Tom I
Maćko i Zbyszko z Bogdańca zabawiają gości tynieckiej gospody historiami o szlachetnych rycerzach i Krzyżakach. W pewnym momencie dociera do nich wiadomość o przybyciu księżnej Anny Danuty. Pośród jej dworek była Danusia, która swoją grą na lutni oraz delikatną urodą zachwyciła młodziutkiego Zbyszka. Chłopak uratował lutnistkę przed upadkiem ze stołu i uczynił ją damą swojego serca. Na znak swojej miłości obiecał dostarczyć ukochanej pawie czuby z krzyżackiej zbroi.
Akcja przenosi się do tynieckiego opactwa, gdzie brat Hidulf opowiada o zazdrości i gniewie pewnego hrabiego, zwanego Walgierzem Wdałym, który zabił najdroższą Helgundę oraz jej kochanka i tym samym zyskał dobra tynieckie.
Po mszy i śniadaniu ruszono do Krakowa. Tu Zbyszko, mając na uwadze obietnicę złożoną Danusi i pragnąc wojny z Niemcami, próbował ugodzić Lichtensteina, posła Zakonu. Towarzyszący posłowi Powała z Tczewa nie dopuścił jednak, by ważna osobistość Krzyżaków odniosła ranę. Mimo to król, dowiedziawszy się o czynie chłopaka, postanowił skazać go na śmierć. Nie pomogło wstawiennictwo bliskich Zbyszkowi osób ani prośby Danusi. W okresie, kiedy Zbyszko oczekiwał na wykonanie wyroku, umarła królowa oraz jej nowonarodzone dziecko. Dodatkowo skomplikowało to i tak trudną sytuację młodzieńca, pozbawiając go złudzeń i nadziei. Zbyszko jednak przyjął zbliżającą się śmierć honorowo. Nie chciał, aby stryj ratował jego życie kosztem własnego.
Sprawy przyjęły jednak nieoczekiwany obrót, kiedy Danusia, tuż przed wykonaniem wyroku, nakryła głowę Zbyszka chustką, tym samym uwalniając go spod władzy kata. W tradycji bowiem taki gest oznaczał rychłe zaręczyny młodych, co środowisko rycerskie przyjęło z niezwykłą życzliwością. Zgody na zamążpójście nie wyraził jednak ojciec Danusi, który zabrał ją ze sobą do Ciechnowa. Zbyszko z Maćkiem wyruszyli natomiast w swoje strony, korzystając z pomocy i uczynności Jagienki. Chłopak znalazł z Jagienką wspólny język.
Kiedy młodzieniec w celu zdobycia niedźwiedziego sadła dla swojego stryja (który od jakiegoś czasu miał wbity w ciało ostry grot) wybiera się na polowanie, nieoczekiwanie zjawia się Jagienka. Młodzi kontynuują wspólne polowanie wypatrując bobrów.
Tom II
Drugi tom „Krzyżaków” rozpoczyna się swoistą intrygą swatów. Otóż Maćko i Zych zaplanowali przyszłość swoim podopiecznym – Zbyszkowi i Jagience. Byłoby to korzystne także dla rodowych włości. W plan zaangażowany zostaje również opat, który proponuje Zbyszkowi unieważnienie obietnicy danej pięknej lutnistce, na co Zbyszko oczywiście zgodzić się nie chce.
Pewnego dnia młodzieniec udaje się razem z Jagienką do kościoła, wzbudzając zazdrość dwóch zalotników dziewczyny: Cztana i Wilka. Reakcja Zbyszka, który chce się z nimi rozprawić, powołując się na wdzięki Danusi nie zaś Jagienki, bardzo ich zaskakuje.
Maćko tymczasem honorowo pragnie odwdzięczyć się opatowi za doglądanie majątku. Ten, widząc hojność Maćka, nie bierze za przysługę ani grosza. Zbyszko natomiast wyrusza do ukochanej Danusi, a Jagienka posyła w ślad za nim Hlawę, chcąc ułatwić mu trudy podróżowania. Wkrótce dołączył do nich Sanderus, tajemniczy handlarz relikwiami, który bez skrupułów wykorzystywał naiwność chrześcijan.
W opowieści pojawia się Jędrek z Kropiwnicy oraz pan de Lorche, z którym Zbyszko zamierza rywalizować w obronie czci swojej damy (de Lorche twierdzi, że równych sobie nie ma tylko panna Ulryka de Elsner). Bratanek Maćka poznaje także historię Juranda ze Spychowa.
Pewnego dnia podczas polowania panowie, chcąc ratować księżną przed turem, doznają poważnych ran i muszą dochodzić do siebie pod troskliwym okiem dworskich panien, w tym Danusi.
W międzyczasie Jurand na własną rękę rozprawia się z członkami Zakonu. Konsekwencją tych zajść będzie uprowadzenie Danusi, w czym istotny udział ma Zygfryd de Löwe. Zbyszko w tym czasie zostaje pasowany na rycerza, co stanowi dowód uznania dla jego odwagi w czasie polowania. Para książęca godzi się także na ślub rycerza z ukochaną. Ten odbywa się potajemnie.
Wezwana fałszywym listem Danusia wyjeżdża. Gdy Zbyszko udaje się do Juranda, przekonany, że Danusia przebywa w Ciechanowie, ten domyśla się podstępu Krzyżaków. Rozumie intencje Zbyszka, akceptuje jego związek z córką i sam udaje się do krzyżackiego zamku w nadziei, że odbierze stamtąd swoje dziecko.
