„Kwiatki świętego Franciszka” można podzielić na kilka części.
Pierwsza z nich składa się z 53 rozdziałów (każdy z nich jest niedługim opowiadaniem). Przytaczają one losy całej wspólnoty franciszkańskiej ze szczególny uwzględnieniem wydarzeń dotyczących jej założyciela.
Druga część nosi tytuł „O przenajświętszych stygmatach świętego Franciszka i ich rozpamiętywaniu”. Również została ona podzielona na mniejsze rozdziały, jednak nie są one numerowane (w sumie jest ich 13).
Kolejny fragment opowiada o żywocie brata Jałowca (liczy on 14 rozdziałów).
W następnym przedstawiony jest żywot brata Idziego, towarzysza św. Franciszka (10 rozdziałów). Jego uzupełnienie stanowi część zatytułowana: „Zaczynają się rozdziały niektórych nauk i godnych uwagi zdań brata Idziego” (18 rozdziałów).
Ostatnim – siódmym – fragmentem zbioru opowiadań jest „Uzupełnienie”, w którym znajduje się 7 krótkich historyjek.