Słoneczne dni
Początek stanowi wprowadzenie do właściwej akcji powieści, przedstawia środowisko, z którego wywodzą się główni bohaterowie.
Alek (Aleksy Dawidowski) i Rudy (Jan Bytnar) nawiązują znajomość w harcerskim zespole „Buków”. Alek to szczupły dryblas, uśmiechnięty i roztargniony, budzi sympatię otoczenia. W razie potrzeby potrafi wykazać się niezwykłym opanowaniem (pomoc koledze, który zranił się siekierą). Z kolei Rudy to piegowaty sympatyczny chłopiec, cichy, introwertyk, znany ze swej inteligencji. W drużynie harcerskiej pełni rolę kucharza, ale z biegiem czasu wychodzą na jaw jego kolejne talenty m.in. zdolności techniczne.
Dużym autorytetem dla bohaterów powieści jest ich harcmistrz i jednocześnie nauczyciel geografii „Zeus”, czyli Leszek Domański. Istotny wpływ na charakter chłopców wywarła dobra szkoła, do której uczęszczali – warszawskie Gimnazjum im. Stefana Batorego. Każdy z bohaterów wywodzi się z rodziny, w której panowała ciepła, serdeczna atmosfera, sprzyjająca rozwojowi osobowości młodego człowieka. Z biegiem czasu w chłopcach odzywają się naturalne „skłonności przywódcze” i chęć zdobycia świata. W tej dziedzinie przoduje Alek, który zbiera wokół siebie grupę zapaleńców nazywanych „Klubem Pięciu”.
Ostatni z trójki wyróżnia się wybitnie dziewczęcą urodą i łagodnym charakterem, przez co zyskuje przydomek „Zośka.” Zośka (Tadeusz Zawadzki) jest bardzo związany ze swoją matką, czuje się samotny i regularnie pisze pamiętnik (w przyszłości jego zapiski staną się zalążkiem fabuły „Kamieni…”). Chłopiec cechuje się niezwykłym uporem, dążąc do osiągnięcia raz wyznaczonego celu. Wkrótce koledzy dostrzegają jego zdolności organizacyjne i rosnący z dnia na dzień autorytet.
Wszyscy trzej bohaterowie zdają maturę w 1939 roku. Po zakończeniu szkoły „Buki” pod przewodnictwem Zeusa udają się na wycieczkę w Beskid Śląski. Nie wiedzą, że jest to ich ostatnia turystyczna wyprawa.
W burzy i we mgle
Wydarzenia września 1939 roku zaskakują cały polski naród. Społeczeństwo nieprzygotowane na atak wciąż tkwi w szoku. Podobna rozpacz ogarnia członków „Buków”. Harcmistrz zgodnie z odgórnym poleceniem zbiera drużynę, która wraz z uchodźcami opuszcza Warszawę i kieruje się na wschód. Chłopcy czują się bezradni, są świadkami cierpień uciekinierów, przeżywają kolejne naloty wroga. Skutkiem jednego z nalotów jest zbombardowanie pociągu z uchodźcami (pod Dębem Wielkim). Zdeterminowani harcerze postanawiają działać. Opatrują rannych i organizują ich transport do najbliższego miasta. Wkrótce cała drużyna musi zawrócić do Warszawy (uchodźcy napotykają wojska sowieckie).
Po kapitulacji miasta rozpoczyna się ciężka okupacja i prześladowanie ludności cywilnej. Jedną z pierwszych ofiar jest ojciec Alka, działacz zakładu przemysłowego. Pan Dawidowski zostaje aresztowany, a rok później rozstrzelany w Palmirach. Członkowie drużyny zastanawiają się nad sposobem walki z wrogiem. W październiku rozpoczynają kolportaż podziemnego pisma „Polska Ludowa” i nawiązują kontakt z członkami PLAN-u (Polska Ludowa Akcja Niepodległościowa). Członkowie „Buków” biorą udział w pierwszych akcjach zwalczających niemiecką propagandę: chłopcy zaklejają hitlerowskie ogłoszenia, wrzucają gaz do restauracji uczęszczanych przez Niemców. Wkrótce następuje rozstanie obu grup, a „Buki” szukają innych sposobów działania.
