Część I
Akcja powieści rozpoczyna się w majowe późne popołudnie w Moskwie (na skwerze Patriarsze Prudy), gdzie spotykają się redaktor Michał Aleksandrowicz Berlioz i poeta Iwan Nikołajewicz Ponyriow (pseudonim Bezdomny). Redaktor zarzuca poecie, że zamówił u niego krytyczny poemat na temat Jezusa Chrystusa, z którego miało jasno wynikać, że wiara w istnienie tej postaci jest niedorzeczna, tymczasem dzieło przedstawione przez Ponyriowa nie spełnia tych oczekiwań. Rozmawiających mężczyzn niespodziewanie zaczepia cudzoziemiec. Podsłuchał on dialog znajomych i wyraża zdziwienie ateizmem Berliozy. Pyta więc, kto jeśli nie Bóg, kieruje światem. Kiedy mężczyźni odpowiadają, że człowiek, nieznajomy stwierdza, że to niemożliwe, ponieważ jest on istotą śmiertelną. Przepowiada on także rychłą śmierć Berliozie (przez odcięcie głowy). Jednocześnie tajemniczo stwierdza, że dzisiejsze zebranie literatów, któremu redaktor miał przewodniczyć, nie odbędzie się, ponieważ Annuszka rozlała już olej słonecznikowy.
Cudzoziemiec w końcu zdradza, że jest profesorem czarnej magii i historykiem zaproszonym do Moskwy z okazji odnalezienia rękopisów z X wieku, które ma odczytać. Opowiada też Berliozie i Ponyriowi historię wyroku wydanego przez Poncjusza Piłata na Jezusa. Prokurator Rzymu miał zamiar ułaskawić Jeszuę, (uśmierzył on nieznośny ból głowy Piłata i nauczał go o miłości) i uwięzić nad Morzem Śródziemnym w swoim pałacu. Jednak pod wpływem donosu Judy z Kariotu, jakoby Jeszua miał dopuścić się obrazu majestatu cesarza Rzymu, skazał go na śmierć wraz z czterema innymi buntownikami i złoczyńcami. Ukrzyżowano jednak tylko trzech, ponieważ z okazji święta Paschy Bar Rabban został uwolniony. Ponadto tajemniczy cudzoziemiec stwierdza, że sam był świadkiem tych wydarzeń. Przestraszony Berlioza postanawia zawiadomić władzę o tym człowieku, jednak w drodze do telefonu spotyka dziwnego osobnika w dżokejce, a potem potyka się z powodu rozlanego na jezdni oleju i wpada pod tramwaj prowadzony przez kobietę, który ucina mu głowę. Przerażony tym wydarzeniem poeta słyszy rozmowę dwóch kobiet w parku, które stwierdzają, że wypadek zdarzył się z powodu oleju rozlanego przez Annuszkę. Ponyriow wraca więc na ławkę, gdzie zostawił tajemniczego profesora. Spotyka go w towarzystwie innego dziwnego osobnika i żąda od nich dokumentów, zarzucając uczonemu, że jest szpiegiem i mordercą. Ci jednak odchodzą i znikają bez śladu.
Następnego dnia poeta spotyka tych samych ludzi w parku wraz z dziwacznym kotem chodzącym na dwóch łapach. Bezdomny zaczyna za nimi pościg, w końcu goni tylko zwierzaka, który wsiada do tramwaju i odjeżdża. Następnie poeta zaczyna się zachowywać irracjonalnie i obsesyjnie. Wpada do budynku nr 13, zabiera z mieszkania świecę i święty obrazek, a potem biegnie nad rzekę Moskwę, gdzie spodziewa się znaleźć tajemniczego profesora. Wchodzi do wody, następnie zaś okazuje się, że jego ubranie zniknęło. W samych kalesonach i koszuli biega po Moskwie z zapaloną świecą w ręku i szuka maga. Dociera do „Domu Gribojedowa”, miejsca zebrań literatów. Poprzednie zebranie nie odbyło się z powodu śmierci przewodniczącego Berliozy. Członkowie przebywają jednak do późnej nocy w restauracji Massolitu. Ponyriow z powodu swojego wyglądu i niewiarygodnej opowieści o udziale maga w śmierci Berliozy zostaje uznany za obłąkanego, związany serwetami, a następnie przewieziony przez milicję do kliniki psychiatrycznej profesora Strawińskiego. Tam również opowiada niesamowitą historię i próbuje zawiadomić telefonicznie milicję o konieczności ścigania Złego. Zostaje uznany za schizofrenika.
