Rodząca się religia chrześcijańska już w okresie apostolskim natrafiła na różne przeszkody. Najpierw pojawił się konflikt wyznawców Chrystusa z religijną władzą żydowską w wyniku którego został zamordowany św. Jakub Apostoł, a następnie w 36-37 r. ukamienowany św. Szczepan. Prześladowania, do których doszło po tym wydarzeniu, wygnały chrześcijan z Palestyny i Ci rozpoczęli misyjną działalność Kościoła. Władza rzymska nie miała jednak z nimi nic wspólnego.
Pierwsze prześladowanie ze strony władz cesarstwa spadło na chrześcijan w 64 r. za czasów Nerona. Wyznawcy Chrystusa zostali wówczas niesłusznie oskarżeni o podpalenie Rzymu. Represje były okrutne, ale krótkotrwałe i ograniczone do stolicy. Jeżeli występowały na prowincji, to były spowodowane prywatną gorliwością urzędników, pragnących przypodobać się cesarzowi. Chrześcijanie ginęli masowo na arenach cyrkowych lub paleni żywcem. Było to jednocześnie karą i widowiskiem dla pospólstwa. Tradycja podaje, że w czasie tych prześladowań śmierć męczeńską na Wzgórzu Watykańskim poniósł św. Piotr Apostoł. Represje ustały po samobójczej śmierci Nerona w 68 r.
Następna fala prześladowań miała miejsce za Domicjana (81-96 r.), około trzydzieści lat później. Przyczyną represji były motywy prywatne cesarza, który bał się utraty tronu. Wiele ofiar należało do wysokiej arystokracji rzymskiej. Oficjalnie skazywano „za ateizm”, niemniej przypuszcza się, że oznaczało to „śmierć za chrześcijaństwo”. Domicjan dbał bowiem o kult własnej osoby; upodobał sobie nawet tytuł Pan i Bóg . Surowo karano tych, którzy mu go odmawiali. Z oczywistych względów do tej grupy należeli chrześcijanie. Ucierpiał wówczas m.in. Kościół lokalny efeski, a św. Jan Apostoł został skazany na wygnanie. Prześladowanie ustało dopiero za rządów cesarza Nerwy (96-98).
Prześladowania za panowania Nerona oraz Domicjana utrwaliły wśród pogan przekonanie, że chrześcijanie są ludźmi niegodziwymi. Stawiano im trzy zasadnicze zarzuty: ateizm, wrogość wobec innych oraz organizowanie orgii. Wynikały one z braku zrozumienia tajemniczości chrześcijańskich zgromadzeń i sprawowanego na nich kultu, a zwłaszcza agap. Rzadko dochodziło do samosądów, gdyż cesarska administracja pilnowała praworządności. Jednakże poganie oskarżali chrześcijan przed urzędnikami, którzy znajdowali podstawę prawną do karania w przepisach państwowych. Szczególnym miejscem lokalnych wybuchów nienawiści do chrześcijan stała się Azja Mniejsza.
Cesarz Trajan (98-117), uznawany za jednego z najwybitniejszych władców rzymskich, nie podjął zdecydowanej decyzji w kwestii chrześcijaństwa, gdyż uznał, że niemożliwe jest ustalenie jednej normy, która uwzględniałaby wszystkich wyznawców Chrystusa. Ograniczył jednak akcje władz lokalnych m.in. zakazał wyszukiwania chrześcijan i przyjmowania anonimowych donosów. Od tej pory można było karać tylko tych, którzy na procesie odmówili składania ofiar bogom. Za panowania Trajana ukrzyżowano w Jerozolimie biskupa Symeona, następcę Jakuba Młodszego, oraz stracono biskupa Ignacego Antiochieńskiego.
Cesarz Hadrian (117-138), następca Trajana, dopuszczał sądzenie chrześcijan, tylko w przypadku, gdy oskarżyciel wystąpił imiennie i wskazał na konkretne przestępstwo. Zaczęto karać wówczas fałszywe doniesienia. Reskrypt Hadriana nie pozwalał także skazywać za samą przynależność do Kościoła. Stąd za jego panowania praktycznie nie występują męczeństwa.
