W roku 1226 Zakon Krzyżacki został sprowadzony do Polski przez księcia Konrada Mazowieckiego. Następnie podbili oni plemiona pruskie i przeprowadzili ich chrystianizacje. Na terenie Prus utworzyli nowoczesne, sprawnie działające państwo. Właściwym założycielem Zakonu oraz państwa krzyżackiego w Prusach, był wielki mistrz Herman von Salza.
W kolejnym okresie, na obszarze swojego państwa krzyżacy zbudowali sieć zamków, sprowadzali wielu osadników z Niemiec. Przeprowadzali kolonizacje zdobytych ziem, zakładając przy tym wiele nowych miast oraz osad wiejskich. Podstawą ich sukcesu był przede wszystkim stały dopływ ludzi i środków materialnych pochodzących głównie z Niemiec.
W roku 1308 – po okresie poprawnego funkcjonowania z sąsiadująca Polską, rozpoczął się długotrwały konflikt polsko – krzyżacki. Spór początkowo dotyczył sfałszowanego przez Krzyżaków dokumentu nadania Konrada Mazowieckiego – falsyfikat kruszwicki, dotyczący ziemi chełmińskiej.
Na przełomie roku 1308 i 1309 nastąpił zabór Pomorza Gdańskiego przez Krzyżaków. Ci ostatni byli wówczas wezwani na pomoc przeciwko najazdom Marchii Brandenburskiej.
Zajęcie przez Krzyżaków ziemi dobrzyńskiej oraz początek ich najazdów na ziemie łęczycką, stały się bezpośrednią przyczyną wybuchu wojny ze stroną polską w latach 1329 – 1332. W tym okresie Krzyżacy byli sojusznikami króla czeskiego – Jana Luksemburczyka. Władca czeski zgłaszał wówczas pretensje do tronu i ziem polskich.
Zaplanowane spotkanie sojuszników w Kaliszu nie doszło jednak do skutku. W roku 1331 w bitwie pod Płowcami, udało się Władysławowi Łokietkowi pokonać część tylniej armii zakonu. Pomimo jednak odniesionego sukcesu, nie udało się władcy polskiemu powstrzymać najazdu krzyżackiego na ziemię sieradzko – łęczycką oraz Wielkopolskę.
Do zajęcia i przyłączenia Kujaw do państwa krzyżackiego doszło w roku 1332. W tej sytuacji, ze względu na słabość własnej armii, Władysław Łokietek zdecydował się na zawarcie rozejmu. Natomiast kwestie konfliktowe między Polską a Państwem Zakonu Krzyżackiego miał rozstrzygnąć sąd.
Z następcą Władysława Łokietka, jego synem – Kazimierzem Wielkim, Krzyżacy zawarli pokój w Kaliszu w roku 1343. Konflikt polsko – krzyżacki stał się jedną z głównych przyczyn zbliżenia Polski i Litwy. Porozumienie zawarte w stolicy Wielkopolski utrzymało się do końca XIV wieku. W efekcie zawarcia w roku 1385 unii Polski z Litwą, stosunek sił zmienił się na niekorzyść Zakonu.
Po tzw. Wielkiej Wojnie mającej miejsce w latach 1409 – 1411, której punktem kulminacyjnym była bitwa pod Grunwaldem, państwo krzyżackie objął głęboki kryzys. Utworzono wówczas związek pruski, który zwrócił się o pomoc do Polski. W tej sytuacji ówczesny władca polski ogłosił inkorporacje – wcielenie Prus do Polski.
W kolejnych latach w wyniku wojny trzynastoletniej, trwającej w latach 1454 – 1466, zakończonej pokojem toruńskim, do Polski wróciło Pomorze Gdańskie oraz ziemia chełmińska. Pozostała część ziemi, obszarów należących do Zakonu, objęło lennem wobec Polski państwo krzyżackie ze stolicą w Królewcu.