W bilansie krucjat dla Europy, w epoce średniowiecza, przeważają skutki i zjawiska negatywne. Powstało wówczas zjawisko ksenofobii, niechęci skierowanej wobec heretyków – w rozumieniu chrześcijan pochodzących z Europy Zachodniej oraz wobec Żydów. Ponadto, w toku wypraw krzyżowych, doszło do osłabienia Cesarstwa Bizantyjskiego, które ostatecznie upadło. W jego miejsce, po zdobyciu przez krzyżowców Konstantynopolu, powstało Cesarstwo Łacińskie. Poza tym jednym ze skutków krucjat było również wzmożenie walk z Arabami w Hiszpanii.
Na wyprawach krzyżowych najwięcej skorzystały zdecydowanie dwie ówczesne siły – papiestwo oraz miasta włoskie. Wzrosło ich znaczenie oraz obydwie strony uzyskały fortuny na przewożeniu krzyżowców i handlu z Bliskim Wschodem. Wzmożony rozwój gospodarki towarowo – pieniężnej, doprowadził do wzbogacenia się przede wszystkim miast włoskich.
Dzięki krucjatom, aż do roku 1204, wzrastała pozycja papiestwa, które w tym okresie zdołało podporządkować władze świeckie swoim interesom. Ponadto udało im się wykorzystać do własnych celów feudałów i rycerstwo. Kościół był ówcześnie jedyną instytucją, która była w stanie pokryć koszty wypraw krzyżowych. W zamian przyjmował od feudałów i rycerstwa majątki ziemskie. Taka sytuacja doprowadziła do znacznego powiększenia się majątków będących w posiadaniu Kościoła.
Wymienione wcześniej miasta włoskie – podobnie jak Kościół, skorzystały w pełni z wypraw krzyżowych. Ze względu na położenie i sytuacje Królestwa Jerozolimskiego - było skazane na ciągłe dostawy licznych dóbr z Europy. Dzięki zaopatrywaniu krzyżowców miasta włoskie dorobiły się olbrzymich fortun. Wenecja, Genua i Piza wzbogaciły się również dzięki rozkwitowi handlu lewantyńskiego – prowadzony szlakiem łączącym Europę z Lewantem.
Wojna z niewiernymi, o którą apelował Urban II, nie przyniosła zdecydowanie odrodzenia moralnego jej uczestnikom. Już od pierwszej krucjaty mordy i grabieże stały się elementami charakterystycznymi dla każdego z krzyżowców. Poza tym w toku wszystkich wypraw krzyżowych zginął ogrom ludzi, nie tylko podczas ciągłych bitew ale również z głodu lub zarazy.
Nasiliły się również ówcześnie w Zachodniej Europie nastroje antysemickie. W XIII w. wydzielano Żydom osobne dzielnice w miastach – getta oraz kazano im nosić stroje, oznaki wyróżniające ich od reszty miejscowej ludności. Ponadto każda z krucjat była naznaczona pogromami Żydów.