(…) Mości Panowie! na cześć onych przyszłych pokoleń! (…) Niech, gdy ciężkie czasy nadejdą, wspomną na nas i nie desperują nigdy, bacząc na to, że nie masz takowych terminów, z których by się viribus untis przy boskich auxiliach podnieść nie można (…)
– przytoczony fragment finałowego toastu Zagłoby oddaje celnie główną ideę „Potopu”. Całość Trylogii powstawała z myślą o „pokrzepieniu serc” zwykłych czytelników, odbiorców z przełomu XIX i XX wieku, czyli z czasów, gdy Polska pozostawała nadal pod zaborami (sam Sienkiewicz nie dożył czasów, gdy ojczyzna odzyskała niepodległość). Zamysłem pisarza było stworzenie opowieści o historycznych polskich bohaterach, obrońcach ojczyzny, wielkich zwycięstwach i wielkich zrywach narodowych. Każda z trzech części Trylogii rozgrywa się w wyjątkowo trudnych czasach. W każdej z opowieści początkowo też naród doświadczany jest dotkliwą klęską (najazd wroga, zdrada itp.). Z biegiem czasu w kraju powstaje jednak grupa ludzi zgromadzona zwykle wokół wojennego bohatera (żołnierza, władcy, przywódcy), decydująca się całkowicie poświęcić obronie ojczyzny. Pierwsze klęski i niepowodzenia zamieniają się w pasmo zwycięstw. Grono obrońców powiększa się, a w finale wróg otrzymuje dotkliwą klęskę.
Nie inaczej jest w „Potopie”. Losy pojedynczych bohaterów rozgrywają się na tle najazdu wojsk szwedzkich (1655-1660) na Rzeczpospolitą. Przełomowe momenty wojny polsko-szwedzkiej, opisane przez autora, to m.in.: zdrada pod Ujściem, obrona Częstochowy, zawiązanie się konfederacji tyszowieckiej i śluby lwowskie oraz obrona i przejęcia Warszawy. Warto zauważyć, że Sienkiewicz kładzie szczególny nacisk na podkreślenie polskich zwycięstw. Ukazywanie siły wspólnoty, mobilizacji społeczeństwa i jego solidarności – to ważny element ideowy dzieła. Sienkiewicz nie unika też przypominania bolesnych kwestii takich jak np. zdrada niektórych magnatów (Radziwiłłowie), krytykuje również zachowanie części szlachty, przedkładającej prywatę nad sprawy państwa. To butna szlachta zebrana pod Ujściem podpisuje haniebny układ, dzięki któremu wróg przedostaje się do Polski. Ta sama szlachta zyskuje jednak możliwość rehabilitacji i zmazania własnych win poprzez wierną walkę u boku polskiego króla Jana Kazimierza.
Rehabilitacja to jeden z ważniejszych motywów powieści. Wielką przemianę wewnętrzną przechodzi główny bohater „Potopu” – butny chorąży orszański, Andrzej Kmicic. Kmicic uosabia większość (pozytywnych i negatywnych) typowych cech szlachty, takich jak: odwaga, kawalerska „fantazja”, zapał do rzemiosła wojennego, spryt, zamiłowanie do hulaszczego trybu życia, buta, mściwość, okrucieństwo. W pierwszym tomie powieści bohater jawi się jako niebezpieczny hulaka i przywódca bandy opryszków. Później Kmicic jest postrzegany jako zdrajca i bliski współpracownik Radziwiłłów. Na oczyszczenie dobrego imienia bohater musi ciężko zapracować. Ostateczna przemiana dokonuje się jednak w symbolicznym momencie, gdy żołnierz – gotowy, by powrócić do domu i ukochanej Oleńki – zmusza się do kontynuowania swojej wojennej wędrówki, pomimo sprzeciwu serca.
Trudno wymienić wszystkie wątki tak obszernego dzieła jak „Potop”. Najważniejsze z nich wiążą motywy historyczne z pojedynczymi losami bohaterów: ich osobistymi tragediami, nadziejami, przemianami dokonującą się w ich świadomości. Z pewnością można powiedzieć, że Sienkiewiczowi udało się osiągnąć cel. Zarówno „Potop”, jak i pozostałe części trylogii zapisały się w świadomości Polaków jako pamiątki historycznych czasów, szlachetnych bohaterów i walki o podstawowe wartości, takie jak wolność, honor i ojczyzna.