W początkowym okresie reformacji we Francji nastąpiło wzmocnienie władzy królewskiej w kwestiach religijnych, za sprawą konkordatu zawartego z papiestwem w roku 1516. W zamian władcy francuscy zobowiązali się do obrony Kościoła katolickiego.
Wpływy protestantyzmu do Francji dotarły dopiero w drugiej połowie XVI wieku za sprawą długiej oraz wyniszczającej wojny z Hiszpanią, która zakończyła się w roku 1559. Kalwinizm stał się popularny nie tylko w środowisku mieszczan, ale także wśród szlachty i arystokracji francuskiej. Wkrótce po tym nowinkom religijnym uległa również część rodziny królewskiej.
Ogólna liczba protestantów w ówczesnym okresie miała sięgać nawet 10 procent ludności – większość z nich zamieszkiwała północne obszary państwa. Podziały, które wówczas nastąpiły wśród wyższych sfer, sprzyjały powiązaniu kwestii religijnych z konfliktami czysto politycznymi. W walce o władzę wzięły udział dwa wielkie rody – protestanckich Burbonów oraz katolickich Gwizjuszów.
We Francji zwolenników kalwinizmu nazywano hugenotami. Pierwsza tzw. wojna hugenocka wybuchła już w roku 1562. Ponadto w ten konflikt wewnętrzny ingerowały również państwa z zewnątrz – Hiszpania oraz Anglia. Walki, które były przerywane tymczasowymi porozumieniami – nie przyniosły ostatecznie żadnego rozstrzygnięcia.
W roku 1570 wydano królewski edykt pokojowy, który przyznawał hugenotom wolność praktyk religijnych w określonych miejscach. Porozumienie to miało zostać dodatkowo potwierdzone małżeństwem przywódcy hugenotów – Henryka Burbona (król Nawarry) z siostrą króla Francji – Małgorzatą. Katolickim radykałom udało się jednak przekonać króla oraz jego matkę – Katarzynę Medycejską, do wymordowania protestantów, którzy zgromadzili się z okazji ślubu w stolicy.
Masakra hugenotów podczas tzw. nocy Świętego Bartłomieja – z 23 na 24 sierpnia w roku 1572, miała pochłonąć około 30 tysięcy ofiar, nie tylko w samym Paryżu ale również na innych obszarach kraju. W skutek tych wydarzeń Francja podzieliła się na dwie części uwikłane w bezlitosną wojnę.
Konflikt trwał w latach 1574 – 1590, a ostateczne zwycięstwo odniósł Henryk Burbon. Objął on następnie tron francuski jako Henryk IV. W celu załagodzenia sporu między dwoma stronami, zmienił wyznanie na katolickie – większość poddanych została przy katolicyzmie.
Jednocześnie nowy władca wydał tzw. edykt nantejski w roku 1598. Na jego mocy hugenoci mieli zagwarantowaną wolność wyznania – z wyjątkiem Paryża oraz kilku innych miast francuskich. Ponadto zapewnił im również równouprawnienie z katolikami.
Jako zabezpieczenie tych postanowień otrzymali około 200 miejsc bezpieczeństwa, w tym wiele miejsc z hugenockimi załogami, które miały być utrzymywane na koszt państwa. Z drugiej strony hugenoci mieli płacić dziesięciny oraz respektować święta katolickie.