Pierwszy raz w historii Europy w XVI w., tak wielkie znaczenie zyskały powiązania między zachodnią i wschodnią częścią kontynentu. Współzależność rolniczego wschodu oraz przemysłowego zachodu, w znacznej mierze wpłynęła również na kwestie polityczne. W skutek uformowania się jednego rynku dla większości państw europejskich – konflikty nabrały od tej pory cech powszechnych. W tej sytuacji, w momencie kryzysu gospodarczego w jednej część kontynentu była ściśle związana z podobnym zmianami na jej drugiej stronie.
Ówcześnie najbardziej narażoną oraz szczególnie wrażliwą na wszelkie zmiany polityczne oraz ekonomiczne była Europa Środkowa. Było to spowodowane przede wszystkim faktem, iż na tych obszarach – Rzesza Niemiecka, Inflanty, Prusy, Czechy, Polska oraz Węgry, ścierały się interesy i wpływy mocarstw europejskich.
Do tych ostatnich zaliczały się pierwszej kolejności Francja, Holandia oraz Austria. Do tego grona dołączyła później również Szwecja. Obszar Europy Środkowej był szczególny pod jeszcze jednym względem – na tym terenie przecinały się strefy społeczne i gospodarcze.
W nowożytnej Europie rozbieżności interesów w poszczególnych państwach wyrażały się stosunkowo często w formie różnic religijnych. Dobrym przykładem obrazującym te sytuacje był podział w Rzeszy na dwa obozy – katolicki oraz protestancki. Władcy reprezentujący ostatnią z tych frakcji przeciwstawiali się dominacji i monopolowi katolickich Habsburgów. Zbliżona sytuacja odnosiła się również do ówczesnych Czech. Na terenach bowiem tego państwa, członkowie szlachty – za sprawą odrębności wyznaniowej, mieli możliwość określenia się politycznie wobec obcej władzy Habsburgów.
Wpływy tego ostatniego rodu sięgały samej Rzeczypospolitej – poparcie katolikach monarchów. Dodatkowo spory jakie już istniały w środkowej części Europy, były również wzmagane przez konflikt i rywalizacje między Francją a Habsburgami. Toczył się on niemal przez cały XVI w., a jego punkt zapalny stanowiła Hiszpania, którą udało się opanować dynastii austriackiej. Poza tym z czasem w spór ten zostały również wciągnięte Włochy, a także Rzesza Niemiecka.
Tak więc u podstaw wybuchu wojny trzydziestoletniej leżało narastanie konfliktów międzynarodowych w Europie w XVI wieku. Jedno słowo doskonale opisuje najważniejszą przyczynę jej wybuchu – rywalizacja. Nastąpiła wówczas bowiem walka o hegemonie – szczególnie widoczna na przykładzie rywalizacji francusko – habsburskiej.
Ponadto dochodziła do tego rywalizacja mocarstw w Europie Środkowej oraz między krajami protestanckimi i katolickimi. Przykładem odnoszącym się do tej ostatniej sytuacji może być uniezależnienie się protestanckich Niderlandów od władzy Hiszpanii.
Poza tym jedną z przyczyn wybuchu wojny stało się również pośrednio powstanie nowego mocarstwa w rejonie Morza Bałtyckiego – wzrost znaczenia Szwecji. Do przyczyn dochodzi również rozwój kontrreformacji, który wzbudzał strach wśród protestantów wobec przymusowej rekatolizacji. Natomiast książęta protestanccy obawiali się zniesienia przez cesarza postanowień pokoju w Augsburgu z roku 1555 oraz odebrania ziem sekularyzowanych – odebrane Kociołowi katolickiemu po roku 1552.
Dodatkowo do całej sytuacji dochodziło utworzenie się dwóch obozów – Unii Protestanckiej w roku 1608 oraz Ligi Katolickiej w roku 1609. Na czele tej pierwszej stanął palatyn reński Fryderyk V. Natomiast drugiej przewodził książę bawarski Maksymilian.
W efekcie przyjęcie przez poszczególne kraje Europy Zachodniej wybranej orientacji – prohabsburskiej lub antyhabsburskiej, umożliwiło umiędzynarodowienie przyszłego konfliktu. Bezpośrednią natomiast przyczyną wojny stał się konflikt między protestanckimi Czechami a Habsburgami. Wyrazem tego konfliktu stała się defenestracja praska – wyrzucenie przez okno zamku na Hradczanach namiestników cesarskich. Wydarzenie to otworzyło wojnę trzydziestoletnią na obszarze Czech.