Klęska powstańców podczas wojny chłopskiej w Niemczech, osłabiła radykalny kierunek protestantyzmu ludowego. Obawy przed radykalizacją niższych warstw społecznych wpłynęły na decyzje części książąt do opowiedzenia się po stronie ówczesnego cesarza – Karola V. Ten ostatni zdecydowanie przeciwstawiał się tendencjom reformacyjnym.
Jednak wśród wyższych sfer nie zabrakło osób, które poparły Marcina Lutra, w celu osiągnięcia własnych celów politycznych. Reforma religijna doprowadziła do schrystianizowania się opozycji przeciw wzmocnieniu władzy cesarskiej oraz wpływom Kościoła katolickiego na obszarze Rzeszy.
W myśl poglądów Lutra, każdy władca świecki stawał się automatycznie najwyższym zwierzchnikiem kościelnym. Pomimo, iż reformator na początku rezerwował te uprawienia tylko i wyłącznie wobec cesarza i króla, to w momencie kiedy cesarz nie zdecydował się przejść na jego stronę, rozciągnął te uprawienia nad lokalnymi zwierzchnikami politycznymi.
W roku 1529 w Spirze na sejmie Rzeszy, który potępił naukę ewangelicką – określenie wprowadzone przez Lutra, w celu podkreślenia powrotu do życia z Ewangelią, mniejszość złożyła wówczas uroczysty protest, stąd ich nazwa – protestanci. Pod przykrywką praw opozycyjnej mniejszości, a w praktyce z przyczyn politycznych, został w roku 1531 zawiązany Związek Szmalkaldzki.
Próby pokojowego pojednania nie przyniosły żadnych namacalnych efektów. Ponadto protestanci nie wyrazili również zgody na udział w soborze powszechnym, zwołanym w roku 1545. Ostatecznie wybuchła długotrwała wojna, w czasie której pomimo początkowych sukcesów, siłom cesarskim nie udało się przywrócić religijnej jedności Rzeszy.
Zawarty w roku 1555 Pokój w Augsburgu, sankcjonował podział cesarstwa według zasady „cuius regio, eius regio” – czyj kraj, tego religia. Oznaczało to w praktyce prawo książąt do wyboru oraz narzucania poddanym wyznania. W tym wypadku chodziło o katolicyzm i luteranizm.
Znaczenie pokoju było wyjątkowe dla dalszej historii Niemiec. Przede wszystkim na blisko sto lat zapobiegło wojnom religijnym na obszarach cesarstwa. Postanowienia zawarte w Augsburgu oznaczały nie tylko klęskę obozu katolickiego, ale również niepowodzenie planów Marcina Lutra.
Kwestie reformy Kościoła stała się w tej sytuacji bowiem w praktyce elementem przetargowym, znajdującym się w posiadaniu walczących o władzę książąt. Usankcjonowanie podziału religijnego, politycznego oraz kulturalnego zahamowało proces tworzenia się jednolitego narodu niemieckiego. Z drugiej jednak strony różnorodność wzbogaciła jego dalszy rozwój kulturowy.