Nowym problemem bohaterów jest konieczność utrzymania swoich rodzin. Chłopcy zajmują się szklarstwem, Rudy zaczyna dawać korepetycje, a Zośka organizuje w swym domu „fabrykę marmolady”. Alek uruchamia rikszę, a w późniejszym czasie zostaje drwalem (podczas pracy na wsi, wraz z przyjacielem udaje mu się odkryć skład broni). Kolejny zajęciem „Buków” jest praca w tzw. „komórce więziennej” (polegająca na dostarczaniu rodzinom skazanych grypsów) oraz organizowanie tajnych kompletów. Chłopcy mają ambicję samokształcenia i ciągłego doskonalenia swoich umiejętności. Przełomowa data w ich życiorysach to marzec 1941 roku. Wówczas bohaterowie zaczynają brać udział w akcjach tzw. „Małego Sabotażu” prowadzonego przez organizację „Wawer”.
W służbie Małego Sabotażu
Pierwszym zadaniem członków sabotażu jest wybijanie szyb wystaw fotograficznych ze zdjęciami hitlerowców. W tego typu działaniach przoduje Alek. Kolejna akcja ma na celu zniechęcenie mieszkańców Warszawy do uczęszczania na kinowe seanse promujące niemiecką propagandę. Bohaterowie wypisują na murach miasta obraźliwe hasła skierowane do proniemieckich kinomanów („Tylko świnie siedzą w kinie”). Gdy to nie skutkuje, powracają do sprawdzonego sposobu gazowania zatłoczonych pomieszczeń.
Ważną akcją propagandową Małego Sabotażu było – zakończone sukcesem – działanie skierowane przeciwko polskiemu restauratorowi (Paprocki), pośredniczącemu w prenumeracie niemieckiego tygodnika. Kolejne tygodnie upływają na konsekwentnym wyśmiewaniu hitlerowskich haseł i obwieszczeń. Członkowie sabotażu malują m.in. żółwie (symbol powolnej pracy) na murach zakładów pracujących dla okupanta. Rozpoczynają też zrywanie hitlerowskich flag. Pomiędzy Alkiem i Rudym rozpoczyna się swoista rywalizacji co do ilości i rozmiarów zrywanych „zdobyczy” (Alkowi udaje się pourywać flagi z warszawskiej Zachęty).
W tym czasie Zośka otrzymuje dowództwo nad jednym z oddziałów. Prowadzi prace organizacyjne, szczegółowo planuje kolejne akcje. Własne pododdziały otrzymują też Rudy i Alek. Do sabotażu dołącza coraz więcej młodych ludzi. Nowa akcja grupy polega na manifestowaniu świętowania narodowych uroczystości. Członkowie sabotażu rozwieszają po mieście polskie flagi (Alek przerzuca je przez przewody tramwajowe, Rudy doczepia do latarni).
Wkrótce bohaterowie doznają pierwszej poważnej klęski. Po przypadkowym aresztowaniu jednego z członków grupy (Jacek Tabęcki), pomimo usilnych starań organizacji, mężczyzna trafia na Pawiak, a potem do Oświęcimia. Nasilają się też niemieckie łapanki i przesłuchania.
W tym czasie Alkowi udaje się zerwać niemiecką tablicę zakrywającą pomnik Kopernika, w odpowiedzi okupanci likwidują pomnik Kilińskiego. Alek nieumyślnie doprowadza do aresztowania bliskiej mu osoby i musi ukrywać się na wsi. Tam spotyka się ze swoją narzeczoną, Basią. Młodzi planują wspólną przyszłość. Rudy też przeżywa swoją chwilę triumfu – udaje mu się namalować wielką kotwicę (symbol Polski Walczącej) na pomniku lotnika (Plac Unii Lubelskiej). Zośka kontynuuje swoją pracę i we wrześniu przeprowadza udane ćwiczenia terenowe hufca Szarych Szeregów.
