Kwestia genezy reformacji, której ostatecznym skutkiem był rozłam w zachodnim chrześcijaństwie, przez długi okres stanowiła spór międzywyznaniowy. Poplecznicy Kościoła katolickiego podkreślają przede wszystkim rolę Marcina Lutra oraz jego determinację w dążeniach do religijnego rozłamu i uniezależnienia się od papieża. Z drugiej strony badacze protestanccy kładli szczególny nacisk na kryzys wewnętrzny Kościoła katolickiego.
Słowo reformacja pochodzi od łacińskiego „reformare” – przekształcenie, przywrócenie czemuś pierwotnej formy. Już od okresu średniowiecza określenie to nabrało społecznego znaczenia. Tak bowiem ówcześnie określano postulat do dawnych ideałów oraz rozwiązań w instytucjach kościelnych.
W takiej sytuacji dążenie do reformy wewnętrznej Kościoła, które od XIV w. było coraz silniejsze – leżało u podstaw genezy reformacji. Było inspirowane ówczesnym ożywieniem religijnym, jak również rozwojem humanizmu. Ponadto wielu chrześcijan pragnęło wrócić do Biblii jako jedynego źródła prawdy o Bogu – nie interesowało ich narzucanie interpretacji.
Dodatkowo dochodziło do tego zeświecczenie duchownych oraz niechęć papieży do reformy organizacji kościelnych oraz likwidacji nadużyć. Zmiany takie bowiem wymagałyby zwołania soboru, a pamięć o soborach XV w., które często obalały samych biskupów Rzymu, odstręczały ich od jego zwołania i podejmowania przez to reform.
Poza tym fiskalizm papiestwa budził sprzeciw części duchowieństwa, która nie popierała dalszego umacniania się kurii rzymskiej. Natomiast obowiązek płacenia dziesięciny przez chłopów oraz świętopietrza przez kraje chrześcijańskie zniechęcał do Kościoła. Dodatkowo dochodziła sprawa odpustów – odpuszczenie grzechów w zamian za odpowiednią sumę wydatkowaną na Kościół, co było sprzeczne z jego naukami.
Duże znaczenie polityczne tego ostatniego budziło niechęć władców świeckich, którzy dążyli do całkowitego uniezależnia się. Dotyczyło to przede wszystkim władców dążących do umocnienia władzy centralnej w państwie. Ponadpaństwowa organizacja Kościoła przeszkadzała w powstaniu silnej i scentralizowanej administracji podległej władcy. Papież stał się władcą świeckim, który wielokrotnie rywalizował o prymat w chrześcijańskim świecie z pozostałymi monarchami.
Podając przyczyny reformacji w Europie należy się również odnieść do członków samego duchowieństwa. Niezadowolenie budziło niewystarczające wykształcenie większości tego stanu. Tylko niewielka ich część uzyskała wykształcenie uniwersyteckie. Nieobecność wyższego duchowieństwa na terenie przyznanych im diecezji – zaniedbywanie obowiązków. Ponadto wielu duchownych widziało w Kościele możliwość realizacji swoich aspiracji politycznych oraz szanse na zrobienie szybkiej kariery. Przy czym nie byli oni całkowicie przygotowani do pełnienia funkcji kapłańskich.
Ojczyzną reformacji były Niemcy. Tam też Marcin Luter swoje poglądy wyraził w 95 tezach, które przybił do drzwi katedry w Wittenberdze w roku 1517. Zawierały one program naprawy Kościoła katolickiego – główne elementy doktryny Lutra. Za drugiego ojca reformacji uważa się francuza – Jana Kalwina. Działał na terenie Szwajcarii oraz Francji, ostatecznie osiadając w Genewie. Z tego właśnie miasta uczynił stolicę protestantyzmu, z której wyruszały grupy pastorów do wszystkich części Europy.
W ówczesnej Francji natomiast na czele zwalczających się obozów stały dwie gałęzie rodu królewskiego: Walezjuszy – obrońcy katolicyzmu oraz Burbonowie – zwolennicy kalwinizmu. Największe wpływy osiągnęła ostatnia z nowinek religijnych, stając się również ruchem o charakterze politycznym. Do przyczyn takiego stanu należy zaliczyć nastroje opozycyjne wobec absolutyzmu monarszego oraz obwinianie monarchy o klęski na froncie.
W Anglii bezpośrednią przyczyną reformacji był spór między Henrykiem VIII a papieżem. Ten ostatni nie chciał dać królowi rozwodu. Poglądy charakteryzujące anglikanizm zostały zawarte w Akcie Supremacji w roku 1534.
Niderlandy w ówczesnym czasie stanowiły jeden z najbogatszych krajów europejskich. W początkach XVI w. obszary te znalazły się pod panowaniem hiszpańskim. Szybko na tych terenach zaszczepiły się nowinki religijne. Większość bowiem społeczeństwa Niderlandów widziało w katolicyzmie religie znienawidzonych Hiszpanów. Przy katolicyzmie pozostała przede wszystkim ludność zamieszkująca obszary dzisiejszej Belgii.
W roku 1523 w Szwecji zerwała unię kalmarską z Danią. Ta ostatnia nie chciała utracić Szwecji, przez co w efekcie starała się narzucić jej swoje panowanie zbrojnie. W ubogiej Szwecji brakowało funduszy na prowadzenie wojny. Pieniądze posiadało duchowieństwo, które silnie związane było z Danią. W celu zdobycia funduszy ówczesny król Szwecji – Gustaw Waza, przeszedł na luteranizm, a następnie sekularyzował dobra zakonne. Wkrótce po tych wydarzeniach nową religie wprowadzono również w Danii oraz Norwegii.