Walenty i Helena Borowiczowie odwożą ośmioletniego syna Marcina do szkoły w Owczarach. Chłopczyk niechętnie opuszcza dom rodzinny, jego matka z trudem powstrzymuje łzy. Po przybyciu na miejsce rodzice oddają chłopca pod opiekę państwa Wiechowskich i uzgadniają opłatę za naukę. Marcinek ma powrócić do domu dopiero na Wielkanoc. Osamotniony chłopiec stopniowo przystosowuje się do nowej sytuacji. W owczarskiej szkole prowadzonej przez nauczyciela Wiechowskiego uczą się dzieci w różnym wieku. Lekcje, odbywające się w języku rosyjskim, przysparzają wielu problemów nowemu uczniowi. Malcy uczą się tam czytać, pisać i liczyć po rosyjsku. Dzieci są też zmuszane do śpiewania rosyjskich pieśni cerkiewnych.
Pewnego dnia Wiechowski otrzymuje informację o zbliżającej się inspekcji szkoły. Zgodnie z zapowiedzą, owczarską placówkę odwiedza dyrektor Jaczmieniew. Wybrane dzieci, przygotowane wcześniej przez nauczyciela, dają pokaz swoich umiejętności. Gorzej wypadają uczniowie przepytywani przez samego dyrektora. Jaczmieniew wpada w gniew, gdy malcy przyznają, że potrafią czytać w języku polskim. Naczelnik kończy wizytację zapowiadając dymisję Wiechowskiego. Ten upija się z rozpaczy, ale po chwili dyrektor wraca i obiecuje podwyżkę. Zmiana zachowania Jaczmieniewa była skutkiem skarg wiejskich kobiet, sprzeciwiających się temu, by dzieci uczono rosyjskich pieśni.
Po zakończeniu edukacji w Owczarach Marcin trafia do gimnazjum w Klerykowie. Matka chłopca obawia się, że syn może nie zdać trudnych egzaminów wstępnych. Za namową znajomego żydowskiego kupca pani Borowiczowa udaje się do egzaminatora Majewskiego i wykupuje kilka godzin korepetycji dla syna. Poświęcenie (lekcje są bardzo drogie) przynosi skutek. Egzaminy wstępne kończy grupa trzydziestu dzieci, w tym Marcin Borowicz. Każdy z przyjętych uczęszczał wcześniej na kosztowne korepetycje do egzaminatora Majewskiego. Uradowana pani Borowiczowa umieszcza syna na stancji pani Przepiórkowskiej.
Marcin Borowicz rozpoczyna naukę w klerykowskim gimnazjum. Marcin powoli oswaja się z nową szkołą, poznaje zwyczaje nauczycieli, zyskuje też nowych kolegów. Pani Borowiczowej udaje się uzyskać zezwolenie nauczycieli na dwudniowy pobyt syna w domu. Marcin powraca do rodzinnych Gawronek w przeddzień Zielonych Świątek. Wizyta w domu jest jednocześnie ostatnim spotkaniem chłopca z matką. Latem pani Borowiczowa umiera na suchoty.
Marcin traci motywację do nauki. Pod wpływem kolegi zwanego „Wilczkiem” coraz częściej ucieka na wagary. Zimą chłopcy wymykają się ze szkoły i spędzają cały dzień nad rzeką, ślizgając się po lodzie. Po jednej z takich „wypraw” Borowicz udaje się do kościoła, by uczestniczyć w próbie chóru. Chłopiec jest mimowolnym świadkiem sporu pomiędzy księdzem Wargulskim i inspektorem domagającym się, by chórzyści śpiewali po rosyjsku. Oburzony kapłan odmawia i siłą wyrzuca inspektora za drzwi. Marcin, przyłapany na podsłuchiwaniu, obiecuje zachować obserwowane zdarzenie w tajemnicy.
Większość klerykowskich nauczycieli wzbudza w uczniach respekt. Opiekunem pierwszej klasy, do której uczęszcza Borowicz, jest Rudolf Leim – nauczyciel łaciny. Leim potrafi zdyscyplinować klasę, cieszy się też pewnym szacunkiem ze strony uczniów. W przeciwieństwie do wychowawcy nauczyciel rosyjskieg (Ozierskij) jest traktowany przez uczniów z lekceważeniem. Chłopcy nie reagują na jego upomnienia, lubią też płatać wykładowcy rozmaite figle. Nauczycielem języka polskiego jest profesor Sztetter. Lekcje ojczystego języka są nieobowiązkowe, więc siłą rzeczy uczniowie nie przywiązują do nich zbyt dużej wagi. Obojętny wydaje się być również nauczyciel, znudzony późną porą lekcji i wyjątkowo nieatrakcyjnym materiałem, wyznaczonym do omówienia przez dyrekcję szkoły. Ostatni z pedagogów – Nogacki – zajmuje się wykładaniem arytmetyki.
