Powieść „Nad Niemnem” powstała w 1886 roku podczas pobytu pisarki na wsi, w Michniewiczach. Jak informował prospekt „Tygodnika Powszechnego” na rok 1885, początkowo powieść miała nosić tytuł „Mezalians”. Głównym wątkiem miało być bowiem małżeństwo Justyny Orzelskiej i Jana Bohatyrowicza, wywodzących się z dwu różnych warstw społecznych. Ostatecznie Orzeszkowa zdecydowała się uczynić motywem przewodnim powieści sprawy ważne dla wielu pokoleń. Wątek powstania styczniowego przywoływany we wspomnieniach bohaterów splata się więc w „Nad Niemnem” z konfliktem społeczno-ekonomicznym narosłym pomiędzy szlachtą z dworu – Korczyńskimi a zaściankiem – Bohatyrowiczami.
Tło utworu stanowi miłość Justyny i Jana, a ich zaręczyny stają symbolem powrotu do idei solidaryzmu i zgody społecznej ponad podziałami klasowymi i w imię wyższych wartości, które w okresie powstania styczniowego tak bliskie były bohaterom i ich przodkom walczącym w powstaniu.
„Nad Niemnem” jest powieścią o szerokim zasięgu społeczno-demokratycznym, co było charakterystyczne dla Orzeszkowej w drugim okresie jej twórczości, przypadającym na lata 1877-1891.
Ważną rolę w powieści ma także etos pracy, która była jednym z głównych haseł propagowanych przez pozytywistów.
Genezy „Nad Niemnem” należy upatrywać w osobistych doświadczenia Orzeszkowej, związanych z powstaniem styczniowym. Brała ona bowiem udział w służbach pomocniczych powstania (w jej majątku ukrywał się R. Traugutt), a jego upadek boleśnie przeżyła. Pisząc „Nad Niemnem” w 25 lat po upadku powstania styczniowego, potraktowała powieść jako hołd złożony jego bohaterom. Przez wzgląd na cenzurę powstanie przywoływane jest jedynie jako odległe wspomnienie, z licznymi przemilczeniami i niedomówieniami. W powieści nie pada żadna data. Mimo tego, czytelnicy z łatwością pojmowali motyw przewodni powieści, a „Nad Niemnem” zostało przyjęte z entuzjazmem.
Niebagatelną rolę w pisaniu „Nad Niemnem” odegrały także amatorskie studia etnograficzne Orzeszkowej, które „odbyła” w nadniemeńskiej wsi, rozmawiając z mieszkańcami, poznając zwyczaje, baśnie i pieśni kresowe, ale także studiując miejscową botanikę oraz wędrując po okolicy. W czasie jednej z takich wędrówek autorka odkryła grób Jana i Cecylii i postanowiła umieścić go w swej powieści jako symbol solidarności. Niektóre postacie w powieści miały swoje pierwowzory wśród mieszkańców nadniemeńskiej wsi.
„Nad Niemnem” to szczytowe osiągnięcie pisarskie Elizy Orzeszkowej, a jej powieść porównywana jest często do epopei narodowej Adama Mickiewicza.
Powieść została opublikowana w 1888 roku.