W drugim i trzecim dziesięcioleciu XVI w. silnym impulsem do kształtowania się politycznej suwerenności oraz narodowej tożsamości wśród nowożytnych państw europejskich była reformacja. Za jej ojczyznę uznaję się Niemcy. To właśnie na obszarze tego państwa w roku 1517 – w atmosferze niepokoju społecznych oraz politycznych, krytyczne wobec Kościoła katolickiego wystąpienie Marcina Lutra, spotkało się z poparciem Feudałów, mieszczaństwa, a także części kleru.
Działania ówczesnego cesarza – Karola V, dążące do zlikwidowania ruchu reformacyjnego siłą doprowadziło do wybuchu wojen religijnych – zakończonych pokojem w Augsburgu w roku 1555. Ustalono wówczas tym samym wyznaniowy podział Rzeszy.
Poza granicami cesarstwa luteranizm znalazł zwolenników w państwach skandynawskich. Najpierw Szwecja w roku 1527, a następnie Dania w roku 1536 – uczyniono go religią państwową. Wyznanie to upowszechniło się również w krajach Europy Środkowo – Wschodniej: Czechy, Węgry, Polska oraz Litwa. Natomiast od roku 1536 w Szwajcarii i Francji, a później również w Anglii szerzyła się nauka drugiego reformatora – Jana Kalwina.
Istotną rolę ruch reformacyjny odegrał w tworzeniu wolnego państwa w północnych Niderlandach – kształtowanie się świadomości narodowej Holendrów. Jednolitość wyznaniowa państwa okupiona była czasami wojną religijną oraz prześladowaniami mniejszości wyznaniowej – przykład Anglii.
Popularyzacja reformacji kalwińskiej wśród polskiej szlachty, wpłynęła znacząco na formowanie się tożsamości stanowej oraz narodowej tej grupy społecznej. Inaczej sytuacja wyglądała we Francji, gdzie prądy reformacyjne doprowadziły na długi okres czasu do podziału społeczeństwa, wojen domowych oraz ogólnego osłabienia państwa.
W Niemczech natomiast reformacja przyniosła różnorodne efekty. Z jednej strony wspólna podstawa wiary w postaci Biblii przełożonej przez Lutra na język niemiecki – działanie na rzecz konsolidacji językowej oraz kulturalnej protestanckiej części Rzeszy. Z drugiej jednak strony reformacja wpłynęła na pogłębienie się różnic kultowych i politycznych między poszczególnymi stanami państwowymi Rzeszy.
Tak więc jednym z podstawowych skutków reformacji był podział Europy na kraje katolickie oraz protestanckie. Świadczyło to w praktyce o upadku uniwersalizmu religijnego jednoczącego Europę w epoce średniowiecza. Jednocześnie nastąpił wówczas rozwój poszczególnych kultur narodowych.
Reformacja sukces odniosła w części Niemiec, Północnych Niderlandach, Danii, Szwecji, Norwegii oraz Anglii. Jednak nie oznaczało to jedynie pozywanych skutków – wojny religijne w Niemczech, Holandii oraz Francji. Poza tym kolejnym negatywnym skutkiem reformacji była szerząca się nietolerancja religijna. Występowała zarówno u katolików jak i wśród protestantów.
Ugruntowanie podziału politycznego i religijnego Niemiec przyniósł wczesnej wspomniany pokój w Augsburgu – koniec wojen religijnych w Rzeszy. Wprowadzono wówczas zasadę „Cuius regio eius religio” – Czyj kraj, tego religia. Od tego momentu każdy władca miał formalnie decydować o wyznaniu swoim oraz swoich poddanych.
Ostatnim ze skutków reformacji, który miał olbrzymi wpływ na dalsze dzieje nowożytnej Europy, była – kontrreformacja. Przyczyniał się ona m. in. do odnowy Kościoła katolickiego i powstania sztuki baroku.