Pomimo że Krzyżacy osłabieni w skutek wielkiej wojny – militarnie i gospodarczo, starali się unikać konfliktów ze stroną polską, to rozwój sytuacji wewnętrznej w państwie zakonnym czynił to w praktyce niemożliwym. Na jego obszarze bowiem uaktywnili się przedstawiciele miejscowego społeczeństwa domagający się praw zbliżonych do tych przyznanych polskiej szlachcie.
W roku 1440 powstaje w Kwidzyniu organizacja rycerstwa oraz mieszczaństwa pruskiego – Związek Pruski. Nawiązywał on tradycjami do działalności Związku Jaszczurczego z roku 1397.
Związek Pruski jako swoje główne cele stawiał uzyskanie wpływów na rządy w państwie zakonnym oraz przywilejów stanowych, zbliżonych do tych nadanych w Polsce. Poza tym Związek sprzeciwiał się utrzymywanemu do tej pory monopolowi krzyżackiemu w kwestiach politycznych i gospodarczych oraz niedogodnej polityce celnej Zakonu.
W tej sytuacji Krzyżacy chcieli odwołać się do sądu papieskiego i cesarskiego, aby ostatecznie rozbić związek Pruski. Udało im się pozyskać przy tym Dolne Prusy, które przeszły na ich stronę. Pomimo gróźb cesarza oraz legata papieskiego, związek funkcjonował dalej. W efekcie przedstawiciele związku zaczęli szukać pomocy w Polsce.
Wyrok cesarza Fryderyka III został ogłoszony w Wiedniu – 5 grudnia w roku 1453. Cesarz nakazał rozwiązanie związku, nałożenie kontrybucji, a dla jego członków przewidziano surowe represje. Ponad to na podstawie sfałszowanej bulli papieskiej, na związek została nałożona ekskomunika.
Prusy Dolne, które już wcześniej przeszły na stronę krzyżaków, chciały poddać się wyrokowi. Jednocześnie Gdańsk, Toruń i szlachta chełmińska postanowiły poddać się stronie polskiej. Na początku roku 1454 do króla Kazimierza Jagiellończyka przybyła delegacja Związku, która w zamian za zbrojną pomoc Polski, oferowała władcy polskiemu poddanie Prus oraz Pomorza. Król jednak oficjalnie nie mógł poprzeć buntu poddanych. Pomimo to zaczęły się przygotowania do powstania w Prusach, które strona polska wówczas nieoficjalnie poparła.
W lutym w wysłanym liście do wielkiego mistrza – wypowiedziano oficjalne posłuszeństwo. Szóstego tego samego miesiąca – wraz z atakiem, który miał miejsce w Toruniu na zamku krzyżackim - wybuchło powstanie, inicjowane przez Związek Pruski. Po zaledwie miesiącu działań przeciwko krzyżakom, ci ostatni kontrolowali już tylko Malbork, Sztum i Chojnice.
Po tych wydarzeniach z poselstwem do Króla Polskiego, udał się w imieniu związku Jan Bażycki. Wówczas Kazimierz Jagiellończyk oficjalnie poprał ich działania, co w praktyce oznaczało wypowiedzenie wojny Zakonowi Krzyżackiemu. 6 marca w roku 1454 król Polski wydał akt inkorporacji Prus i Pomorza.
Wydarzenia te stały się bezpośrednią przyczyną wybuchu wojny trzynastoletniej między zakonem a Polską wspierającą Związek Pruski. Działania wojenne były w większości finansowane przez miasta Pruskie. W maju tego samego roku Kazimierz odebrał hołd w Toruniu od Ziemi chełmińskiej, 11 czerwca w Elblągu od Gdańska i ziemi elbląskiej oraz od trzech biskupów pruskich.