W chwili bezpotomnej śmierci ostatniego Jagiellona na tronie polskim – Zygmunta II Augusta, sytuacja wewnętrzna Rzeczpospolitej przedstawiała się wyjątkowo trudno. Kwestia sukcesji tronu Polski oraz Litwy nie została ostatecznie rozstrzygnięta. Dodatkowo w kraju narastał spór religijny i polityczny między katolikami a protestantami.
W tej sytuacji w okresie bezkrólewia w Polsce uformowały się dwie główne grupy polityczne – senatorowie popierani przez katolicką szlachtę oraz różnowiercy. Pierwsza frakcja w roli interrexa (głowa państwa w okresie bezkrólewia) widziała Jakuba Uchańskiego – arcybiskupa Gnieźnieńskiego. Natomiast różnowiercy wysunęli kandydaturę – kalwinisty Jana Firleja, który piastował wówczas funkcję wojewody krakowskiego oraz marszałka wielkiego koronnego.
Wybór tego ostatniego, który był dostojnikiem świeckim, miał zapobiec według różnowierców rozszerzaniu się wpływów oraz domeny Kościoła katolickiego. Ostatecznie interrexem został prymas, a sam marszałek korony miał zadbać o bezpieczeństwo publiczne, w tym w szczególności w czasie elekcji.
Wielkim sukcesem różnowierców w tym okresie było uchwalenie na sejmie konwokacyjnym aktu konfederacji warszawskiej – 28 styczeń w roku 1573. Posłowie oraz senatorowie poszczególnych wyznań uznali wówczas, iż dla wspólnego dobra Rzeczypospolitej – nie tylko należy wznieść się ponad podziały religijne, ale również należy stworzyć gwarancje prawne pokoju religijnego.
W redagowaniu postanowień konfederacji uczestniczyli przedstawiciele protestantów oraz katolików – w tym również biskupi. Konfederacja ta wprowadzała wieczny pokój między różniącymi się w wierze. Natomiast wolność sumienia oraz wyznania, która została zapisana w konstytucjach sejmowych i w artykułach henrykowskich – była obowiązującym prawem.
Episkopat katolicki nie uznał ważności konfederacji – powołując się na brak obecności monarchy podczas jej uchwalania. Oprotestowanie jej postanowień przez biskupów senatorów miało charakter deklaracji lojalności wobec Rzymu, bowiem Sobór Trydencki potępił wszystkich protestantów.
W tej sytuacji gwarantem aktu tolerancyjnego na razie pozostać musiał stan szlachecki. Konfederacja warszawska stała się przy tym jednym z największych osiągnięć polskiej demokracji szlacheckiej. W Polsce zagwarantowano wówczas prawnie tolerancje religijną. W odróżnieniu np. od ówczesnej Francji czy też Niemiec – gdzie toczyły się wojny religijne.