Stiopia Lichodiejew, dyrektor Teatru Varietes budzi się rano z wielkim kacem w mieszkaniu nr 50, przy ulicy Sadowej 302 A, które wynajmował wraz z Berliozą. Od jakiegoś czasu lokatorzy znikają stąd bez śladu. Nagle w mieszkaniu pojawia się Woland z wódką i ciepłym posiłkiem i twierdzi, że podpisał kontrakt na siedem kolejnych występów za 35 tysięcy rubli i już wypłacił zaliczkę w wysokości 10 tysięcy. Dyrektor, który niczego nie pamięta, dzwoni do Rimskiego (dyrektora finansowego), ale ten potwierdza wersję Wolanda. W tym momencie w pokoju pojawia się kocur i jeszcze jeden osobnik (Azazello) z wielkim kłem, który na oczach dyrektora wychodzi z lustra. Stiopa z wrażenia uderza głową o drzwi i traci przytomność. Kiedy się budzi, okazuje się, że znajduje się w Jałcie.
Tymczasem Nikanor Iwanowicz Bosy, prezes spółdzielni mieszkaniowej, odwiedza mieszkanie po Berliozie, ponieważ wiele osób chce je wynająć. Zastaje tam Koriowiowa, tłumacza Wolanda, który wręcza mu łapówkę (400 rubli) za wynajęcie Wolnadowi lokalu na tydzień i zameldowanie go. Kiedy Bosy wraca do domu, chowa pieniądze w przewodzie wentylacyjnym w łazience. Koriowiow dzwoni na milicję i zawiadamia o tym, że Bosy jest spekulantem i zdradza miejsce, w którym przechowuje pieniądze. Milicja znajduje w mieszkaniu prezesa dolary i aresztuje go za posiadanie obcej waluty.
Rimski i kierownik administracyjny, Warionucha otrzymują wiadomość od milicji, że Lichodiejew znajduje się w Jałcie i muszą potwierdzić jego tożsamość. Ktoś ostrzega telefonicznie Wiaronuchę, żeby nie wysyłał żadnego telegramu, ale ten chce to zrobić. Na ulicy zostaje napadnięty przez kocura Behemota, Azazella i rudą Helę, którzy następnie więzią go w mieszkaniu przy ulicy Sadowej. Tymczasem w teatrze odbywa się spektakl Wolanda. Z sufitu spada deszcz banknotów, Fagot (który poprzednio był Koriowiowem) urywa konferansjerowi głowę, a następnie ją przyszywa. Wreszcie Woland oferuje kobietom zamianę starych strojów na nowe i piękne suknie. Okazuje się jednak, że po wyjściu z teatru, stroje znikają, a kobiety zostają w negliżu w centrum miasta. W nocy Rimskiego nawiedzają przerażające upiory i wyjeżdża do Leningradu.
