W skutek rozbicia Rzeszy na mniejsze obszary, które posiadały znaczną suwerenność sprawiło, iż nie reprezentowała ona realnej siły politycznej. W epoce nowożytnej jej znaczenie opierało się przede wszystkim na sile dynastii austriackich Habsburgów. Do nich nieprzerwanie od roku 1438 należała elekcyjna korona niemiecka.
Pomimo, iż Habsburgowie nie rozciągnęli swoich wpływów na obszarami całej Rzeszy, to ich dynastyczna polityka – w szczególności na przełomie XV i XVI w., sprawiła, iż ich wpływy sięgały daleko poza grancie cesarstwa. Autorem tej polityki był Maksymilian I (1486 – 1519) – cesarz od roku 1493.
W efekcie zawartego przez niego korzystnego małżeństwa, objął w pierwszej kolejności władzę w Niderlandach. Ponadto dzięki skutecznie zaaranżowanych przez Maksymiliana małżeństwach, członkowie jego dynastii uzyskali tron hiszpański – wraz z posiadłościami we Włoszech oraz terytoriami zamorskimi w Ameryce w roku 1516. Dodatkowo dochodziły do tego układy z Jagiellonami – objęcie władzy w Czechach i na Węgrzech.
W wyniku tych posunięć, cesarz w latach 1519 – 1556 Karol V oraz jego brat Ferdynand panowali nad jednym z najbardziej rozległych imperiów w historii europy. Władza Karola stanowiła luźny konglomerat obszarów zróżnicowanych pod względem ustrojowym, gospodarczym oraz kulturowym – połączonych osobą władcy. Cesarz starał się w tej sytuacji wypełnić misje zwierzchnika uniwersalistycznego cesarstwa, którego fundamentem była wiara katolicka.
Następcy Karola V – syn Filip II (1556 – 1598) oraz bratanek Ferdynand II (cesarz w latach 1556 – 1564), podzieli między siebie władzę w imperium. Pierwszy z nich objął ton hiszpański wraz z europejskimi oraz amerykańskimi posiadłościami. Natomiast drugi pozostał przy władzy w Austrii i Czechach. W skutek tych zmian, Ferdynand II mógł koronować się na cesarza rzymsko – niemieckiego.
Dynastia Habsburgów rozdzieliła się tym samym na dwie linie – hiszpańską oraz austriacką. Obie współdziałając, kontynuowały do połowy XVII w. walkę o prymat w Europie.
Polityka zagraniczna Habsburgów – Układy dynastyczne z Jagiellonami
Rządy Jagiellonów w Czechach i na Węgrzech spotkały się z rozmaitymi próbami zdobycia tronów obu państw przez austriackich Habsburgów. Dodatkowo na Węgrzech sprawę komplikowało zagrożenie ze strony Turków osmańskich.
W celu uniknięcia konfliktu zbrojnego z Austrią oraz aby przeciwdziałać niebezpiecznemu dla Polski oraz Litwy sojuszowi Maksymiliana I ze stroną moskiewską, król Zygmunt Stary zawarł z cesarzem porozumienie.
Dotyczyło ono kwestii sukcesji w Czechach i na Węgrzech. W roku 1515 podpisano układ w Wiedniu, który przewidywał podwójny mariaż jagiellońsko – habsburski. Dzieci Władysław Jagiellończyka – Ludwik oraz Anna, weszły w związki małżeńskie z wnukami Maksymiliana I.
Układ ten gwarantował dziedziczenie korony czeskiej oraz węgierskiej obu stronom – Jagiellonom na wypadek wygaśnięcia austriackiej gałęzi Habsburgów, a tym drugim w sytuacji wygaśnięcia węgiersko – czeskiej linii Jagiellonów. Niedługo po tych wydarzeniach stało się jasne, iż dzięki układowi panowanie w Europie Środkowej wygrali Habsburgowie.
Już bowiem w toku bitwy pod Mohaczem, zginął w roku 1526 bezpotomnie Ludwik Jagiellończyk. Na mocy więc układu wiedeńskiego, władza w Czechach i na Węgrzech przypadła Ferdynandowi I Habsburgowi.