W „Syzyfowych pracach” na pierwszy plan wysuwa się problem rusyfikacji polskiej młodzieży. Stefan Żeromski, opierając się na własnych doświadczeniach i wspomnieniach z młodości, snuje historię, której głównymi bohaterami są nastolatki narażone na utratę własnej tożsamości.
Największym problemem dla rusyfikatorów okazuje się język, ponieważ uczniowie wszystko, co rosyjskie, uważają za obce i starają się z tym walczyć. Tylko polska mowa, narodowe tradycje i zwyczaje związane z Kościołem katolickim wydają się im bliskie i zrozumiałe, bo znajome. Na nic zdaje się zakaz używania języka polskiego w obrębie murów szkoły, kontrole na stancjach uczniów czy próby zastraszania. Ostatecznie działania te nie przynoszą pożądanych skutków, stąd tytuł powieści – „Syzyfowe prace”. Jest to określenie pochodzące z mitologii, odzwierciedlające mozolne działania nie przynoszące upragnionych rezultatów.
Warto jednak podkreślić, że w niektórych momentach zdarzały się chwile zwątpienia, zwłaszcza w przypadku głównego bohatera, Marcina Borowicza. Jego uczestnictwo w rosyjskich sztukach teatralnych, a także przyjaźń z Zabielskim i uczestnictwo w kole rusofilskim stanowią dowody na niekonsekwencję chłopca w kultywowaniu patriotycznych wartości. Można je jednak tłumaczyć poszukiwaniem własnej drogi życiowej i dojrzewaniem do samodzielnego myślenia o świecie. Zawsze w takich momentach mamy do czynienia z pewnym przełomem – przykładem może być recytacja „Reduty Ordona” Adama Mickiewicza przez ucznia Zygiera. Chociaż wielu młodych bohaterów często nie słyszało wcześniej nazwiska polskiego wieszcza, utwór powoduje wstrząs i staje się bodźcem do odradzania się poczucia patriotyzmu.
Mówiąc o problematyce należy podkreślić, że w książce nie brakuje wątków autobiograficznych. Gawronki są wiernym odzwierciedleniem rodzinnej miejscowości Żeromskiego – Ciekot, natomiast Kleryków, gdzie mieści się powieściowe gimnazjum, przypomina bliskie pisarzowi Kielce. Na szczególną uwagę zasługują także podobieństwa między Marcinem Borowskim a autorem dzieła. Są to przede wszystkim takie fakty jak: bliskie więzi z matką, nieszczęśliwa miłość czy uczestnictwo w tajnych spotkaniach, gdzie czytano i studiowano literaturę polską i światową. W ten sposób autor, uzupełniając fabułę własnymi doświadczeniami, chciał pokazać, jak dorastał człowiek w trudnych dla całego narodu czasach.
Osobną kwestią wydaje się historia Andrzeja Radka. Jako syn biednego fornala trafia pod skrzydła Antoniego Paluszkiewicza, który uczy go pisać i czytać. Następnie znajduje się w gimnazjum w Klerykowie, gdzie – samotny i lekceważony przez kolegów – mimo wszystko samodzielnie poznaje historię Polski, zapoznaje się z dziełami Mickiewicza czy Słowackiego, a także czyta przekłady Szekspira i Hugo. To kształtuje jego osobowość i charakter, a dzięki uporowi i silnej woli pozwala spełnić marzenie związane z wykształceniem. Pokonuje zupełnie inną drogę, niż pozostali bohaterowie, stając się tym samym autorytetem dla młodzieży.
Wszystkie wątki łączą się, tworząc społeczną powieść o dorastaniu i związanymi z tym problemami. Opis psychologicznych przeżyć nie tylko głównych bohaterów, ale także pobocznych postaci pozwala na dogłębną analizę czasów, w których przyszło im żyć i kształtować swoją mentalność. Dlatego utwór niejednokrotnie określany był mianem „dokumentu epoki”, w której dorastał Stefan Żeromski. To także charakterystyka czasów, kiedy pewna społeczna bierność i uległość wobec zaborcy powoli przekształcała się w zalążki świadomości narodowej.