Pierwszym krajem, w którym rozpętały się wojny religijne, były Niemcy – konflikt religijny przybrał postać wojny domowej. Natomiast w tym czasie w sąsiedniej Francji, która wkrótce miała podzielić los Niemiec, katoliccy władcy prowadzili dwuznaczną grę. Z jednej strony wspierali protestantów w na terenach Rzeszy, z drugiej natomiast zwalczali reformacje kalwińską na terenie własnego kraju. Pierwsze z ich działań miało przede wszystkim na celu osłabienie panujących w Niemczech Habsburgów.
Okres konformacji miał zostać zakończony za sprawą wydanego w roku 1562 – edyktu tolerancji królowej – Katarzyny Medycejskiej. Ta ostatnia sprawowała władzę w imieniu małoletniego syna Karola IX. Jednak już w marcu tego samego roku – dokonana w Vassy rzeź hugenotów (francuskich kalwinistów), pogrzebała tę szansę.
Krwawą wojnę domową, która trwała kilkanaście lat, zakończyło dopiero objęcie tronu przez hugenota – Henryka z Nawarry, w roku 1594. Warunkiem tego było przyjęcie przez niego katolicyzmu. Porzucił wówczas wiarę kalwińską, a następnie pod imieniem Henryka IV wstąpił na tron.
Wydany przez niego kolejny edykt tolerancyjny, zwany nantejskim z roku 1598, zakończył okres 30 lat wojen religijnych we Francji. Na jego mocy wprowadzono wolność wyznania oraz równouprawnienie protestantów wobec katolików.
Ci pierwsi mogli od tej chwili budować własne kościoły, szkoły, zamki, szpitale oraz uniwersytety. Hugenoci mieli również swobodę kultu, oprócz obszarów stolicy. Otrzymali poza tym również około 100 twierdz we Francji jako gwarancje bezpieczeństwa.
Pomimo, iż edykt przyznawał hugenotom szerokie swobody wyznaniowe, to nie rozwiązał problemów politycznych związanych ściśle ze sferą wyznaniową. Edykt nantejski został odwołany po niespełna 100 latach przez wnuka Henryka IV – Ludwika XIV, w roku 1685. Wówczas to Kościół reformowany we Francji zdelegalizowano.
W efekcie doszło do masowych emigracji protestantów. Kierowali się oni wówczas do Prus, Szwajcarii, Holandii oraz Anglii. Ludwik w tej sytuacji wydał zakaz opuszczania kraju. Nawet wówczas szacuje się, iż Francje opuściło około 200 tysięcy mieszkańców.