Wraz z zakończeniem wielkiej wojny, zwycięskiej dla strony polskiej, nastąpiło definitywne załamanie się siły uderzeniowej oraz utrata inicjatywy strategicznej Krzyżaków. Nastąpiło pogorszenie się sytuacji wewnętrznej w państwie zakonnym. Upadek gospodarki pruskiej, spowodowany zwiększeniem podatków oraz uciążliwą polityką celną. Pogarszająca się sytuacja gospodarcza wywołała w efekcie wzrostu niechęci mieszczaństwa oraz szachy pruskiej wobec Zakonu.
Pomimo że Krzyżacy osłabieni militarnie i gospodarczo starali się unikać konfliktów z Polską, to rozwój sytuacji wewnętrznej w państwie zakonnym czynił to w praktyce niemożliwym. Na jego obszarze bowiem uaktywnili się przedstawiciele miejscowego społeczeństwa domagający się praw zbliżonych do tych przyznanych w Polsce.
W roku 1440 powstaje w Kwidzyniu organizacja rycerstwa oraz mieszczaństwa pruskiego – Związek Pruski. Nawiązywał on tradycjami do działalności Związku Jaszczurczego z roku 1397. Ten ostatni był stowarzyszeniem rycerstwa ziemi chełmińskiej, którego podstawowym celem była obrona przed uciskiem ze strony krzyżackiej.
Związek Pruski, jako swoje główne cele stawiał uzyskanie wpływów na rządy w państwie zakonnym oraz przywilejów stanowych, zbliżonych do tych posiadanych w Polsce przez szlachtę. Poza tym Związek sprzeciwiał się utrzymywanemu do tej pory monopolowi krzyżackiemu w kwestiach politycznych i gospodarczych. Do miast, które były założycielami (członkami), zaliczały się w m in. Toruń, Chełmno, Elbląg, Gdańsk, Królewiec oraz Grudziądz.
Powołanie związku pruskiego wywołało sprzeciw ze strony Zakonu. W roku 1453 Krzyżakom udało się uzyskać od cesarza Fryderyka III wyrok, na mocy którego rozwiązano związek, nałożono kontrybucje, a dla jego członków przewidziano surowe represje. Oczekiwane przez Zakon rezultaty nie przyniosły jednak żadnego z powyższych postanowień. Doprowadziły jedynie do wybuchu powstania antykrzyżackiego 4 lutego w roku 1454.
Nie mogąc uzyskać w praktyce niczego od Zakonu, przedstawiciele związku pruskiego zwrócili się o pomoc do strony polskiej. W zamian za oddanie Prus oraz Pomorza Polsce, Kazimierz Jagiellończyk zobowiązał się do pomocy zbrojnej.
6 marca w roku 1454 władca polski wydał akt inkorporacji Prus do Polski. Wydarzenie to stało się – kolejną po wybuchu powstania antykrzyżackiego w Prusach, przyczyną bezpośrednią wybuchu wojny trzynastoletniej z Zakonem trwającej w latach 1454 – 1466.