Ponowny wybuch prześladowań wiąże się z cesarzami Septymiuszem Sewerem (193-211) i Maksyminem Trakiem (235-238). Septymiusz Sewer początkowo okazywał przychylność chrześcijaństwu. Po dziesięciu latach panowania cesarz zmienił jednak swą politykę religijną i w 202 r. wydał edykt, który zabraniał poganom przechodzenia na żydostwo i chrześcijaństwo. Dokument ten nie dotyczył pojedynczych chrześcijan, ale całego Kościoła, uniemożliwiając mu prowadzenie działalności misyjnej. Największe prześladowania miały wówczas miejsce w Egipcie i w Afryce. Represje objęły poza katechumenami także ochrzczonych chrześcijan. Z kolei cesarz Maksymin skierował swoją brutalność szczególnie przeciwko biskupom, członkom dworu i wysokim urzędnikom. Takie postępowanie władcy ośmielało również ludność pogańską do prześladowań chrześcijan.
Po Maksymianie nadszedł dziesięcioletni okres spokoju dla chrześcijan. Kiedy tron objął cesarz Decjusz (249-251) doszło jednak do ponownych represji. W 250 r. został wydany bowiem edykt, na mocy którego wszyscy mieszkańcy państwa zostali zobowiązani do złożenia ofiar rzymskim bogom dla odwrócenia nieszczęść od cesarstwa i uproszenia ich opieki. Wykonanie owego edyktu poddano kontroli specjalnych komisji. Ci, którzy odmawiali, byli wtrącani do więzień. Chociaż w dokumencie nie wymieniono chrześcijan, to był on skierowany szczególnie przeciw nim. Wielu nie wytrzymało próby, stając się odstępcami od wiary. Po śmierci Decjusza większość chrześcijan powróciła na łono Kościoła.
Parę lat później chrześcijanie znowu byli prześladowani, tym razem za panowania cesarza Waleriana (253-260). Początkowo był on przyjazny Kościołowi, ale gwałtowna zmiana dokonała się w czwartym roku jego rządów. Bezpośrednią przyczyną stała się trudna sytuacja finansowa cesarstwa. Konfiskowano wówczas posiadłości chrześcijan. Zakazano im również kultu i zebrań na cmentarzach. Na przymusowe prace w kamieniołomach skazano wtedy wielu chrześcijan. Prześladowania w niektórych prowincjach były bardzo krwawe. Do męczenników tego okresu zalicza się św. Cypriana (biskupa Kartaginy), św. Syktusa (papieża) oraz św. Wawrzyńca.
W historii prześladowań chrześcijan zapisał się również cesarz Dioklecjan, który panował w latach 284-305. Przyjął on tytuł Jowisza, czyli syna najwyższego bóstwa Jupitera. Aby wzmocnić swoją ubóstwioną władzę, wydał szereg edyktów uderzających w chrześcijan. Dokument z 303 r. zarządzał m.in. zniszczenie świątyń chrześcijańskich, przejęcie i spalenie ich ksiąg świętych, surowo też zakazywał gromadzenia się chrześcijan. Liczby ofiar prześladowania nie udało się ustalić dokładnie, przyjmuje się jednak, że kilka tysięcy osób poniosło wówczas śmierć męczeńską.
Prześladowania przerwał częściowo edykt tolerancyjny cesarza Galeriusza z 311 r., a w pełni tzw. edykt mediolański z 313 r., wydany przez Konstantego Wielkiego, który został pierwszym chrześcijańskim cesarz rzymskim. Znaczenie dokumentu polegało na uznaniu prawnego istnienia chrześcijaństwa i włączeniu go do religii, objętych tolerancją w cesarstwie. Edykt został podpisany także przez drugiego augusta cesarstwa – Licyniusza.