Rewindykacja terenów Cesarstwa przez Justyniana Wielkiego wymagała ogromnych nakładów finansowych. W wyniku tego zaniedbano kwestie związane z bezpośrednim bezpieczeństwem samego Cesarstwa. Jedno z większych niebezpieczeństw pojawiło się na granicy Dunaju, za sprawą plemion słowiańskich. Słowianie po przełamaniu granicy przemieszczali się w głąb Półwyspu Bałkańskiego.
Zagrożenie pojawiło się również nad środkowym Dunajem – z obszaru Moraw przesunęli się Longobardowie do Panonni. Następnie doszło do konfliktu między Gepidami, a ich nowymi sąsiadami Longobardami. Ci ostatni w celu ostatecznego pozbycia się rywali, sprzymierzyli się z koczowniczym ludem Awarów. Uderzenie z dwóch stron na Gepidów doprowadziło do ich całkowitego zniszczenia. Obszary które do tej pory były w ich władaniu, przeszły w posiadanie Awarów.
Bałkany w Średniowieczu – Awarowie i Słowianie
Pierwsze obszary ekspansji plemion słowiańskich obejmowały ziemie sięgające na wschodzie po środkowy Dniepr. Słowian przebywających na tym obszarze, prawdopodobnie już od IV w., nazywano Antami. Ze względu na obecność Hunów na terenach stepów czarnomorskich oraz stref położonych na północ od Dunaju, zatrzymało to przesuwanie się Słowian w kierunku południowym. Jednak już po śmierci wodza koczowniczego plemienia – Attyli i rozpadnięciu się jego państwa, ekspansja słowiańska została wznowiona i osiągnęła ostatecznie Dunaj.
Bizancjum próbowało wykorzystać Awarów do zahamowania ekspansji – najazdów plemion Słowiańskich. Awarowie zamiast zahamować działania Słowian głównie w obszarze Bałkan, zaczęli z nimi współpracować przeciwko Cesarstwu Wschodniemu. Najazdy Słowian dotknęły w dużym stopniu bałkańskie prowincje cesarstwa, zagrożona była sama stolica – Konstantynopol. Spustoszyli brzegi dalmatyńskie w latach 547 – 548. W roku 549 ich łupem stała się Tracja.
Awarowie rozpoczęli systematyczne łupieżcze wypady na północną część Cesarstwa Wschodniego, domagając się jednocześnie coraz to większych trybutów z tego tytułu. Jedna z najistotniejszych strategicznie twierdz należących do Bizancjum – Sirmium, broniąca północnej granicy, została zdobyta w roku 582. W latach 612 – 614 wspólnie ze Słowianami Awarowie pustoszą Dalmacje, a sama stolica prowincji – Salona zostaje doszczętnie spalona.
Bałkany w Średniowieczu – Bułgarzy
Po przekroczeniu granicy Dolnego Dunaju w roku 679 Protobułgarzy rozpoczynają walki z Antanami, w wyniku których powstanie w późniejszym czasie państwo Bułgarskie. Na obszarze Bałkan Protobulgarzy – podobnie do innych ludów, ulegną wynarodowieniu na skutek kontaktów z miejscową ludnością.
Ich ówczesne państwo nie objęło jednak wszystkich terenów skolonizowanych wcześniej przez Słowian. W tych strefach w jednolitej masie słowiańskiej formowały się dwie odmienne grupy – chorwacka oraz serbska.
Państwo Bułgarów w roku 968 zostanie rozbite przez księcia kijowskiego – Światosława. To właśnie do niego Cesarstwo Wschodnie zwróciło się o pomoc w walce z Bułgarami. Wynikiem całej kampanii było odzyskanie przez Bizancjum Bułgarii wschodniej.
Bałkany w Średniowieczu – Dominacja Bizancjum
Rok 1018 stanowi przełomową datę na kartach historii średniowiecznych Bałkanów. Od tego momentu – po ostatecznym upadku pierwszego państwa bułgarskiego, rozpoczyna się okres hegemoni Bizancjum trwający praktycznie dwa stulecia. W posiadaniu kolejnych cesarzy bizantyjskich znalazły się obszary dzisiejszej Albanii, Bułgarii, Grecji oraz Macedonii.
Granica Cesarstwa Wschodniego ponownie opierała się na dorzeczu Dunaju. Zwierzchnictwo Bizancjum musieli uznać książęta serbscy oraz chorwaccy. Dominacja na Bałkanach trwała aż do roku 1204 – zdobycie stolicy Konstantynopolu przez krzyżowców.