W klinice profesora Strawińskiego oprócz poety Iwana Bezdomnego przebywa również Bosy oraz Mistrz, który wkrada się do pokoju Ponyriowa przez okno. Iwan opowiada mu niesamowitą historię o Berliozie. Okazuje się, że Mistrz jest pisarzem, który napisał powieść o Piłacie. Wygrał sto tysięcy rubli i mógł się w pełni poświęcić pisaniu. Kiedy ukończył swoją powieść, spotkał miłość swojego życia, Małgorzatę, która była mężatką. Zostali jednak kochankami. Nie udało mu się wydać dzieła, ponieważ oskarżono go o nazbyt pozytywny stosunek do Chrystusa. Wtedy Mistrz zostawił resztę wygranej Małgorzacie, spalił powieść, a sam udał się do szpitala psychiatrycznego. Z kolei Bosy po zastrzyku zapada w sen. Śni mu się, że w teatrze odbywa się przesłuchanie podejrzanych o posiadanie obcej waluty (żona konferansjera Dunhilla, Kanawkin i Kurolesow). Śni mu się również śmierć Chrystusa na Nagiej Górze (Golgocie) i Mateusz Lewita, który jest świadkiem tego wydarzenia. Skazańcy zostają przywiezieni na miejsce kaźni na wózku. Mateusz wyrzuca sobie, że nie obronił Jeszuy przed aresztowaniem. Chce nawet go zabić nożem skradzionym ze straganu z pieczywem, żeby zaoszczędzić mu cierpienia. Po pięciu godzinach żołnierz poi Jeszuę i pozostałych skazańców gąbką z wodą, wypowiadając słowa: „sław wielkodusznego hegemona”. Po śmierci Jeszuy spada wielka ulewa, Mateusz zaś zabiera jego ciało.
Po dziwacznym seansie w Teatrze Varietes następuje wielkie zamieszanie. Całe kierownictwo teatru zniknęło w tajemniczych okolicznościach, a milicja rozpoczęła śledztwo w tej sprawie. Tymczasem księgowy Wasil Stiepanowicz Łaskotczin musi złożyć raport, o tym co się stało w Komisji Nadzoru Widowisk i Rozrywek Lżejszego Gatunku i wpłacić pieniądze za wczorajszy występ. Żaden taksówkarz nie chce jednak go zabrać, ponieważ tak, jak inni ludzie dysponuje „czerwieńcami” – pieniędzmi, które zamieniają się w etykietki wody mineralnej. Kiedy księgowy dociera na miejsce, okazuje się, że za biurkiem kierownika siedzi jedynie jego garnitur, który w dodatku prowadzi rozmowę telefoniczną. Potem zaś wszyscy pracownicy niczym w hipnozie odjeżdżają ciężarówkami ze śpiewem na ustach. Wpłacone przez księgowego pieniądze zamieniają się w dolary i zostaje on aresztowany. Tymczasem do mieszkania przy ulicy Sadowej przyjeżdża wuj Berliozy, który otrzymał telegram od swojego siostrzeńca z zaproszeniem na jego pogrzeb, został jednak odesłany z powrotem do Kijowa.
Część II
Małgorzata spotyka na spacerze Azazella, który wręcza jej tajemniczy krem, dzięki któremu będzie mogła spotkać się z Mistrzem. Pod wpływem działania maści kobieta zamienia się w czarownicę i na miotle odbywa podróż w przestworzach. W zemście za krzywdę Mistrza, demoluje mieszkanie jednego z jego krytyków. Wreszcie przybywa do mieszkania na Sadowej, gdzie Woland oświadcza jej, że podczas wielkiego balu Szatana, który jest wydawany raz do roku, Małgorzata będzie pełnić honory gospodyni. Tak też się dzieje. Na przyjęciu odbywającym się o północy Małgorzata jako królowa Margot wita gości. Są wśród nich najgorsi złoczyńcy i mordercy. Wolandowi przynoszą na tacy głowę Berliozy, która mówi, że spełniły się jego proroctwa. Woland skazuje go na niebyt, ponieważ właśnie w to wierzył za życia. Azazello i Abbadon zabijają barona