Jedną z najważniejszych płaszczyzn znaczeniowych „Mistrza i Małgorzaty” jest dyskurs na temat totalitaryzmu. Bułhakow kreując obraz Moskwy lat 30. obnaża istotę panującego w ówczesnym Związku Radzieckim komunizmu i za pomocą groteskowej deformacji świata przedstawionego pokazuje absurd każdego systemu politycznego zniewolenia.
Totalitarna dyktatura
W świecie przedstawionym w powieści niewątpliwie mamy do czynienia z totalitarną dyktaturą. Władza nieustannie kontroluje wszystkich obywateli i dysponuje rozbudowanym aparatem represji. Każdy jest zagrożony zniknięciem bez śladu, aresztowaniem, zesłaniem lub umieszczeniem w szpitalu psychiatrycznym. Niebezpieczne jest zarówno działanie wbrew rozporządzeniom władzy, jak i po prostu posiadanie własnych przemyśleń.
Próbkę tego absurdalnego porządku czytelnik otrzymuje już w początkowej scenie utworu, kiedy redaktor Berlioz chce powiadomić milicję o niepraworządnych poglądach spotkanego w parku cudzoziemca. Ponadto władza opiera się na tworzonej przez siebie biurokracji. Niemal każde posunięcie obywatela musi zostać zarejestrowane, np. wynajęcie mieszkania na tydzień wymaga aktu zameldowania. Władza dokładnie kontroluje więc myśli, działanie i miejsce pobytu mieszkańców. Naczelną zasadą totalitarnego państwa jest zaś likwidacja zdroworozsądkowego prawa. Prawem staje się więc wszystko to, co arbitralnie postanowi władza.
Ideologia, propaganda i cenzura
Ważnym aspektem totalitaryzmu jest również określona ideologia. W świecie przedstawionym powieści Bułhakowa obowiązuje doktryna ateizmu, którą konsekwentnie wciela się w życie. Bez pardonu państwo sięga zatem po środki takie, jak propaganda i cenzura. Narzędziem tej pierwszej staje się sztuka i środki masowego przekazu. Redaktorzy państwowych pism zamawiają poematy szkalujące wiarę chrześcijańską, a w prasie rozpętuje się kampanie przeciwko pisarzom niezależnym. Dzieła sprzeczne z oficjalną ideologią nie mogą ujrzeć światła dziennego, ponieważ zostają poddane bezlitosnej cenzurze, tak jak powieść Mistrza. Państwo totalitarne opiera się zatem na wszechobecnym zakłamaniu i oszustwie. Niszczy kulturę i sztukę, redukujące je do roli propagandy.
Zniewolone społeczeństwo
Społeczeństwo w „Mistrzu i Małgorzacie” staje się bezwolną, ogłupiałą masą poszukującą tandetnych rozrywek. Jednocześnie zostają zniszczone mechanizmy społecznej solidarności, władza zachęca bowiem do donosicielstwa i szpiegostwa. Ci, którzy zdecydują się współpracować z reżimem, zyskują znaczące przywileje. Mogą np. nabywać luksusowe towary w sklepie Torgsin. Ponadto totalitaryzm stwarza pole do nieograniczonych manipulacji dla ludzi władzy, a zwłaszcza korupcji, czego przykładem jest historia prezesa spółdzielni mieszkaniowej.