Praktycznie przez cały XVII w. Rzeczpospolita prowadziła długotrwałe wojny z państwami, które uważno za innowiercze – luterańską Szwecją, prawosławną Rosją oraz islamską Turcją. W toku tych wydarzeń formował się model polaka – katolika. Jego naturalnym przeciwstawieniem był innowierca – wróg.
Stereotypy te zostały rozpowszechnione m. in. przez szkolnictwo jezuickie. Umocniły się one szczególnie podczas potopu szwedzkiego z lat 1655 – 1660. Faktem jest jednak, iż cześć protestantów mieszkających w Polsce brała udział w przygotowaniu oraz realizacji szwedzkich planów.
Całą sytuacje potrafiła skutecznie wykorzystać propaganda katolicka. W efekcie m. in. w roku 1658 sejm skazał na banicję arian (braci polskich). Ci ostatni zostali w pierwszej kolejności oskarżeni o popieranie Szwedów, a następnie zobligowani do przejścia na katolicyzm, bądź też opuszczenie kraju. Po tych zdarzeniach, arianie kontynuowali swoją działalność głównie w Siedmiogrodzie oraz Niderlandach.
W roku 1668 uchwałą sejmową zakazano pod karą śmierci porzucania katolicyzmu. Z biegiem czasu zaczęły się ponadto pojawiać żądania usunięcia z Rzeczpospolitej przedstawicieli pozostałych wyznań. Nie odnosiło się to jednak do luterańskich mieszczan czy też prawosławnych chłopów. Jednolitość wyznaniowa miała bowiem – według szerokich mas szlacheckich, obejmować członków ich własnego stanu.
Formalnie ograniczenia praw innowierców pojawiły się w pierwszej połowie XVIII wieku. Polegały one przede wszystkim na odebraniu innowierczej szlachcie części praw politycznych – dostęp do urzędów oraz prawo posłowania na sejm. Pomimo nawet tego, pozycja innowierców w Rzeczpospolitej przedstawiała się dużo lepiej niż mniejszości religijnych w wielu innych państwach nowożytnej Europy.
W drugiej połowie XVIII w. obrona praw innowierców stała się – dla prawosławnej Rosji oraz luterańskich Prus, pretekstem do ingerowania w wewnętrzne spawy Rzeczpospolitej. W roku 1768 sejm polski – pod naciskiem tych krajów, zniósł dyskryminacyjne ustawy z początku stulecia.