Z biegiem czasu Borowicz coraz bardziej zaniedbuje naukę. Chłopiec, wraz z grupą znajomych, odkrywa nową rozrywkę – strzelanie z pistoletu. Marcin, Szwarc (właściciel pistoletu) i bracia Daleszowcy ćwiczą strzelanie w ustronnej części parku. Pewnego dnia chłopcy zostają przyłapani na zabawie przez śledzącego ich żandarma. Borowicz i Szwarc trafiają przed oblicze rady pedagogicznej. Po długiej nocy spędzonej w jednej ze szkolnych sal dwójka uczniów zostaje przesłuchana przez dyrektora Majewskiego. W trakcie rozmowy Marcin mimowolnie rozśmiesza pedagogów (przyznaje, że strzelał bez prochu). Ostatecznie winni zostają ukarani krótkim aresztem o chlebie i wodzie. Borowicz jest przekonany, że mógł zostać wyrzucony ze szkoły. Wierzy w interwencję swojej zmarłej matki i od tego momentu przeżywa „duchowe nawrócenie”.
Po zakończeniu czwartej klasy Marcin powraca na wakacje do domu. Dworek w Gawronkach coraz bardziej popada w ruinę. Po śmierci pani Borowiczowej nikomu nie zależy na tym, by zaprowadzić na folwarku porządek. Marcin spędza większość czasu na polowaniach, strzela do dzikich kaczek i przeczesuje okoliczne lasy. Nawiązuje też znajomość z Szymonem Nogą – najlepszym strzelcem w okolicy. Noga opowiada „paniczowi” historię znajomego myśliwego, który wiele lat temu natknął się w lesie na polskiego powstańca prowadzonego przez dwóch Moskali. Chłop zastrzelił jednego z Rosjan, a później pochował zmaltretowanego Polaka.
Po wakacyjnej przerwie uczniowie gimnazjum dowiadują się o zmianach wprowadzonych przez nowego dyrektora – Kriestoobriadnikowa. Dyrektor wymienia większość nauczycieli na bardziej surowych. Polscy pedagodzy zostają „zepchnięci” na dalszy plan. Zaostrza się także szkolna dyscyplina, a uczniowie są zmuszani do wzajemnego donoszenia na siebie. Nadzór nauczycieli sięga aż na stancje zamieszkane przez uczniów. Rusyfikacja obejmuje też inne klerykowskie instytucje (teatr). Pewnego dnia Borowicz, zachęcony przez kolegów, udaje się do teatru na rosyjską sztukę. Nauczyciele obecni na przedstawieniu nagradzają podopiecznych słodyczami. Marcin zyskuje także uznanie szkolnego inspektora, Zabielskiego. Mężczyzna wzbudza respekt chłopca, pozwala mu na odwiedziny i przekonuje do swoich racji.
Jest lato, polną drogą wędruje młody chłopak – Andrzej Radek. Celem Jędrka jest dostanie się do klerykowskiego gimnazjum. Chłopiec pochodzi z ubogiej, chłopskiej rodziny. Dzieciństwo Radka upłynęło na pasaniu gęsi i figlach płatanych wiejskiemu nauczycielowi Paluszkiewiczowi. Pewnego dnia rozgniewany pedagog złapał urwisa i zabrał go do swego mieszkania. Radek, przekonany o rychłej karze, ze zdumieniem zorientował się, że Paluszkiewicz nie chce go zbić. Nauczyciel pokazał chłopcu swoje książki, a z biegiem czasu nauczył go sztuki czytania i pisania. Pod wpływem Paluszkiewicza Andrzejowi udało się ukończyć cztery klasy szkoły podstawowej. Po śmierci opiekuna Radek postanowił kontynuować naukę.
W trakcie podróży do Klerykowa bohater zostaje zabrany do miasta przez podróżującego bryczką pana Płoniewicza. Mężczyzna proponuje uczniowi stancję i wyżywienie w zamian za korepetycje udzielane swoim dzieciom. Uradowany Radek przystaje na niespodziewaną propozycję i wkrótce dołącza do grona uczniów gimnazjum. Andrzej starannie nadrabia braki w nauce, nie potrafi jednak poradzić sobie z wyśmiewającymi go kolegami. Sprowokowany przez obelgi wszczyna bójkę, za co zostaje wydalony ze szkoły. Borowicz wstawia się za kolegą do Zabielskiego, a ten postanawia „ułaskawić” Radka.
