Po okresie rządów Wasyla I Rurykowicza przypadającego na lata 1389 – 1425, nastąpił kryzys wewnętrzny księstwa moskiewskiego. Był on spowodowany przede wszystkim wojną z Litwą oraz Tatarami, a także walkami o sukcesje. Dopiero w czasie rządów Iwana III Srogiego, które przypadły na lata 1462 – 1505, zakończył się proces tworzenia scentralizowanego państwa rosyjskiego. Wówczas również, w roku 1480 nastąpiło formalne zrzeczenie się zwierzchnictwa tatarskiego.
Spore znaczenie symboliczne miało również zawarte przez Iwana III Srogiego jego drugie małżeństwo – z bratanicą ostatniego cesarza bizantyjskiego, Zofią. Wówczas bowiem Moskwa nie tylko uznała się za spadkobierze Cesarstwa Wschodniego, ale również przejęto ceremoniał, a sam władca zaczął tytułować się carem. Od tego też momentu zaczęła pojawiać się koncepcja Moskwy jako trzeciego Rzymu – centrum świata.
Zjednoczenie ziem wielkoruskich weszło w fazę końcową za panowania następcy Iwana III Srogiego – Wasyla III. Panował on w latach 1505 – 1533, był synem Iwana oraz Zofii. W roku 1510 włączył do Wielkiego Księstwa Moskiewskiego Psków, a w kolejnych latach również księstwo riazańskie. Od chwili zjednoczenia wszystkich ziem wielkoruskich zaczyn się mówić o państwie rosyjskim.
Następcą Wasyla III został jego syn, który koronował się w Moskwie w roku 1547 – Iwan IV Groźny. Wówczas też przyjął tytuł cara, chcąc w ten sposób podkreślić swoje dążenia do uzyskania władzy absolutnej. W okresie swoich rządów opierał się przede wszystkim na średniej szlachcie (dworian). W skutek tych zmian poważnie została wówczas ograniczona oligarchia bojarska.
Istotnym elementem polityki wewnętrznej Iwana IV Groźnego były specjalne odziały zorganizowane w roku 1560 – tzw. opricznicy. Wyjątkowy charakter tej formacji wynikał z całkowitego podporządkowania jej carowi. Przyznano jej ziemie tzw. opryczninę, oddzieloną od pozostałych ziem ruskich z własną administracją oraz skarbowością. Odziały opryczników były wykorzystywane przez władcę przede wszystkim do walki z opozycją bojarską.
Po śmierci Iwana IV Groźnego w Rosji nastał poważny kryzys społeczny, gospodarczy oraz polityczny – tzw. wielka smuta. W tym okresie zmieniali się władcy, interweniowały obce wojska – w tym również polskie, wybuchały liczne bunty chłopskie, a do głosu doszła ponownie zepchnięta przez Iwana IV bojarska oligarchia.
W roku 1613 wybrano nowego cara – Michała Romanowa. Zapoczątkował on rządy nowej dynastii, która trwała nieprzerwanie do roku 1917 – Romanowów. Rosja jednak – zwłaszcza w okresie rządów członków z nowej dynastii, była krajem odizolowanym. Izolacja kraju wynikała z dwóch przyczyn: geopolitycznych oraz świadomej polityki władz.
Odmienność Rosji od innych państw europejskich pogłębiała również jej bardzo wyraźna odrębność w kwestii ustroju politycznego i społecznego. Nie istniały tam bowiem jakiekolwiek praktyczne czy też teoretyczne ograniczenia władzy cesarskiej. Według ustawy soborowej z roku 1649, która stanowiła swoistą konstytucje rosyjską w XVII w. – występek przeciwko cesarzowi równał się zbrodni wobec państwa i był przez to karany śmiercią.