Dobre stosunki między cesarzem Fryderykiem II, a papiestwem zakończyły się wraz z śmiercią sprzyjającego władcy niemieckiemu papieżowi – Honoriuszowi III. Kolejnym papieżem został w roku 1227 nieprzychylny Sztaufom Grzegorz IX. Ze względu na nie dotrzymanie przez Fryderyka obietnicy podjęcia krucjaty, złożonej jeszcze przed koronacją cesarską, nowy papież rzucił na niego klątwę.
Fryderyk nie zwracając uwagi na całą sytuacje podjął krucjatę. W tym czasie Grzegorz IX, wykorzystując nieobecność cesarza, zajął Królestwo Sycylii. Taki stan rzeczy nie trwał jednak długo, gdyż wracający ze wschodu Fryderyk rozbił siły papieskie. Następnie biskup Rzymu został zmuszony do zawarcia pokoju w roku 1230 w San Germano.
Status quo między Cesarstwem i Papiestwem został zakończony wraz z zabiegami Fryderyka w kwestiach dziedziczenia korony niemieckiej. Tego typu próby podejmował już ojciec cesarza – Henryk VI. Fryderyk natomiast przy realizacji swojego planu, przewidywał przede wszystkim podporządkowanie sobie całych Włoch.
Jego dążenia doprowadziły do ponownego rzucenia klątwy przez Grzegorza IX oraz jego przejście do obozu antycesarskiego. Fryderyk widząc w tej sytuacji poważne zagrożenie, nie dopuścił delegatów na zwołany przez papieża synod powszechny. Kilka miesięcy później papież zmarł, jednak kardynałowie zastraszeni przez cesarza nie odważyli się wybrać nowego biskupa Rzymu.
Fryderyk, który odniósł pełne zwycięstwo nad papiestwem, po dwudziestu miesiącach wakatu na tronie papieskim zarządził elekcje. Na nowego biskupa Rzymu wybrano wówczas przychylnie nastawionego do cesarza – Innocentego IV. Nie udało się jednak dojść do porozumienia z Fryderykiem, na skutek czego obawiający się represji nowy papież uciekł do Francji. Tam też zwołał sobór powszechny, a jednym z głównych przedmiotów obrad była detronizacja Fryderyka II.
Na soborze wezwano książąt niemieckich do dokonania wyboru nowego władcy. Został nim Henryk Raspe, w tym samym czasie natomiast przedstawiciele stanu duchownego nawoływali do krucjaty przeciwko cesarzowi. W efekcie tych działań doszło do licznych konfliktów wewnątrz Rzeszy oraz we Włoszech. Pomimo, że syn cesarza Konrad IV pokonał Henryka Raspe, to nie udało mu się powstrzymać wyboru kolejnego kandydata opozycji. W roku 1247 obwołali oni nowym królem Wilhelma hrabiego Holandii.
Ten ostatni jednak nie zagrażał Sztaufom w Rzeszy. Inaczej sytuacja przedstawiała się we Włoszech, gdzie w licznych prowincjach przeciwnicy cesarza, których nazywano gwelfami, odnosili coraz więcej sukcesów nad tzw. gibelinami czyli stronnikami cesarza. Sytuacja uległa jeszcze pogorszeniu dla tych ostatnich, kiedy pod koniec roku 1250 zmarł cesarz Fryderyk II.
Konrad IV po śmierci ojca starał się opanować sytuacje w Włoszech, do których wyprawił się już w roku 1251. Jednak na skutek ataku febry, młody władca zmarł niespełna trzy lata później. Pogorszyło to jeszcze bardziej i taki już ciężkie położenie gibelinów.
Pomimo, że Konrad IV pozostawił po sobie następcę, swojego małoletniego syna – Konradyta, to ze względu na jego wiek nikt nie brał na poważnie jego kandydatury na nowego władcę. Natomiast we Włoszech w jego imieniu rządy nad Królestwem Sycylii przejął przyrodni brat Konrada – Manfred.
W czasie gdy Manfred walczył z gwelfami oraz papiestwem na Sycylii, w Rzeszy zmarł wybrany wcześniej przez opozycje hrabia Holandii – Wilhelm. Do nowej elekcji królewskiej ponownie stanęły dwa zwalczające się obozy. Po raz kolejny nie doszły one do żadnego porozumienia. Gwelfowie poparli kandydaturę Ryszarda z Kornwalii – brata króla Anglii, natomiast gibelinowie obwołali nowym władcą Alfonsa X Kastylijskiego, spokrewnionego ze Sztaufami.
Żaden z wybranych nie posiadał jednak odpowiednich środków do podjęcia walki o władzę zwierzchnią w rozbitej konfliktami Rzeszy. Okres jaki wówczas zapanował nazywano Wielkim Bezkrólewiem, trwającym w latach 1256 – 1273.
Dla Niemiec czas ten charakteryzował się pogłębiającym się rozbiciem feudalnym wewnątrz Rzeszy. Ponad to sytuacja jaka nastąpiła podczas kryzysu, sprzyjała nasileniu się wojen prywatnych. Dodatkowo był to okres licznych gwałtów i rozbojów popełnianych przez rycerstwo.