Po częstych najazdach Prusów na ziemie polskie, Konrad Mazowiecki postanowił podporządkować sobie zbornie tereny należące do nich. Jednak wyprawy organizowane przez księcia mazowieckiego i wspierane przez jego brata Leszka Białego oraz Henryka Brodatego, nie przyniosły żadnych efektów. Za namową tego ostatniego, Konrad zdecydował się na pertraktacje z zakonem krzyżackim, który chciał wykorzystać w walce w Prusami.
W roku 1226 Zakon został sprowadzony na ziemie polskie. Konrad nadał im wówczas ziemie chełmińską, nie rezygnując jednak z władzy zwierzchniej. Z drugiej strony krzyżacy – na mocy układu zawartego z księciem, mieli podbić i schrystianizować Prusy.
Zakon jednak wstrzymywał się z przybyciem, aż do momentu otrzymania od ówczesnego cesarza – Fryderyka II, dokumentu nadania im wszystkich ziem zdobytych w Prusach oraz nadania wielkiemu mistrzowi zakonu praw księcia Rzeszy. Ponadto strona krzyżacka sfałszowała dokument nadania Konrada Mazowieckiego, którego potwierdzenie również nadał im cesarz – opanowanie ziemi chełmińskiej przez Krzyżaków.
W roku 1230 Krzyżacy osiedlili się w ziemi chełmińskiej i przy wsparciu władców polskich rozpoczęli systematyczny podbój plemion pruskich. Ich taktyka podboju polegała na wykorzystaniu szlaków wodnych, wykorzystywanych do transportu oddziałów krzyżackich. Umacnianie bądź budowa grodów, które stały się głównymi ośrodkami obronnymi dla nielicznych oddziałów krzyżackich, atakowanych przez odwetowe wyprawy Prusów.
W pierwszej kolejności siły krzyżackie prowadziły podbój wzdłuż dolnego brzegu Wisły oraz brzegów Zalewu Wiślanego. Na kolejno zdobywanych terenach budowano zamki warowne – Kwidzyń, Elbląg, Frombork, powstały właśnie w ten sposób.
Ostatecznie Prusowie poddali się i przyjęli chrzest w roku 1249. W efekcie krzyżacy mogli bez większych trudności opanować centrum kraju i definitywnie je sobie podporządkować. O sukcesie zakonu zadecydowała przede wszystkim dobra organizacja oraz zdecydowana przewaga militarna. Dodatkowo sprzyjała im również wewnętrzna sytuacja w Prusach – skłócone plemiona pruskie.
W kolejnych latach wszelkie bunty i przejawy opozycji w Prusach były krwawo tłumione przez krzyżaków. Całkowity podbój kraju zakończył się w roku 1283 pełnym sukcesem Zakonu. Na zdobytych terenach utworzono państwo zakonu krzyżackiego, którego stolicą został Malbork.