Dywersja
W listopadzie 1942 roku rozpoczyna się wzmożona akcja dywersyjna. Członkowie Małego Sabotażu zostają wcieleni do tzw. „Grup Szturmowych” i rozpoczynają pracę w dywersji. Po szkoleniu czeka bohaterów pierwsza akcja zbrojna. W sylwestrową noc z 1942 na 1943 r. Rudy i Alek biorą udział w akcji wysadzenie pociągu przewożącego niemiecki sprzęt wojenny (Kraśnik). Pomimo szczegółowego przygotowania, akcja nie obywa się bez niespodzianek. Zmarznięta ziemia utrudniała podkopywanie torów, w decydującym momencie zawodzi zapalnik, ale ostatecznie udaje się wysadzić skład.
Kolejne niebezpieczne wydarzenie to udział Alka w wielkiej łapance ludności cywilnej (styczeń 1943 rok), wywiezionej później do obozu w Majdanku. Bohater zostaje aresztowany i skierowany na Pawiak. Tam udaje mu się przesiąść do otwartej ciężarówki i zbiec w trakcie transportu. Na najbliższym spotkaniu z przyjaciółmi okazuje się, że tego samego dnia z łapanki uciekł również Rudy. Podczas kolejnych akcji stopniowo zwiększa się liczba ofiar. W trakcie ewakuacji materiałów z pewnego warszawskiego mieszkania ginie Kazimierz Pawłowski, a Rudy zostaje postrzelony w udo.
Pod Arsenałem
Wkrótce przyjaciele stają wobec realnego niebezpieczeństwa. Jeden z członków grupy zostaje aresztowany (Heniek), a ze znalezionych przy nim notatek Niemcy odczytują dane i adres Rudego. Bohater zostaje aresztowany 23. marca 1943 roku. Przeprowadzona w domu rewizja utwierdza żołnierzy w przekonaniu, że Rudy jest jednym z członków podziemia. Tego samego dnia bohater trafia na Pawiak, później na Aleję Szucha. Rozpoczynają się nieustanne przesłuchania, bicie i tortury. Milczenie więźnia doprowadza oprawców do szewskiej pasji.
Tymczasem przyjaciele Rudego z determinacją planują jego odbicie. Pozwolenie na przeprowadzenie akcji uzyskują dopiero po dwóch dniach. „Wesoły” informuje grupę o dokładnym czasie przejazdu przez miasto furgonetki z więźniami. Karetka ma pojawić się na skrzyżowaniu ulic Bielańskiej i Długiej. Akcją, w której biorą udział trzy oddziały Polskich Sił Zbrojnych, dowodzi „Orsza” (Stanisław Broniewski).
Na sygnał jednego z obserwujących Orsza gwiżdże, dając znak pozostałym spiskowcom. Nadjeżdża szoferka. Zośka zabija policjanta, który przypadkiem pojawia się w na ulicy, a inni uczestnicy akcji zatrzymują samochód. Rozpoczyna się wymiana ognia. Trzej gestapowcy giną na miejscu. Po zastrzeleniu ostatniego Alek uwalnia przewożonych więźniów, w tym skatowanego Rudego. Zośka wywozi przyjaciela w bezpieczne miejsce. Alek wraca ze swoim oddziałem ulicą Długą, ale po drodze grupa zostaje niespodziewanie ostrzelana przez kilku niemieckich cywilów. Ranny Alek przewodzi brawurowej ucieczce, rzucając w kierunku atakujących granaty. Po zakończeniu akcji, pomimo operacji, chłopak umiera. Alek odchodzi w otoczeniu przyjaciół, utrzymywany w przekonaniu, że Rudy jest cały i zdrowy, ten jednak umiera w jednym z mieszkań na Mokotowie. Rany odniesione w trakcie brutalnych przesłuchań są zbyt poważne. Przed śmiercią Rudy prosi o odczytanie fragmentu wiersza Juliusza Słowackiego pt.: „Testament mój”. Alek i Rudy odchodzą więc tego samego dnia.
