Europa wchodziła w nową epokę – nowożytność, rozdarta pod względem religijnym. Jedną z przyczyn takiej sytuacji była zapoczątkowana przez Marcina Lutra w roku 1517 – reformacja. Luter swoje poglądy przedstawił w 95 tezach, które zawierały jego program naprawy Kościoła katolickiego.
Zapowiedzią wojen religijnych były toczone już w XV w. wojny husyckie – lata 1419 – 1434. Jednak dopiero przyjęcie reformacji przez elity społeczne wielu krajów, zapoczątkowało serie konfliktów militarnych między katolikami a zwolennikami innych wyznań.
Do dziś nie wiadomo na pewno czy wojny nowego typu zostały wywołane przez kwestie sporne dotyczące religii, czy też może miały one jedynie kamuflować rzeczywiste cele ekonomiczne, polityczne bądź społeczne.
W pierwszej kolejności areną dla wojen religijnych stały się Niemcy.W ojczyźnie reformacji, podobnie jak później we Francji, konflikt przybrał formę wojny domowej. Powstanie protestanckie rycerstwa w latach 1522 – 1523 pod wodzą Franza von Sickingena, a następnie tzw. wojna chłopska w latach 1524 – 1525, otworzyły okres krwawych konfrontacji.
Bunt warstw niższych został ostatecznie stłumiony. Jednak część książąt oraz miast niemieckich opowiedziała się po stronie reformacji luterańskiej. Utworzono wówczas związek szmalkaldzki (1531 r.), od nazwy miejscowości Schmalkalden – był on wymierzony we władzę cesarską.
Próby podjęte w celu stłumienia tego równocześnie religijnego, jak i politycznego ruchu arystokracji niemieckiej, która pragnęła przede wszystkim wzmocnienia swojej władzy – zakończyły się niepowodzeniem. Ówczesny cesarz Karol V wywodzący się z dynastii Habsburgów, stanąwszy w obliczu protestanckiej koalicji, wspieranej dodatkowo przez katolickiego króla Francji Henryka II, zmuszony był do ustępstw.
W efekcie cesarz podpisał w roku 1555 pokój religijny w Augsburgu – z protestantami. Traktat ten pomimo, iż uznawał zdobycze reformacji, nie usunął jednak fundamentalnych sprzeczności pomiędzy katolikami a protestantami. Zasada „Cuius regio eius religio” – czyj kraj, tego religia, która dawała władcom prawo narzucania poddanym własnego wyznania, zaskutkowała przede wszystkim pogłębieniem całego konfliktu.
W rezultacie na obszarze Rzeszy na początku XVII w. powstały dwa wrogie ugrupowania – unia protestancka w roku 1608 oraz rok później – liga katolicka. Obydwie strony jednoznacznie dążyły do otwartej konfrontacji. Doprowadziło do ostatecznie do wybuchu wojny trzydziestoletniej w roku 1618.
Największy więc konflikt militarny XVII stulecia, miał podłoże religijne. Przy czym sam aspekt wyznaniowy w żaden sposób nie wykluczał wielu innych.