Żeromski w „Syzyfowych pracach” przedstawia losy młodych Polaków kształconych w rosyjskiej szkole. Osią wydarzeń są losy Marcina Borowicza, któremu towarzyszymy od początku edukacji aż do matury. Później czytelnik poznaje też losy Andrzeja Radka oraz epizody z życia innych uczniów. Autor ukazuje najważniejsze problemy towarzyszące chłopcom w okresie dorastania.
Wyjazd do szkoły w Gawronkach oznacza koniec beztroskiego dzieciństwa dla Marcina Borowicza. Chłopiec bardzo przeżywa rozstanie z rodziną i konieczność poddania się szkolnym rygorom. Pozbawiony czułej opieki matki, czuje się samotny i zdany na własne siły. W szkole wszystko jest dla niego nowe i skomplikowane. Najwięcej trudność przysparza mu konieczność posługiwania się obcym językiem. Jednak w miarę upływu lat Marcin coraz lepiej przystosowuje się do nowego życia. Staje się coraz bardziej samodzielny i odpowiedzialny.
Młodzi ludzie poszukują autorytetów i własnej tożsamości. Uczniowie poddawani są w szkole rusyfikacji. Nauczyciele ośmieszają to, co polskie, szkalują polską historię i umniejszają wartość literatury. Większość chłopców poddaje się tej manipulacji. Na przykładzie Marcina widać, jak potrzeba bycia docenionym wpływa na jego poglądy i zachowanie. Po śmierci matki czyje się zagubiony i osamotniony – wówczas szczególnie silnie odczuwa potrzebę wsparcia i przyjaźni. Imponuje mu uznanie i względy okazywane przez Zabielskiego. Nie chcąc stracić jego sympatii, angażuje się w kółko rusofilskie.
Z kolei Andrzej Radek, odsunięty na margines klasowej społeczności, znajduje oparcie w lekturze dzieł polskich romantyków. To oni wyznaczają jego ideały, dzięki nim zaczyna się czuć dumny z bycia Polakiem. Te same autorytety przyświecają Zygierowi. Usunięty z warszawskiej szkoły, nie rezygnuje ze swojej pasji i przekonań. Przeciwnie – zaraża nimi innych uczniów.
Żeromski wnikliwie obserwuje też relacje między rówieśnikami. Chłopcy nawiązują prawdziwe przyjaźnie, potrafią być względem siebie lojalni. Wspólnymi siłami udaje im się przechytrzyć niejednego nauczyciela. Tak robią z Ozierskim, który zawsze odpytuje tego samego ucznia. Przykładem bezinteresownego poświęcenia jest również interwencja Marcina w sprawie Andrzeja Radka. Chłopak wstawia się za kolegą, który padł ofiarą złośliwości Tynieckiego.
Z drugiej strony, uczniowie potrafią być też bardzo okrutni wobec siebie. Radek jest nieustannym obiektem kpin, ponieważ pochodzi z chłopskiej rodziny. Jego nędzne ubranie i inny sposób mówienia stanowią dla wielu chłopców powód do żartów. Podobnie traktują Romcia, który jednak nie potrafi sprzeciwić się szykanom.
Uczniowie gimnazjum dojrzewają do własnej świadomości narodowej. Proces ten jest głównym problemem poruszanym w powieści. Poddawani ciągłej rusyfikacji – pozornie jej ulegają. Wystarczy jednak niewielka iskra zapalna, by część z nich zbuntowała się przeciw obowiązującym normom. Młodzi ludzie są żądni wiedzy. Pragną myśleć niezależnie i nawet usilne zabiegi pedagogów nie są w stanie tego zmienić. Chłopcy spotykają się potajemnie, by czytać zakazaną literaturę i dyskutować na temat historii.
Okres dorastania to także czas pierwszych miłości. Żeromski przedstawia bardzo subtelne uczucie pomiędzy Marcinem i Anną. Ich miłość zrodziła się z niewinnych spojrzeń i karmiła się niemymi spotkaniami w parku. Niestety zostali rozdzieleni przez nagły wyjazd dziewczyny. Pisarz podkreśla świeżość tego pierwszego uczucia, które było niewinne i wzniosłe.