Termin mikrobiom stosuje się w celu określenia organizmów występujących na danym siedlisku. Obejmuje on wszystkie organizmy nawet chorobotwórcze. Określenie to zostało wprowadzone w wieku XXI przez Joshua Lederberga, który nazwą tą nawiązał nie do zespołu organizmów, ale do zespołu genów tych organizmów. Mikroorganizmy zasiedlają układ oddechowy i układ pokarmowy człowieka. Można też wyróżnić specyficzne mikrobiomy charakterystyczne tylko dla danego odcinka układu np. mikrobiom jamy ustnej, pochwy, włosów i skóry głowy.
Mikrobiom przewodu pokarmowego
Mikoorganizmy zasiedlające przewód pokarmowy mają strukturę niejednorodną. Oznacza to, że w każdym odcinku występują specyficzne dla niego mikoorganizmy. Znacza różnica w ilości mikoorganizmów występuję pomiędzy początkowym odcinkiem układu pokarmowego, a końcowym. W zależności od sposobu odżywiania się gospodarza rozróżnia się różne typy mikorbiomów - określa się je terminem enterotyp. U osób odżywiających się głównie węglowodanami charakterystycznym elementem jest bakteria Prevotella. Występujący mikorbiom w organiźmie człowieka i jego symbioza z tkankami organizmu wpływa na układ odpornościowy. Ponadto organizmy te zaangażowane są w metabolizm węglowodanów i aminokwasów oraz syntezę witamin.
 |
| E. coli wchodząca w skład mikrobiomu |