Po zaostrzeniu szkolnego rygoru następuje stopniowy podział uczniów na dwie grupy. W pierwszej znajdują się ci, którzy poddają się przekonaniom wpajanym przez egzaminatorów. W drugiej – głównie starsi uczniowie, spędzający większość wolnego czasu na hulankach i pijatykach. Do pierwszej grupy należy Borowicz. Bohater przeżywa kolejną duchową przemianę, tym razem postanawia zostać ateistą.
Podczas lekcji historii nauczyciel Kostriulew opowiada uczniom o skandalu w jednym z żeńskich klasztorów w Wilnie (po przejęciu budynku w podziemiach klasztoru znaleziono rzekomo zwłoki niemowląt). Jeden z uczniów z oburzeniem protestuje przeciwko szkalowaniu sióstr. Nauczyciel wypytuje podopiecznych o ich ewentualne poparcie dla wypowiedzi Waleckiego. Zastraszeni chłopcy milczą. Winowajcę „dobija” wypowiedź Borowicza odżegnującego się od protestu kolegi. Walecki zostaje ukarany rózgami.
W nowym semestrze do uczniów dołącza Bernard Zygier, chłopiec usunięty z warszawskiego gimnazjum ze względu na swoje poglądy i zachowanie. Uczeń znajduje się pod nieustanną obserwacją nauczycieli i dyrektora. Podczas jednej z lekcji języka polskiego Zygier zostaje wezwany do odpowiedzi. Chłopiec udowadnia swoją wiedzę i oczytanie, prezentując szczegółową biografię Mickiewicza. W trakcie wypowiedzi uczeń niespodziewanie zaczyna recytować fragment „Reduty Ordona”. Zaskoczony nauczyciel wystawia przy drzwiach wartę i ze wzruszeniem wsłuchuje się w patriotyczny występ Zygiera. Tekst utworu wywiera piorunujące wrażenie na uczniach. Wstrząśnięty Borowicz z trudem hamuje łzy.
Po jakimś czasie, pod wpływem nowego ucznia, chłopcy decydują się na samodzielne „dokształcanie”. Grupa młodych pasjonatów zakazanej (polskiej) literatury gromadzi się po lekcjach na strychu u Gontali. Chłopcy zajmują się czytaniem poezji Mickiewicza i Słowackiego, omawiają przeczytane pozycje i dyskutują. Przejście „na górkę” jest zamaskowane i znane tylko wtajemniczonym. Pewnego wieczoru Marcin napotyka w pobliżu kryjówki Majewskiego. Chłopiec obrzuca pedagoga kulami z błota, uniemożliwiając mu odnalezienie przejścia. Po ucieczce nauczyciela Borowicz ostrzega kompanów przed niebezpieczeństwem.
Zbliża się egzamin maturalny. Uczniowie pilnie przygotowują się do życiowego sprawdzianu. Tymczasem Borowicz przeżywa swoją pierwszą miłość. Obiektem uczuć chłopca jest uczennica żeńskiego gimnazjum – Anna Stogowska, zwana „Birutą”. Dziewczyna słynie z wielkiej niechęci do rusyfikatorów. W ręce Marcina trafia przypadkiem wierszyk wpisany przez ukochaną do pamiętnika koleżanki. Borowicz wyrywa kartkę z wpisem Biruty i zatrzymuje „skarb” na pamiątkę. Oboje spotykają się przypadkiem w klerykowskim parku. Stogowska czyta, Borowicz powtarza lekcje starając się nie spłoszyć swoim zachowaniem pięknej dziewczyny. Początkowo Biruta nie zwraca uwagi na czytającego, później dostrzega jego zainteresowanie i zdaje się odwzajemniać uczucie chłopca. Marcin jest jednak zbyt nieśmiały, by nawiązać rozmowę.
Bohater zdaje egzamin maturalny i planuje rozpocząć studia w Warszawie. Po wakacjach Borowicz odwiedza Kleryków z nadzieją na spotkanie z Birutą. Służąca Stogowskich informuje go o wyjeździe całej rodziny w głąb Rosji. Marcin udaje się do parku, płacze i wspomina Annę. Zrozpaczonego Borowicza pociesza Andrzej Radek. Bohaterowie w milczeniu podają sobie dłoń.