W „Nad Niemnem” Elizy Orzeszkowej silnie uwidaczniają się konflikty pokoleniowe, tak bardzo charakterystyczne dla polskiego pozytywizmu. Już w jednym ze sztandarowych tekstów programowych nowej epoki Aleksander Świętochowski wyraźnie zarysował opozycję między „nami” i „wami”, czyli wyznawcami najświeższych prądów myślowych oraz romantykami.
W powieści polskiej literatki stare pokolenie reprezentuje nastroje i przekonania charakterystyczne dla czasów minionych, a więc romantycznych. Z kolei wśród reprezentantów nowej generacji wielką rolę odgrywają hasła pozytywistyczne (Witold Korczyński) oraz tendencje typowe dla przedstawicieli ówczesnej arystokracji (Zygmunt Korczyński).
Największa różnica w systemie wartości ujawnia się w relacjach Andrzejowej Korczyńskiej i jej jedynego syna Zygmunta. Młodzieniec otrzymał dzięki matce doskonałe warunki do rozwoju. Przez całe życie chroniony był przed wszelkimi nieszczęściami, później udał się na zagraniczne studia. Od początku nie cenił sobie realiów życia w Korczynie, lecz prawdziwa – przerażająca dla Andrzejowej – przemiana zaszła w nim po powrocie na ziemie ojczyste. Zygmunt stał się on kosmopolitą, który otwarcie pogardzał wszystkim, co polskie oraz zupełnie nie szanował swojego ojca poległego w powstaniu styczniowym. Nazywał go wprost „szkodliwym szaleńcem”, a wszelkie ślady przeszłości uważał za groźne dla swoich przyszłych planów. Marzyły mu się wielka sława oraz życie w którymś z największych europejskich miast.
Synowska postawa napełniała bólem serce matki, mającej nadzieję na to, iż dzięki poniesionym poświęceniom uda się jej wychować rozsądnego i szanującego tradycję człowieka, mogącego w przyszłości decydować o losach Korczyna. Andrzejowa starała się pielęgnować pamięć o mężu oraz wyznawała jego ideały: demokratyzm oraz patriotyzm. Dlatego też trudno było jej pogodzić się z postawą Zygmunta, dla którego to, w co wierzyła ona, nie miało żadnego sensu.
Konflikt pokoleń w powieści Elizy Orzeszkowej ujawnia się także w relacjach Benedykta Korczyńskiego z jego synem, Witoldem. Starszy z mężczyzn należał do pokolenia romantyków. Po ukończeniu edukacji został wybrany przez ojca na zarządcę majątku. Późnej, gdy wybuchło powstanie styczniowe, stracił dwóch braci – Andrzej zginął w walkach, a Dominik przeszedł na stronę Rosjan. Osamotnienie (siostra wyszła bogato za mąż i opuściła Korczyn) bardzo mu doskwierało powodując, iż coraz mocniej izolował się z życia społecznego. Benedykt stał się człowiekiem zgorzkniałym, a niemal cały swój czas poświęcał pracy.
Witolda w postawie ojca uderzał jego negatywny stosunek do chłopów oraz Bohatyrowiczów. Benedykt nie stronił od konfliktów i często szukał okazji, by zaognić trwający spór (np. kwestia przejętych przez niego koni). Młody patriota, zwolennik haseł pozytywistycznych oraz absolwent agronomiki, wielokrotnie próbował zmienić postępowanie swojego ojca.
Wciąż powtarzał mu o misji, jaką mają do spełnienia wobec ludu i podkreślał konieczność pracy u podstaw, by poprawić warunki życia tych, których dotyka bieda. Kilkukrotnie starał się uświadomić Benedyktowi, że ich sytuacja nie wynika tylko z ich winy, ale po części także z obojętności lepiej sytuowanych i niechęci do niesienia pomocy. Często zaostrzający się spór kończy się ostatecznie pojednaniem się mężczyzn. Na przykładzie Benedykta i Witolda udało się Orzeszkowej pokazać, iż łączenie entuzjastycznej postawy wobec nowych prądów myślowych z tradycją poprzednich pokoleń jest możliwe.
Właśnie ta droga jawi się jako najskuteczniejsza w dążeniu do polepszenia warunków życia najbiedniejszych oraz sytuacji całego społeczeństwa.
W dziele Elizy Orzeszkowej toczy się także spór między mieszkańcami dworu w Korczynie a Bohatyrowiczami żyjącymi w zaścianku. Chociaż oba rody żyły niegdyś w przyjaźni, teraz stan rzeczy jest diametralnie inny, a jego główną przyczyną stała się ekonomia, m.in. kwestie „podkradania” ziemi i drzew przez chłopów, negatywny stosunek Benedykta do ludzi biedniejszych, niechęć do niesienia im pomocy. Okoliczności te działały destrukcyjnie na okoliczną ludność i niewątpliwie przeszkadzały w działaniach mających pomóc polskiemu społeczeństwu. Ostatecznie konflikt zostaje jednak zażegnany przez przedstawicieli młodszego pokolenia (związek Orzelskiej z Jankiem Bohatyrowiczem, działania Witolda i jego pogodzenie się z ojcem), a oba rody wracają do dawnej harmonii, której symbolem jest wspólna mogiła powstańców – Andrzeja Korczyńskiego oraz Jerzego Bohatyrowicza.