pierwszym problemem dzielącym dwie części Cesarstwa stał się stosunek do kultu obrazów. W zachodniej części kult ten pozostawał niezmienny. Inaczej przedstawiała się sytuacja na wschodzie, gdzie zwalczano go przez półtora stulecia. Ruch ikonoklazmu został zapoczątkowany w Bizancjum w roku 726 i rozwijał się aż do połowy IX w..
Oprócz cesarzy również spora część duchowieństwa postrzegała kult obrazów jako przejaw odradzania się pogaństwa. W takiej sytuacji na mocy rozporządzeń cesarza obrazy niszczono na wielką skalę. Kult obrazów został przywrócony ostatecznie w Bizancjum w roku 843.
Poza kultem obrazów spory między Wschodem i Zachodem dotyczyły również obszaru działalności misyjnej. W drugiej połowie IX w., w obrębie Państwa Wielkomorawskiego, konkurowały misje Cyryla i Metodego z Bizancjum oraz misje z Bawarii. Konflikt odnosił się głównie do metod działalności zakonników oraz języka liturgii. Cyryl i Metody posługiwali się językiem słowiańskim oraz opracowanym pismem zwanym głagolicą. Natomiast zakonnicy z Zachodu posługiwali się łaciną. Poza terenem Wielkich Moraw, konflikt dotyczący podporządkowania chrystianizowanych obszarów papiestwu czy patriarchom Konstantynopola, dotyczył również Bułgarii.
Spór między kościołem wschodnim i zachodnim przybrał ostatecznie wymiar teologiczny. Dotyczył poglądów na pochodzenie Ducha Świętego. W Bizancjum uważano, że pochodzi on tylko od Boga Ojca, a w zachodniej części cesarstwa, że nie tylko od Boga Ojca ale również i Syna. W tej sytuacji doszło, pierwszy raz w dziejach, do zerwania między kościołami w dwóch częściach Cesarstwa w roku 867. Pomimo, że spór udało się wówczas załagodzić, różnice w kwestiach teologicznych pozostały niezmienne, a polityczne oraz kulturowe powiększały się. Doprowadziło to w roku 1054 do ostatecznego zerwania – tzw. schizmy wschodniej.
Pomimo szeregu prób ponownego zjednoczenia obu Kościołów, różnice między Wschodem i Zachodem nie zostały zażegnane. W roku 1439 została zawarta unia obu kościołów we Florencji, w okresie gdy Bizancjum było zagrożone ze strony Turków. Układ zawarty podczas soboru nie zapobiegł jednak upadkowi stolicy na wschodzie – Konstantynopola. Ponadto postanowienia unii we Florencji zostały odrzucone przez duchowieństwo moskiewskie. Doprowadziło to do uniezależnienia się Kościoła Rusi Moskiewskiej od władzy Konstantynopola.