Meigel (urzędnik Komisji Widowisk), następnie Korowiow napełnia czaszkę krwią zabitego i daje jej skosztować Małgorzacie, co powoduje u niej halucynacje. W nagrodę za usługi na balu kobieta może prosić o jakąś przysługę. Wybiera uwolnienie Friedy (dzieciobójczyni) od jej mąk i spotkania z Mistrzem. Jednocześnie Mogarycz, który złożył donos na Mistrza, że przechowuje nielegalną literaturę, zostaje wypchnięty przez okno, a jego nazwisko zostaje wymazane na zawsze. Mistrz i Małgorzata otrzymują małą suterenę na Arbacie, gdzie wcześniej mieszkali, a Małgorzata dostaje złotą podkowę z diamentami. Kobieta gubi ją, ale Azazello oddaje jej drogocenny przedmiot. Mistrz może zaś nadal pisać swoją powieść o Piłacie, ponieważ Wolnad mu ją przywraca. Małgorzata czyta dzieło Mistrza o Poncjuszu Piłacie (Piłat po skazaniu Jeszuy, rozkazał odnaleźć Judę z Kariotu i zamordować go, a ciała skazańców jak najszybciej ukryć. Żołnierz Piłata, Afraniusz, wykorzystując kochankę Judasza, zabija go. Piłat ma sen, że Jeszua nie został jednak zabity i rozmawia z nim o tchórzostwie. Budzi się jednak i uświadamia sobie, że to nieprawda. Żołnierze odbierają Mateuszowi ciało Jeszui i organizują pogrzeb. Lewita zjawia się u Piłata i zdradza mu, że chce zabić Judę. Piłat jednak wyjawia mu, że już to uczynił.
Milicja po wszystkich niesamowitych wypadkach daje wiarę zeznaniom Iwana Bezdomnego i rozpoczyna pościg za Wolandem. Kierownictwo teatru nagle się odnajduje. Milicjanci trafiają do mieszkania na ulicy Sadowej, ale zastają tam tylko Behemota, którego nie uśmiercają strzały z rewolwerów. Kocur podpala mieszkanie i ucieka. Świta Wolanda czyni podobne rzeczy w innych miejscach: podpala sklep z towarami dostępnymi za obcą walutę i dom literatów Gribojedowa. Kiedy wieczorem Woland przebywa na tarasie jednego z budynków Moskwy, przybywa do niego Mateusz z prośbą od Jeszuy, by obdarzył Mistrza i Małgorzatę spokojem. Azazello zjawia się więc u nich z zatrutym napojem, po którego wypiciu kochankowie umierają. Potem jednak zmartwychwstają, dosiadają rumaków i opuszczają Moskwę wraz ze świtą Wolanda. Podczas fantastycznej podróży w przestworzach Behemot staje się demonem-błaznem, a Korowiow rycerzem. Miasto znika za nimi, zupełnie, jakby zapadło się pod ziemię. Woland pokazuje Mistrzowi bohatera jego książki, Piłata. Siedzi on na wielkim tronie, a obok niego znajduje się czarny pies. Nieustannie śni mu się więzień Ha-Nocrci (Jeszua), któremu nie zdążył powiedzieć czegoś ważnego. Małgorzata prosi o uwolnienie Piłata od cierpienia. Okazuje się, że Jeszua wstawił się już za Piłatem. Mistrz może wygłosić ostatnie zdanie swojej powieści, które brzmi: „Jesteś wolny! Jesteś wolny! On czeka na Ciebie!”. Piłat odchodzi księżycową ścieżką w stronę Chrystusa. Mistrz i Małgorzata mogą się zaś cieszyć swoim wiekuistym szczęściem i spokojem.
Epilog
Po wizycie Wolanda w Moskwie wielu ludzi popadło w obłęd. Milicja prowadziła śledztwo, tępiono koty, a nawet doprowadzano je na posterunki, aresztowano osoby noszące nazwiska Korowiow, Korowkin, Karawajew. Okazało się, że Lichodiejew nie był wcale w Jałcie, ale tamtejsza milicja została zahipnotyzowana. Poeta Iwan wyrzekł się swojego pseudonimu, został zwolniony ze szpitala, ale w snach nawiedza go Piłat z powieści Mistrza.