Ich śmierć zostaje pomszczona przez zabicie Schultza i Langego – dwóch hitlerowców odpowiedzialnych za przesłuchania na Pawiaku.
Celestynów
Po śmierci najbliższych przyjaciół Zośka przechodzi załamanie psychiczne. Koledzy wysyłają go na wieś do rodziny. Za namową ojca bohater spisuje wspomnienia o Rudym, zatytułowane „Kamienie na szaniec”. Pod wpływem otoczenia i rozmów z siostrą Zośka nabiera wiary w celowość działań dywersji i powraca do czynnej służby. Wkrótce jego oddział otrzymuje informację o nadaniu wojskowych odznaczeń uczestnikom „akcji pod Arsenałem” (Rudy i Zośka zostają odznaczeni Krzyżem Walecznych, Alek – Krzyżem Virtuti Militari).
W maju tego samego roku Zośce zostaje powierzone dowództwo akcji mającej na celu odbicie więźniów transportowanych pociągiem. Bohater stara się za wszelką cenę wzorowo ją zaplanować i przeprowadzić, jego działania obserwuje kapitan Pług. Wszystko dzieje się na małej stacji w Celestynowie. Na miejscu okazuje się, że pociąg będzie spóźniony o kilka godzin. Jak na złość, na innym torze zatrzymuje się skład wiozący kilka oddziałów żołnierzy Wehrmachtu. Rozpoczyna się atak, niemieccy pasażerowie odpowiadają ogniem. Pod ostrzałem udaje się jednak otworzyć drzwi wagonu i uwolnić więźniów.
Wielka gra
Jest rok 1943, nasilają się polskie akcje dywersyjne. Zośka bierze udział w przygotowaniach do kolejne akcji – wysadzenia mostu pod Czarnocinem. Od początku uczestników akcji prześladuje pech: ginie trzech ludzi odpowiedzialnych za podstawienie odpowiedniego samochodu, już w trakcie misji pojazd z członkami dywersji błądzi po okolicach i spóźnia się na miejsce, pociąg przejeżdża cało, a miny uszkadzają tylko część mostu. Pech trwa i podczas powrotu samochód z Zośką wpada do rowu, a kierowca zostaje ciężko ranny. Misję okupują życiem trzej jej uczestnicy powracający do domu pieszo: „Felek”, „Gruby” i „Maciek”. Zostają wyśledzeni przez niemiecki patrol na jednej z wiejskich dróg i zastrzeleni po nierównej walce.
Kilka dni później Zośka wpada w ręce żandarmów, którzy zwracają uwagę na niesiony przez niego bukiet (w kwiatach ukryta była karteczka z ważnymi danymi). Bohater trafia na posterunek policji, tam udaje mu się zjeść ważną kartkę. O aresztowaniu dowiadują się towarzysze Zośki. Starania o jego uwolnienie trwają tydzień i na szczęście kończą się sukcesem.
Ostatnią akcją Zośki jest udział w likwidowaniu posterunków żandarmerii niemieckiej przy granicy Generalnej Guberni. Tym razem dowództwo obejmuje Andrzej Morro. Jego oddział ma zlikwidować posterunek w miejscowości Sieczychy. Jest 20 sierpnia 1943 roku. Uczestnicy akcji spokojnie przygotowują się do walki. O północy podchodzą pod posterunek i wrzucają do środka granat. Uderzenie jest tak silne, że wszystkich ogłusza. Zośka, z obawy przed szybką reakcją żandarmów, wbiega do środka jako pierwszy i zostaje śmiertelnie postrzelony. Jego towarzyszom udaje się szybko zlikwidować wroga.
W akcji śmierć ponosi tylko jedna osoba – Tadeusz Zawadzki. Zośka.