Po sukcesach militarnych oraz politycznych – zwycięska bitwa pod Kircholmem oraz objęcie władzy przez Dymitra I Samozwańca w Moskwie, został zwołany nowy sejm, przed którym postawiono program istotnych reform. Postulowano wówczas zasadę ograniczenia jednomyślności na sejmach oraz zwiększenie liczby stałego wojska. Jednocześnie istniały wówczas przypuszczenia, iż król polski – Zygmunt III Waza, zamierza koronować swojego syna Władysława.
Założeniom oraz dążeniom dworu królewskiego przeciwstawił się wojewoda krakowski – Mikołaj Zebrzydowski. Opozycja skupiona wobec niego przeciwstawiała się planom zwoływania sejmu bez powszechnej zgody. Szlachta krakowska wezwała jednocześnie resztę przedstawicieli swojego stanu na zjazd do Warszawy.
Pomimo, iż Rzeczpospolita stanęła wobec groźby rokoszu – król nie zamierzał ustępować. Uznano to wówczas za próbę ograniczenia wolności szlacheckiej. Zjazd w Warszawie nie przyniósł jednak przewidywanych efektów. Dopiero podczas drugiego zwołanego zjazdu pod Sandomierzem, zawiązano antykrólewską konfederacje – rokosz. Na jego czele – oprócz wcześniej wspomnianego Zebrzydowskiego, stanął również Janusz Radziwiłł.
W spisanych artykułach sandomierskich – program rokoszan w pierwszej kolejności postulowano dalsze ograniczenia władzy królewskiej, przy jednoczesnym wzmocnieniu pozostałych władz centralnych. Zaliczało się do tej kwestii m. in. kontrolowanie dochodów monarchy za pomocą urzędu podskarbiego, zwiększenie uprawnień senatorów rezydentów. Poza tym wysuwano również żądanie całkowitego wypędzenia jezuitów z kraju.
Ostatecznie jednak rokoszanie zrezygnowali ze zbrojnego oporu – zawarto ugodę z monarchą w Janowcu. Konfederacja nie została rozwiązana, a część jej przywódców rozpoczęła negocjacje z Gabriele Batorym – ówczesnym księciem Siedmiogrodzkim. W zamian za jego poparcie militarne miał on otrzymać koronę polską.
Podczas kolejnego zjazdu pod Jędrzejowem, szlachta wystąpiła z postulatem detronizacji Zygmunta III Wazy.
W tej sytuacji wojna domowa wydawała się nieunikniona. 6 lipca pod Guzowem rokoszanie ponieśli klęskę. Nikt jednak nie spieszył się z wykorzystaniem przewagi, aby nie wzmocnić zbytnio pozycji króla w kraju.
Ostatecznie sytuacja międzynarodowa – w szczególności w Rosji, zadecydowała o zakończeniu rokoszu w roku 1609. Wówczas to rokoszanie porzucili wszelkie plany detronizacji króla, a monarcha z drugiej strony musiał zrezygnować ze swoich dążeń do wzmocnienia władzy królewskiej w Rzeczpospolitej.