Tom III
W siedzibie zakonu Jurand, upokorzony i doprowadzony do granic wytrzymałości, dopuszcza się samosądu na Krzyżakach. Zabija między innymi Danwelda. Po ujarzmieniu rycerza Krzyżacy wtrącają go do lochu, planując oszukanie wielkiego mistrza zakonu i takie przedstawienie sytuacji, które dowodziłoby ich niewinności. Księżna Anna Danuta domyśla się jednak podstępu. W sprawę angażuje się Zbyszko, ostatecznie zabija Rotgiera i postanawia pospieszyć z pomocą Danusi i jej ojcu. Tymczasem Zygfryd, kiedy dowiaduje się o śmierci Rotgiera, okrutnie okalecza Juranda – pozbawia go wzroku.
Zbyszko zaś wysyła Hlawę do Zgorzelic i do Bogdańca. Dzięki jego wyprawie o wydarzeniach dowiadują się Maćko i Jagienka. Dziewczyna straciła swojego opiekuna i została na świecie sama. Nie myśli jednak o zamążpójściu, w skrytości serca ciągle czekając na Zbyszka, stąd wieść o jego ślubie niezwykle ją zasmuciła.
Maćko wyrusza na pomoc bratankowi. Prosi Wilka o opiekę nad włościami, przedstawiając też nowe okoliczności życia Jagienki i Zbyszka. Dziewczyna jednak nie zamierza pozostać w Zgorzelicach i przebrana za rycerza przyłącza się do Maćka. Hlawa okazuje względy towarzyszącej jej Anuli Sieciechównie. Po drodze towarzystwo dowiaduje się o śmierci opata oraz o tym, że wiele dóbr przepisał on Jagience.
Podróż trwa. Pojawiają się coraz to nowe wieści. Napotkany i ledwo rozpoznany Jurand budzi w rycerzach i Jagience litość i trwogę. Ze Spychowa Maćko wyrusza dalej sam. Jurand natomiast rezygnuje z zemsty i zmienia swój dotychczasowy sposób działania. Intuicyjnie szuka też towarzystwa Jagienki.
Maćko zdobywa ważne informacje – dowiaduje się, gdzie może przebywać Danusia. Jagienka wysyła do niego Hlawę, a sama zostaje w Spychowie. Tymczasem podczas dalszych zmagań z trudami wędrówki dochodzi do bitwy z Krzyżakami. Zbyszko spotyka pana de Lorche'a. Obaj nie bardzo rozumieją, dlaczego stoją po przeciwnych stronach. Okazuje się, że de Lorche przekonany był, że jako rycerz Zakonu walczy z poganami. Później Maćko zwycięża w pojedynku z Zygfrydem i może skupić się na niesieniu pomocy bratankowi. Moment uwolnienia Danusi jest blisko. Tyle tylko, że biedna dziewczyna nie rozumie, co dzieje się dookoła niej.
Hlawa planuje wrócić do Spychowa i zabrać Jagienkę do Płocka. Decyzję o życiu lub śmierci Zygfryda chce pozostawić Jurandowi.
Tom IV
Danusia po przebudzeniu rozpoznaje swojego rycerza. Przed nimi jednak droga do Spychowa. Halwa z Zygfrydem docierają tam pierwsi. Jurand postanowił uwolnić wroga, zyskuje tym wielki szacunek. Zygfryd sam jednak nie wytrzymuje ogromu zła, jakiego się dopuścił i popełnia samobójstwo. Jagienka nakazuje go pochować.
Tymczasem Danusia umiera tuż przed dotarciem do grodu.
W Płocku nieszczęście Zbyszka staje się przedmiotem rozmów bardzo wielu osób. Młodzieniec ma stać u boku króla podczas jego spotkania z wielkim mistrzem zakonu lrzyżackiego. Stosunki z Krzyżakami powoli się poprawiają dzięki wielkiemu mistrzowi, który rozumie że nie ma w obecnej sytuacji szans na zwycięstwo nad Polakami. Polacy zwiedzają zamek w Malborku oprowadzani przez samego Konrada von Jungingena.
Zbyszko i Maćko spotykają się w Spychowie z Jagienką. Jurand wkrótce umiera, a młody rycerz wyrusza na wojnę. W rodzinne strony wraca ze starym Maćkiem Jagienka. Na miejscu okazuje się, że jeden z jej adoratorów nie żyje, drugi natomiast ożenił się i nie zaznał szczęścia w miłości.
Zbyszko wraca z wojennych potyczek poturbowany. Na grobie Danusi składa obiecane pióropusze. Smutnym i nieszczęśliwym młodzieńcem zajmuje się Jagienka, a dzięki swojej dobroci zdobywa w końcu serce młodzieńca. Powieść zmierza powoli ku szczęśliwemu finałowi. Młodzi pobierają się, Jagienka rodzi bliźnięta. Para nie musi martwić się o swój byt. Szykuje się jednak kolejna wojna. Zmienił się wielki mistrz, a wraz z nim polityka Zakonu.
Dalej mamy szczegółowy opis działań przedwojennych oraz scen batalistycznych spod Grunwaldu. Ulryk von Jungingen ginie powalony przez Litwinów. Maćko pokonuje Lichtensteina. Pozytywni bohaterowie żyją długo i szczęśliwie.