W XVI w. w Polsce pomimo, iż nie wystąpił jakikolwiek przymus religijny czy też prześladowania innowierców – wpływy reformacji ulegały szybkiemu ograniczeniu. Wynikało to przede wszystkim z dość wąskiego zasięgu społecznego. Poza wpływami reformacji pozostali bowiem nie tylko chłopi, ale również spora część mieszczaństwa.
Natomiast wśród szlachty wraz z sukcesami ruchu egzekucyjnego – słabła polityczna motywacja do pozostawania poza obrębem Kościoła katolickiego. Nie bez znaczenia był również fakt rolniczego charakteru ówczesnej Rzeczypospolitej. Dodatkowo brakowało istotnego dla dziejów reformacji w zachodniej Europie – czynnika miejskiego.
Poza tym reformacja w Polsce nie zdołała praktycznie w żadnym stopniu osłabić materialnych podstaw Kościoła katolickiego – temat sekularyzacji majątków nie został nawet podjęty. Biskupi zachowali swoją pozycje polityczną – pozostali w senacie. Z biegiem czasu do głosu doszła frakcja stanowczych przeciwników reformacji, na czele z biskupem – Stanisławem Hozjuszem.
W kontrreformacyjnych działaniach na obszarze Polski istotną rolę odegrali – jezuici. Zostali sprowadzeni w roku 1564 przez Hozjusza. Natomiast już w roku 1634 posiadali w terenie Rzeczypospolitej aż 42 ośrodki.
Szkoły, które prowadzili w pierwszej połowie XVII w., zyskały w praktyce monopol na prowadzenie katolickiego szkolnictwa średniego. Prowadzili ponadto założoną w roku 1578 Akademię Wileńską. W tej sytuacji świeccy oraz duchowni wychowankowie jezuitów stanowili istotny element w dziele rekatolicyzacji państwa.
Również w tym samym czasie do Rzeczpospolitej dotarły nowe zakony, które zajmowały się oświatą: pijarzy, misjonarze oraz teatyni. Obok świeckich fundatorów, zakony miały wielki udział w rozkwicie architektury i sztuki sakralnej.
W tym również okresie nastąpiła tzw. – polonizacja katolicyzmu. Zjawisko to polegało na unarodowieniu kultu religijnego, dokonywane było często przy wsparciu niektórych członków stanu duchownego. Kwitł kult miejscowych świętych oraz upowszechniały się pieśni religijne w języku polskim. W kazaniach oraz religijnych publikacjach zaczęły znajdować odbicie wszystkie te zjawiska.
Przez całe XVII stulecie Rzeczpospolita toczyła natomiast nieustanne wojny z państwami innowierczymi – luterańską Szwecją, prawosławną Rosją, islamską Turcją. Powoli więc tworzył się schemat Polak – katolik, którego naturalnym przeciwieństwem był innowierca – wróg.
Te stereotypy zostały rozpowszechnione przez jezuitów, a umacniały się zwłaszcza w okresie potopu szwedzkiego. Propaganda katolicka potrafiła wykorzystać sytuacje do własnych celów – w roku 1658 sejm skazał arian na banicje. Stało się tak w klimacie narastającej nietolerancji oraz ksenofobi.